279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3446 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3091  allantoate amidohydrolase  98.83 
 
 		 426 aa  835    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.60133  normal  0.601215 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3446  allantoate amidohydrolase  100 
 
 		 426 aa  845    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.467191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2051  allantoate amidohydrolase  86.52 
 
 		 425 aa  682    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.423886  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3434  allantoate amidohydrolase  74.94 
 
 		 423 aa  578  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5813  allantoate amidohydrolase  47.87 
 
 		 418 aa  329  6e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.734094  normal  0.203308 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2278  allantoate amidohydrolase  46.28 
 
 		 421 aa  315  9.999999999999999e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3010  allantoate amidohydrolase  45.04 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140541 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5802  allantoate amidohydrolase  42.82 
 
 		 428 aa  266  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587062  normal  0.818494 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5680  allantoate amidohydrolase  39.8 
 
 		 438 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00010355  normal  0.0526524 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5903  allantoate amidohydrolase  38.76 
 
 		 438 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00734582  hitchhiker  0.00704513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1768  allantoate amidohydrolase  36.86 
 
 		 418 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.67714  normal  0.674287 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2070  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  32.6 
 
 		 411 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4001  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  34.95 
 
 		 428 aa  182  9.000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00670775  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0746  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  30.52 
 
 		 412 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4634  allantoate amidohydrolase  34.06 
 
 		 426 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.60427  normal  0.118111 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2091  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.42 
 
 		 415 aa  171  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.131869  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4363  allantoate amidohydrolase  34.77 
 
 		 426 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0103838 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1179  allantoate amidohydrolase  31.45 
 
 		 409 aa  169  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1945  allantoate amidohydrolase  33.53 
 
 		 416 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3278  allantoate amidohydrolase  34.84 
 
 		 417 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3012  allantoate amidohydrolase  34.87 
 
 		 425 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1854  allantoate amidohydrolase  33 
 
 		 425 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0773  allantoate amidohydrolase  30.66 
 
 		 413 aa  161  2e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0747275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4353  allantoate amidohydrolase  34.44 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243938  normal  0.131907 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1389  amidase hydantoinase/carbamoylase family  35.29 
 
 		 415 aa  158  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0995046  normal  0.188335 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0937  allantoate amidohydrolase  34.77 
 
 		 418 aa  156  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.275472  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2546  allantoate amidohydrolase  33.83 
 
 		 422 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3341  allantoate amidohydrolase  33.75 
 
 		 409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1668  allantoate amidohydrolase  32.1 
 
 		 431 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0866  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.69 
 
 		 424 aa  153  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0759953  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1161  amidase  35.86 
 
 		 431 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.441766  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3515  allantoate amidohydrolase  36.43 
 
 		 412 aa  153  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1155  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.863171  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0617  allantoate amidohydrolase  30.12 
 
 		 411 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2217  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1308  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2078  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0986595  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2536  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0702  allantoate amidohydrolase  34.97 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1147  allantoate amidohydrolase  35.07 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2180  allantoate amidohydrolase  34.02 
 
 		 426 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2039  allantoate amidohydrolase  34.02 
 
 		 426 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3443  allantoate amidohydrolase  34.54 
 
 		 418 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3464  allantoate amidohydrolase  31.85 
 
 		 429 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3308  allantoate amidohydrolase  32.29 
 
 		 417 aa  149  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1386  amidase hydantoinase/carbamoylase family  29.74 
 
 		 430 aa  149  8e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000270015  normal  0.126217 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2079  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  36.51 
 
 		 420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0554  allantoate amidohydrolase  30.47 
 
 		 411 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1586  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  30.58 
 
 		 418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.484482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00466  N-carbamoyl-L-amino acid amidohydrolase  30.47 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3097  allantoate amidohydrolase  30.47 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4042  allantoate amidohydrolase  30.93 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00143061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00471  hypothetical protein  30.47 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0590  allantoate amidohydrolase  30.47 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1844  allantoate amidohydrolase  31.92 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5111  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  30.22 
 
 		 447 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0561  allantoate amidohydrolase  29.63 
 
 		 411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0772  allantoate amidohydrolase  32.69 
 
 		 425 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177397  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1253  allantoate amidohydrolase  32.69 
 
 		 425 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.158158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3705  allantoate amidohydrolase  35.26 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7539  allantoate amidohydrolase  33.01 
 
 		 419 aa  146  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6770  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  30.36 
 
 		 416 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02498  allantoate amidohydrolase  32.25 
 
 		 411 aa  145  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2881  allantoate amidohydrolase  30.4 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138552 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3324  allantoate amidohydrolase  32.11 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3334  allantoate amidohydrolase  32.11 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.976999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3376  allantoate amidohydrolase  30.43 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6028  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase  30.47 
 
 		 424 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3623  allantoate amidohydrolase  31.48 
 
 		 415 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3185  allantoate amidohydrolase  32.11 
 
 		 427 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4755  amidase  32.37 
 
 		 419 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1225  allantoate amidohydrolase  32.45 
 
 		 423 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.56571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1132  allantoate amidohydrolase  31.73 
 
 		 423 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3176  allantoate amidohydrolase  30.07 
 
 		 409 aa  143  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.183247  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1163  allantoate amidohydrolase  33.67 
 
 		 479 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.146469  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0419  allantoate amidohydrolase  30.51 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4391  allantoate amidohydrolase  32.58 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1412  allantoate amidohydrolase  36.02 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0455  allantoate amidohydrolase  29.01 
 
 		 408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0781  allantoate amidohydrolase  28.93 
 
 		 412 aa  141  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6570  amidase  31.92 
 
 		 429 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0846344 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0634  allantoate amidohydrolase  30.03 
 
 		 411 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1507  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.33 
 
 		 469 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0692764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6028  amidase  31.15 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2786  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.5 
 
 		 424 aa  140  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000941896 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3979  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  32.67 
 
 		 419 aa  139  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0573  allantoate amidohydrolase  30.03 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1144  allantoate amidohydrolase  31.49 
 
 		 423 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.942572  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0580  allantoate amidohydrolase  30.03 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.980604  normal  0.280695 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0575  allantoate amidohydrolase  30.03 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0158  allantoate amidohydrolase  31.77 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3946  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  30.42 
 
 		 421 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.781731  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4480  N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase  28.57 
 
 		 420 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0132912  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2999  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  32.51 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6087  amidase  31.08 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.976805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1293  amidase  29.52 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1455  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  29.52 
 
 		 430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5723  amidase, hydantoinase/carbamoylase  31.08 
 
 		 523 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0180  allantoate amidohydrolase  31.7 
 
 		 429 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1838  amidase  35.52 
 
 		 424 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>