63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4084 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4084  PT repeat-containing protein  100 
 
 		 202 aa  391  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000901223  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4085  cytochrome c, class I  80 
 
 		 114 aa  143  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00138515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1438  cytochrome c, class I  67.68 
 
 		 114 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.423829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1401  cytochrome c, class I  66.67 
 
 		 116 aa  128  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.967818  normal  0.0543888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1337  cytochrome c class I  53.85 
 
 		 116 aa  92.8  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2736  cytochrome c, class I  53.85 
 
 		 122 aa  91.3  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.015229  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4077  cytochrome c, class I  51.9 
 
 		 109 aa  89.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00525992  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0809  hypothetical protein  56.52 
 
 		 916 aa  55.8  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.455366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4310  putative cytochrome c, class I  34.34 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0408  cytochrome c class I  31.63 
 
 		 116 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3082  sulfite dehydrogenase (cytochrome) subunit SorB  33.33 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299915  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49571  predicted protein  32.22 
 
 		 1000 aa  52.4  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.822968  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4892  sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B  34.94 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1033  cytochrome c, class I  32.69 
 
 		 110 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.30031  normal  0.50008 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44705  predicted protein  29.03 
 
 		 735 aa  49.7  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 106 aa  49.3  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2468  cytochrome c, class I  34.31 
 
 		 115 aa  48.9  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.202233  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1447  PT repeat-containing protein  62.3 
 
 		 618 aa  48.9  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3321  cytochrome c, class I  33.98 
 
 		 102 aa  48.9  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.344703  hitchhiker  0.0021347 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  30.28 
 
 		 104 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  43.48 
 
 		 355 aa  48.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3458  cytochrome c class I  32.5 
 
 		 115 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 101 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  40.62 
 
 		 101 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3260  cytochrome C transmembrane protein  33.33 
 
 		 141 aa  47.8  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.812906 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3130  cytochrome c class I  32.5 
 
 		 115 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3888  cytochrome c class I  31.82 
 
 		 95 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148772  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  50 
 
 		 1409 aa  47.4  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4930  cytochrome c family protein  26.32 
 
 		 229 aa  46.2  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2749  cytochrome c class I  43.1 
 
 		 102 aa  46.2  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.210292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  52.5 
 
 		 102 aa  46.2  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48565  predicted protein  36.54 
 
 		 648 aa  45.8  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.767614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06740  cytochrome c-551 precursor  29.36 
 
 		 104 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1565  cytochrome c class I  27.71 
 
 		 179 aa  45.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0342  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 108 aa  45.4  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.16869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3145  cytochrome c family protein  45.45 
 
 		 111 aa  45.4  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00360  Cytochrome c-551  32.97 
 
 		 104 aa  45.1  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.66895  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0840  hypothetical protein  51.52 
 
 		 189 aa  45.1  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1476  cytochrome c class I  28.38 
 
 		 111 aa  45.1  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2726  cytochrome C transmembrane protein  34.69 
 
 		 106 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44695  predicted protein  27.45 
 
 		 1096 aa  44.3  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.874089  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2819  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA) protein-like omain  64.29 
 
 		 1394 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0967207  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_8596  predicted protein  58.14 
 
 		 70 aa  43.5  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49133  predicted protein  44.19 
 
 		 590 aa  43.5  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_8538  predicted protein  58.14 
 
 		 70 aa  43.5  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0126  cytochrome c class I  44.12 
 
 		 115 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3171  cytochrome c, class I  50 
 
 		 101 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0431  cytochrome c class I  35.24 
 
 		 107 aa  42.7  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  5.40538e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47315  predicted protein  38.04 
 
 		 504 aa  43.1  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0151566  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  47.06 
 
 		 404 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3583  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 153 aa  42.7  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.309766 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0304  cytochrome c, class I  31.82 
 
 		 101 aa  42.7  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.45467e-21  normal  0.0822288 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0692  cytochrome c, class I  31.71 
 
 		 104 aa  42.4  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.926342 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  47.06 
 
 		 108 aa  42.4  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  47.06 
 
 		 108 aa  42.4  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1386  cytochrome c551/c552-like protein  33.71 
 
 		 118 aa  42.4  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660069  normal  0.798955 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45068  predicted protein  33.33 
 
 		 479 aa  42.4  0.005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3220  cytochrome c, class I  42.22 
 
 		 101 aa  42  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294896  normal  0.453437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2906  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 155 aa  41.6  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44994  predicted protein  42.03 
 
 		 840 aa  41.6  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0685164  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  36.67 
 
 		 101 aa  41.6  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_51761  predicted protein  59.09 
 
 		 136 aa  41.2  0.01  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.935673  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3635  putative cytochrome c, class I  37.74 
 
 		 112 aa  41.2  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>