More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1083 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1083  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  461  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2746  two component transcriptional regulator  99.14 
 
 		 233 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396444  normal  0.898138 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2943  two component transcriptional regulator  79.4 
 
 		 232 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.723084  normal  0.121071 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 245 aa  164  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 250 aa  156  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 250 aa  156  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 232 aa  154  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 232 aa  154  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  37.87 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  38.66 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  38.66 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 239 aa  151  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  38.1 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  40.69 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 243 aa  148  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  33.77 
 
 		 239 aa  148  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  37.66 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 238 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  148  8e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  33.77 
 
 		 239 aa  148  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  40.6 
 
 		 245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  37.82 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  32.9 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  37.39 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  33.77 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  32.9 
 
 		 239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  33.33 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  33.62 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.62 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 249 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 229 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  36.68 
 
 		 243 aa  144  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  32.47 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0328  DNA-binding response regulator OmpR  40.09 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  32.47 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  32.47 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  32.47 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  32.47 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  38.96 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  40.26 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0258  osmolarity response regulator  40.09 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.17 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 254 aa  143  2e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 241 aa  143  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  39.91 
 
 		 254 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  32.19 
 
 		 238 aa  143  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0200  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.45 
 
 		 248 aa  142  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 243 aa  142  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  31.76 
 
 		 238 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  32.62 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>