More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2060 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2060  NADH dehydrogenase subunit C  100 
 
 
200 aa  410  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.072727  normal  0.101712 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2212  NADH dehydrogenase subunit C  91 
 
 
200 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.470174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1889  NADH dehydrogenase subunit C  89 
 
 
200 aa  381  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.01317  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2271  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00136652  normal  0.138518 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1635  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00516199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2247  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  346  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00797265  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2164  NADH dehydrogenase subunit C  79.5 
 
 
200 aa  345  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.116898  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1030  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  344  4e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000284725  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2285  NADH dehydrogenase subunit C  79.5 
 
 
200 aa  343  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000512824  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5575  NADH dehydrogenase subunit C  78 
 
 
200 aa  343  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00023001  normal  0.249552 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0963  NADH dehydrogenase subunit C  79.7 
 
 
199 aa  341  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0785182  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1063  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  340  7e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0104809  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0735  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.018373  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1827  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.767422  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0415  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1437  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0585887  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1132  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.304231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1292  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1301  NADH dehydrogenase subunit C  79 
 
 
200 aa  338  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2007  NADH dehydrogenase subunit C  75.5 
 
 
200 aa  333  7.999999999999999e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000228577  normal  0.372877 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0929  NADH dehydrogenase subunit C  77.16 
 
 
199 aa  333  9e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00761919  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3212  NADH dehydrogenase subunit C  73.5 
 
 
200 aa  323  8.000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158168  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1345  NADH dehydrogenase subunit C  72 
 
 
200 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000229518  hitchhiker  0.00575892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1503  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  70.2 
 
 
199 aa  301  5.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00949077 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1049  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  69.39 
 
 
199 aa  298  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0823  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  69.54 
 
 
199 aa  295  4e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1144  NADH dehydrogenase subunit C  69.9 
 
 
200 aa  292  3e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0133265  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1405  NADH dehydrogenase (quinone)  69.8 
 
 
203 aa  290  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.167025  normal  0.820267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0959  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  69.79 
 
 
202 aa  288  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000653552 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0874  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  69.27 
 
 
202 aa  288  3e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0951  NADH dehydrogenase subunit C  66.5 
 
 
201 aa  288  4e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.75635 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1744  NADH dehydrogenase subunit C  66.5 
 
 
201 aa  287  7e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3254  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  68.75 
 
 
203 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.846345  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1265  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  67.19 
 
 
202 aa  280  8.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5178  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  67.54 
 
 
203 aa  275  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3508  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  67.36 
 
 
203 aa  274  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1495  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  65.62 
 
 
202 aa  271  5.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.285682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2811  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  62.96 
 
 
203 aa  266  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.266339 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1426  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  64.8 
 
 
204 aa  258  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2059  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  60.42 
 
 
197 aa  255  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1093  NADH dehydrogenase subunit C  59.5 
 
 
205 aa  252  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2255  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  58.16 
 
 
202 aa  236  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000967355 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2628  NADH-quinone oxidoreductase, C subunit  58.16 
 
 
202 aa  236  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.972938  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0988  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  51.74 
 
 
239 aa  234  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.600566  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1968  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  50.86 
 
 
247 aa  225  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.029611 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2563  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  52.02 
 
 
231 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1763  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  51.79 
 
 
246 aa  216  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.431152  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0710  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  49.31 
 
 
239 aa  213  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533269  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2834  NADH dehydrogenase I chain C  50.71 
 
 
227 aa  209  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1616  NADH dehydrogenase (ubiquinone), C subunit  47.03 
 
 
227 aa  208  3e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0142327  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2703  NADH dehydrogenase I chain C  50.24 
 
 
227 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0547  NADH-quinone oxidoreductase chain C  46.58 
 
 
227 aa  206  1e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0819  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  49.09 
 
 
223 aa  206  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180936  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01289  NADH dehydrogenase subunit C  47.66 
 
 
250 aa  204  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.169426  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0242  NADH dehydrogenase subunit C  48.36 
 
