88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0134 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0134  ribonuclease Z  100 
 
 		 366 aa  745    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0188  ribonuclease Z  81.89 
 
 		 361 aa  610  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000238332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0345  ribonuclease Z  56.75 
 
 		 361 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00109511  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1986  ribonuclease Z  52.25 
 
 		 365 aa  344  2e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0412  ribonuclease Z  46.65 
 
 		 360 aa  342  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.739241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0412  ribonuclease Z  45.68 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0450  ribonuclease Z  53.38 
 
 		 164 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000909133  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0724  ribonuclease Z  34.23 
 
 		 356 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0722047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1175  ribonuclease Z  31.12 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1049  ribonuclease Z  30.75 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1232  ribonuclease Z  31.12 
 
 		 349 aa  132  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1403  ribonuclease Z  32.13 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1038  ribonuclease Z  29.64 
 
 		 336 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1556  ribonuclease Z  29.57 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.312908  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2108  ribonuclease Z  30.98 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000254019  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0229  ribonuclease Z  28.92 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0245  ribonuclease Z  29.34 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000981412  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2736  ribonuclease Z  31.51 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3084  ribonuclease Z  28.97 
 
 		 337 aa  122  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2162  ribonuclease Z  29.81 
 
 		 338 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0166615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0020  ribonuclease Z  25.08 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3675  beta-lactamase domain protein  22.89 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.291829  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3742  ribonuclease Z  30.41 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.689963  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1607  ribonuclease Z  29.17 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.664246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1716  beta-lactamase superfamily hydrolase  29.9 
 
 		 363 aa  82.4  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15351  metallo-beta-lactamase superfamily protein  22.87 
 
 		 312 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1866  beta-lactamase domain protein  22.4 
 
 		 303 aa  53.9  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2565  ribonuclease Z  25.47 
 
 		 305 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.848275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02154  hypothetical protein  25.79 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02195  ribonuclease Z  25.79 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2414  ribonuclease Z  25.79 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1380  ribonuclease Z  25.79 
 
 		 305 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.867836 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  25.61 
 
 		 307 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1389  ribonuclease BN  25.24 
 
 		 311 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471365  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0659  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 309 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15501  metallo-beta-lactamase superfamily protein  23.17 
 
 		 312 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1360  ribonuclease Z  43.94 
 
 		 316 aa  50.8  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0966966  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4250  ribonuclease Z  24.6 
 
 		 307 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2424  ribonuclease Z  25.71 
 
 		 311 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.94801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0985  ribonuclease Z  24.6 
 
 		 307 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1447  RNAse Z  23.75 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2647  ribonuclease Z  25.47 
 
 		 305 aa  50.4  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.313305  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4274  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4210  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3895  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  49.7  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1613  ribonuclease Z  39.19 
 
 		 316 aa  49.7  0.00009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2837  ribonuclease Z  24.12 
 
 		 307 aa  49.3  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4049  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2553  ribonuclease Z  23.75 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3887  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  48.9  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2449  ribonuclease Z  23.75 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4364  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2657  ribonuclease Z  23.75 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4164  ribonuclease Z  24.37 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2276  ribonuclease Z  25.77 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1591  ribonuclease Z  31.16 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.125239 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0153  ribonuclease Z  23.98 
 
 		 310 aa  47.8  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.585164  normal  0.015686 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3410  ribonuclease Z  24.61 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  24.05 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1749  ribonuclease Z  23.38 
 
 		 308 aa  47.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2497  ribonuclease Z  24.61 
 
 		 341 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.883053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2542  ribonuclease Z  24.08 
 
 		 341 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.144505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1914  ribonuclease Z  21.38 
 
 		 313 aa  47  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.552811  normal  0.18224 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0654  ribonuclease Z  23.08 
 
 		 307 aa  47  0.0006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.296839  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  26.61 
 
 		 322 aa  46.2  0.0008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1104  beta-lactamase domain-containing protein  36 
 
 		 249 aa  46.2  0.0009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.342626 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  21.08 
 
 		 308 aa  46.2  0.0009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3973  ribonuclease Z  23.64 
 
 		 307 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0350  ribonuclease Z  37.5 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1592  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1561  ribonuclease Z  22.43 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0417  ribonuclease Z  26.23 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  24.3 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2818  ribonuclease Z  25.94 
 
 		 305 aa  45.8  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.99083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0738  ribonuclease Z  35.71 
 
 		 304 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10313  ribonuclease Z  22.55 
 
 		 301 aa  45.1  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2102  ribonuclease Z  24.4 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1951  ribonuclease Z  35.56 
 
 		 308 aa  44.7  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00782694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3325  beta-lactamase domain-containing protein  33.33 
 
 		 247 aa  43.9  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.257531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0713  ribonuclease Z  23 
 
 		 314 aa  43.9  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0010  ribonuclease Z  25.71 
 
 		 304 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4543  ribonuclease Z  33.71 
 
 		 301 aa  43.5  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1776  ribonuclease Z  22.06 
 
 		 299 aa  43.1  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0874  beta-lactamase superfamily hydrolase  22.92 
 
 		 309 aa  43.1  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519626 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0500  beta-lactamase domain protein  37.31 
 
 		 264 aa  43.1  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.977246  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1365  hypothetical protein  32.39 
 
 		 312 aa  42.7  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000739768  hitchhiker  0.0000000312864 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1788  ribonuclease Z  22.56 
 
 		 291 aa  42.7  0.009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0876  beta-lactamase-like  32.67 
 
 		 328 aa  42.7  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>