135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1232 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1232  ribonuclease Z  100 
 
 		 349 aa  707    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0724  ribonuclease Z  55.72 
 
 		 356 aa  383  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0722047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1038  ribonuclease Z  58.13 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0245  ribonuclease Z  55.16 
 
 		 343 aa  354  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000981412  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1556  ribonuclease Z  52.55 
 
 		 337 aa  353  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.312908  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0229  ribonuclease Z  55.12 
 
 		 351 aa  350  2e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1049  ribonuclease Z  54.82 
 
 		 335 aa  348  1e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1403  ribonuclease Z  52.41 
 
 		 338 aa  343  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2736  ribonuclease Z  53.77 
 
 		 321 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1175  ribonuclease Z  48.55 
 
 		 366 aa  322  7e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2162  ribonuclease Z  50.15 
 
 		 338 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0166615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2108  ribonuclease Z  44.35 
 
 		 333 aa  281  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000254019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3742  ribonuclease Z  46.73 
 
 		 335 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.689963  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3084  ribonuclease Z  43.75 
 
 		 337 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0020  ribonuclease Z  29.79 
 
 		 326 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1716  beta-lactamase superfamily hydrolase  38.38 
 
 		 363 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0412  ribonuclease Z  29.17 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3675  beta-lactamase domain protein  29.56 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.291829  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0412  ribonuclease Z  29.13 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.739241  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0188  ribonuclease Z  30.77 
 
 		 361 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000238332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0134  ribonuclease Z  31.14 
 
 		 366 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1986  ribonuclease Z  29.57 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0345  ribonuclease Z  28.89 
 
 		 361 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00109511  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1607  ribonuclease Z  30.03 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.664246 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0641  ribonuclease Z  29.19 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.56652  decreased coverage  0.00172895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4250  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1951  ribonuclease Z  26.58 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00782694  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0985  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4210  ribonuclease Z  26.21 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4049  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3887  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3895  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4364  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4164  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4274  ribonuclease Z  26.21 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2503  ribonuclease Z  26.01 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.638997 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3611  ribonuclease Z  26.01 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4523  ribonuclease Z  27.94 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0967083  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3973  ribonuclease Z  26.21 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0659  ribonuclease Z  26.54 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.089983  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1070  beta-lactamase domain protein  35.14 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2837  ribonuclease Z  26.18 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  26.76 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2276  ribonuclease Z  26.51 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2011  ribonuclease Z  28.04 
 
 		 393 aa  72.8  0.000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0076  ribonuclease Z  28.71 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.887393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1789  ribonuclease Z  25.74 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.785437 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1914  ribonuclease Z  26.79 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.552811  normal  0.18224 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  27.85 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15351  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.89 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  22.19 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2187  ribonuclease Z  27.64 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0679584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0647  ribonuclease Z  31.55 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.834913  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1526  ribonuclease Z  27.3 
 
 		 318 aa  67  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00811682  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15501  metallo-beta-lactamase superfamily protein  26.54 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2403  ribonuclease Z  24.32 
 
 		 345 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.335232  hitchhiker  0.0000263844 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0053  ribonuclease Z  27.96 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1424  ribonuclease Z  23.55 
 
 		 308 aa  65.9  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_12268  predicted protein  24.92 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.812865  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1447  RNAse Z  24.92 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5044  ribonuclease Z  25.68 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.574405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0010  ribonuclease Z  25.8 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5799  ribonuclease Z  34.16 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14031  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.68 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.694516  normal  0.113121 
 
 
-
 
NC_002950  PG0739  ribonuclease Z  23.59 
 
 		 304 aa  62.8  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0654  ribonuclease Z  25.08 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.296839  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1475  beta-lactamase superfamily hydrolase  25.5 
 
 		 318 aa  62.4  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0439  ribonuclease Z  29.28 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0450  ribonuclease Z  31.51 
 
 		 164 aa  62  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000909133  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_16162  predicted protein  27.55 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6632  beta-lactamase domain protein  23.91 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1870  ribonuclease Z  26.21 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1716  ribonuclease Z  24.63 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1554  ribonuclease Z  27.81 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1866  beta-lactamase domain protein  25.27 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1365  hypothetical protein  25.41 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000739768  hitchhiker  0.0000000312864 
 
 
-
 
NC_002620  TC0625  ribonuclease Z  25.87 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1441  beta-lactamase domain protein  26.03 
 
 		 330 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0828256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2565  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.848275  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02195  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1389  ribonuclease BN  24.92 
 
 		 311 aa  57  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471365  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02154  hypothetical protein  24.92 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2414  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1380  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.867836 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  24.37 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1067  ribonuclease Z  25.32 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.222642 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0874  beta-lactamase superfamily hydrolase  24.28 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519626 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0153  ribonuclease Z  21.82 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.585164  normal  0.015686 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2647  ribonuclease Z  24.92 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.313305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2145  RNAse Z  24.75 
 
 		 319 aa  55.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4543  ribonuclease Z  21.31 
 
 		 301 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1749  ribonuclease Z  21.66 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10313  ribonuclease Z  23.75 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0782  ribonuclease Z  21.12 
 
 		 319 aa  54.3  0.000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2269  beta-lactamase domain protein  30.24 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2553  ribonuclease Z  24.28 
 
 		 305 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2449  ribonuclease Z  24.28 
 
 		 305 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2657  ribonuclease Z  24.28 
 
 		 305 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2497  ribonuclease Z  23.32 
 
 		 341 aa  53.5  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.883053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2542  ribonuclease Z  23.32 
 
 		 341 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.144505  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>