112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2162 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2162  ribonuclease Z  100 
 
 		 338 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0166615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1175  ribonuclease Z  66.87 
 
 		 366 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1403  ribonuclease Z  66.27 
 
 		 338 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0724  ribonuclease Z  46.55 
 
 		 356 aa  310  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0722047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1232  ribonuclease Z  50.15 
 
 		 349 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1038  ribonuclease Z  47.15 
 
 		 336 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1049  ribonuclease Z  46.27 
 
 		 335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1556  ribonuclease Z  43.41 
 
 		 337 aa  279  6e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.312908  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0245  ribonuclease Z  44.11 
 
 		 343 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000981412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0229  ribonuclease Z  44.62 
 
 		 351 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2736  ribonuclease Z  46.03 
 
 		 321 aa  263  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2108  ribonuclease Z  37.54 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000254019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3742  ribonuclease Z  41.32 
 
 		 335 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.689963  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3084  ribonuclease Z  38.39 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0020  ribonuclease Z  27.46 
 
 		 326 aa  162  6e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3675  beta-lactamase domain protein  29.7 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.291829  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0412  ribonuclease Z  29.78 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0412  ribonuclease Z  30.34 
 
 		 360 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.739241  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1716  beta-lactamase superfamily hydrolase  39.11 
 
 		 363 aa  136  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0345  ribonuclease Z  28.9 
 
 		 361 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00109511  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1986  ribonuclease Z  29.04 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0188  ribonuclease Z  30.03 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000238332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0134  ribonuclease Z  28.12 
 
 		 366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1607  ribonuclease Z  29.25 
 
 		 331 aa  96.3  7e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.664246 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0417  ribonuclease Z  30.03 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1951  ribonuclease Z  24.5 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00782694  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1914  ribonuclease Z  28.67 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.552811  normal  0.18224 
 
 
-
 
NC_002950  PG0739  ribonuclease Z  24.28 
 
 		 304 aa  69.3  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14031  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.86 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.694516  normal  0.113121 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1070  beta-lactamase domain protein  31.46 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2145  RNAse Z  27.56 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12268  predicted protein  23.34 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.812865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0450  ribonuclease Z  29.33 
 
 		 164 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000909133  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  24.24 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0641  ribonuclease Z  25.49 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.56652  decreased coverage  0.00172895 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0053  ribonuclease Z  26.73 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2269  beta-lactamase domain protein  44.16 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  25.54 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1526  ribonuclease Z  30 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00811682  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0532  ribonuclease Z  28.67 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.145075  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0920  RNAse Z  22.46 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17761  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.02 
 
 		 314 aa  53.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.529395  normal  0.726567 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4523  ribonuclease Z  25.84 
 
 		 315 aa  53.5  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0967083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2229  ribonuclease Z  42.86 
 
 		 324 aa  53.5  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.859333 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1870  ribonuclease Z  24.84 
 
 		 309 aa  53.1  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0659  ribonuclease Z  25.86 
 
 		 309 aa  53.1  0.000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2276  ribonuclease Z  24.6 
 
 		 308 aa  52.8  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1441  beta-lactamase domain protein  26.95 
 
 		 330 aa  52.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0828256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2102  ribonuclease Z  22.54 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5799  ribonuclease Z  39.58 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0782  ribonuclease Z  21.52 
 
 		 319 aa  51.6  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0647  ribonuclease Z  26.96 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.834913  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2011  ribonuclease Z  24.66 
 
 		 393 aa  50.8  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2647  ribonuclease Z  22.44 
 
 		 305 aa  50.4  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.313305  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0738  ribonuclease Z  22.92 
 
 		 304 aa  50.8  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2497  ribonuclease Z  25.15 
 
 		 341 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.883053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2553  ribonuclease Z  25.15 
 
 		 305 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2449  ribonuclease Z  25.15 
 
 		 305 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2657  ribonuclease Z  25.15 
 
 		 305 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1716  ribonuclease Z  21.01 
 
 		 316 aa  49.7  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0654  ribonuclease Z  21.86 
 
 		 307 aa  49.7  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.296839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02195  ribonuclease Z  22.44 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1389  ribonuclease BN  22.44 
 
 		 311 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471365  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2414  ribonuclease Z  22.44 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1380  ribonuclease Z  22.44 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.867836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02154  hypothetical protein  22.44 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3895  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2565  ribonuclease Z  22.44 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.848275  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1776  ribonuclease Z  20.6 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3973  ribonuclease Z  23.49 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2542  ribonuclease Z  25.15 
 
 		 341 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.144505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4250  ribonuclease Z  24.67 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4049  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3887  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4364  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4543  ribonuclease Z  29.67 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3410  ribonuclease Z  22.29 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0985  ribonuclease Z  24.67 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4164  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4210  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1789  ribonuclease Z  21.63 
 
 		 305 aa  47.8  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.785437 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4274  ribonuclease Z  23 
 
 		 307 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3611  ribonuclease Z  23.44 
 
 		 314 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5044  ribonuclease Z  25.42 
 
 		 320 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.574405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2503  ribonuclease Z  23.44 
 
 		 314 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.638997 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2424  ribonuclease Z  21.78 
 
 		 311 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.94801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1067  ribonuclease Z  24.05 
 
 		 306 aa  46.6  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.222642 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1788  ribonuclease Z  22.37 
 
 		 291 aa  46.6  0.0007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0625  ribonuclease Z  23 
 
 		 304 aa  46.2  0.0008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0401  ribonuclease Z  24.52 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0439  ribonuclease Z  27.3 
 
 		 299 aa  45.8  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05331  beta-lactamase superfamily hydrolase  22.42 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1365  hypothetical protein  22.3 
 
 		 312 aa  45.8  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000739768  hitchhiker  0.0000000312864 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0914  ribonuclease Z  36.17 
 
 		 307 aa  45.4  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  24.44 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1866  beta-lactamase domain protein  22.3 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2187  ribonuclease Z  24.13 
 
 		 307 aa  45.8  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0679584  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0874  beta-lactamase superfamily hydrolase  23.23 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519626 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  22.53 
 
 		 312 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2672  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 320 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.162319 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>