 
228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1962  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  46.85 
 
 
244 aa  193  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000519419  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0271  NADH dehydrogenase subunit C  48.36 
 
 
227 aa  193  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2829  NADH dehydrogenase subunit C  48.6 
 
 
249 aa  191  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.448263  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2058  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  49.43 
 
 
215 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.313982 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1353  NADH dehydrogenase subunit C  49.17 
 
 
200 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1017  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  48.31 
 
 
219 aa  168  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1261  NADH dehydrogenase subunit C  49.17 
 
 
200 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.841588  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4128  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  47.19 
 
 
215 aa  166  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2920  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  48.89 
 
 
204 aa  165  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4392  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  46.93 
 
 
215 aa  165  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165622  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0890  NADH dehydrogenase subunit C  47.51 
 
 
201 aa  164  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1083  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  47.19 
 
 
219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2397  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  47.22 
 
 
212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29035  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2402  NADH dehydrogenase subunit C  48.33 
 
 
199 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0037532 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1212  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  47.19 
 
 
219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0780  NADH dehydrogenase subunit C  46.37 
 
 
205 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.575172  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4631  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  45.95 
 
 
209 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.247115 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2422  NADH dehydrogenase subunit C  46.63 
 
 
202 aa  161  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2984  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  50.59 
 
 
217 aa  160  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401685  normal  0.0940527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3298  NADH dehydrogenase subunit C  47.49 
 
 
204 aa  160  9e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2834  NADH dehydrogenase subunit C  48.42 
 
 
214 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156781  normal  0.125217 
 
 
-
 
NC_004310  BR0804  NADH dehydrogenase subunit C  46.63 
 
 
202 aa  159  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.215567  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0799  NADH dehydrogenase subunit C  46.63 
 
 
202 aa  159  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.557773  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1357  NADH dehydrogenase subunit C  46.96 
 
 
200 aa  159  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.357714  normal  0.0381949 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1714  NADH dehydrogenase subunit C  45.3 
 
 
200 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1024  NADH dehydrogenase subunit C  44.44 
 
 
200 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5798  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  44.75 
 
 
205 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323776  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1886  NADH dehydrogenase subunit C  44.94 
 
 
206 aa  156  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.585114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2574  NADH dehydrogenase subunit C  45.25 
 
 
204 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0228869  normal  0.121819 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0743  NADH dehydrogenase subunit C  44.44 
 
 
201 aa  155  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3330  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  48.86 
 
 
213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.345672  normal  0.0583392 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1309  NADH dehydrogenase subunit C  43.89 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.0849556 
 
 
-
 
NC_006691  CNF03360  NADH-ubiquinone oxidoreductase 30.4 kDa subunit, putative  41.08 
 
 
284 aa  151  5.9999999999999996e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3224  NADH dehydrogenase subunit C  43.33 
 
 
200 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0405196  normal  0.943012 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1557  NADH dehydrogenase subunit C  42.13 
 
 
213 aa  150  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2005  NADH dehydrogenase subunit C  44.32 
 
 
200 aa  149  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4561  NADH dehydrogenase subunit C  43.82 
 
 
201 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.209035 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_74163  NADH-ubiquinone oxidoreductase 30.4 kDa subunit, mitochondrial precursor  39.89 
 
 
281 aa  149  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0353139  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1309  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  50 
 
 
274 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.620386  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2514  NADH dehydrogenase subunit C  45.45 
 
 
200 aa  148  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1176  NADH dehydrogenase subunit C  45.45 
 
 
200 aa  148  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410937  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2301  NADH (or F420H2) dehydrogenase, subunit C  46.99 
 
 
309 aa  147  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2219  NADH dehydrogenase subunit C  43.5 
 
 
206 aa  147  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534462  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2885  NADH dehydrogenase subunit C  41.9 
 
 
204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.419864  normal  0.101064 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2248  NADH dehydrogenase subunit C  45.4 
 
 
208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0117858  normal  0.111894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>