69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0412 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0412  ribonuclease Z  100 
 
 		 360 aa  745    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.739241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0412  ribonuclease Z  93.35 
 
 		 361 aa  699    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0345  ribonuclease Z  54.24 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00109511  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0188  ribonuclease Z  48.03 
 
 		 361 aa  343  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000238332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0134  ribonuclease Z  45.53 
 
 		 366 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.446772  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1986  ribonuclease Z  47.13 
 
 		 365 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0724  ribonuclease Z  29.85 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0722047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1038  ribonuclease Z  30.4 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1403  ribonuclease Z  30.24 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.370155 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1556  ribonuclease Z  29.55 
 
 		 337 aa  142  8e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.312908  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1049  ribonuclease Z  32.72 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1175  ribonuclease Z  30.18 
 
 		 366 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2162  ribonuclease Z  30.34 
 
 		 338 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0166615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1232  ribonuclease Z  29.36 
 
 		 349 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0020  ribonuclease Z  26.98 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0229  ribonuclease Z  28.83 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0245  ribonuclease Z  28.61 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000981412  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2108  ribonuclease Z  26.42 
 
 		 333 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000254019  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2736  ribonuclease Z  31.29 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0450  ribonuclease Z  40.54 
 
 		 164 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000909133  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3742  ribonuclease Z  26.98 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.689963  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3084  ribonuclease Z  29.28 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3675  beta-lactamase domain protein  22.22 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.291829  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1716  beta-lactamase superfamily hydrolase  28.06 
 
 		 363 aa  87  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1607  ribonuclease Z  24.24 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.664246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1613  ribonuclease Z  22.67 
 
 		 316 aa  57  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1951  ribonuclease Z  24.23 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00782694  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1360  ribonuclease Z  23.46 
 
 		 316 aa  53.5  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0966966  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0349  ribonuclease Z  23.36 
 
 		 307 aa  52.8  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0855  beta-lactamase domain protein  24.29 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272669  normal  0.116171 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15351  metallo-beta-lactamase superfamily protein  26.47 
 
 		 312 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10313  ribonuclease Z  21.69 
 
 		 301 aa  50.8  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1447  RNAse Z  24.56 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2145  RNAse Z  26.1 
 
 		 319 aa  50.1  0.00006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.131519 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2503  ribonuclease Z  26.39 
 
 		 314 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.638997 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3611  ribonuclease Z  26.39 
 
 		 314 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1179  ribonuclease Z  24.66 
 
 		 318 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1591  ribonuclease Z  30.1 
 
 		 312 aa  48.9  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.125239 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2837  ribonuclease Z  22.83 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0727  ribonuclease Z  22.93 
 
 		 322 aa  48.5  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.176511  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1554  ribonuclease Z  23.94 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0647  ribonuclease Z  26.01 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.834913  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5044  ribonuclease Z  26.39 
 
 		 320 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.574405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15101  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.64 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15501  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.73 
 
 		 312 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2169  ribonuclease Z  25 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0974694  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1475  beta-lactamase superfamily hydrolase  23.49 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2403  ribonuclease Z  26.39 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.335232  hitchhiker  0.0000263844 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0920  RNAse Z  25.75 
 
 		 314 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2818  ribonuclease Z  24.68 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.99083 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17761  metallo-beta-lactamase superfamily protein  25.75 
 
 		 314 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.529395  normal  0.726567 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0782  ribonuclease Z  19.57 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1973  ribonuclease Z  39.71 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.32417 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2011  ribonuclease Z  21.69 
 
 		 393 aa  44.7  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2014  ribonuclease Z  21.36 
 
 		 291 aa  44.3  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.426384  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0417  ribonuclease Z  26.85 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4523  ribonuclease Z  27.08 
 
 		 315 aa  43.9  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0967083  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1104  beta-lactamase domain-containing protein  36.36 
 
 		 249 aa  43.9  0.004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.342626 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1866  beta-lactamase domain protein  25.53 
 
 		 303 aa  43.5  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2672  beta-lactamase domain protein  25.17 
 
 		 320 aa  43.5  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.162319 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0500  beta-lactamase domain protein  25.14 
 
 		 264 aa  43.5  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.977246  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0350  ribonuclease Z  34.67 
 
 		 304 aa  43.1  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1914  ribonuclease Z  41.27 
 
 		 313 aa  43.1  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.552811  normal  0.18224 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0985  ribonuclease Z  21.33 
 
 		 307 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4250  ribonuclease Z  21.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4164  ribonuclease Z  21.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.01  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4543  ribonuclease Z  22.97 
 
 		 301 aa  42.7  0.01  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4364  ribonuclease Z  21.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.01  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4049  ribonuclease Z  21.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.01  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>