More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0999 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0999  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
304 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5167  extracellular solute-binding protein family 3  82.68 
 
 
318 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0887  extracellular solute-binding protein  93.71 
 
 
290 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0729  extracellular solute-binding protein  77.1 
 
 
318 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.446742  normal  0.30254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0788  putative ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  78.4 
 
 
302 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  72.67 
 
 
306 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  75.65 
 
 
306 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2860  extracellular solute-binding protein family 3  49.42 
 
 
279 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107141  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2383  extracellular solute-binding protein  51.61 
 
 
317 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3770  extracellular solute-binding protein  47.13 
 
 
295 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169569  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  49.8 
 
 
294 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1626  extracellular solute-binding protein  50.2 
 
 
327 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.536801  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  47.19 
 
 
292 aa  262  4e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3226  extracellular solute-binding protein  47.39 
 
 
307 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0831998  normal  0.589747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3550  extracellular solute-binding protein family 3  47.01 
 
 
307 aa  255  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3421  extracellular solute-binding protein family 3  46.97 
 
 
306 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 
279 aa  208  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  38.91 
 
 
291 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  38.13 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.46 
 
 
280 aa  192  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0578  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.86 
 
 
306 aa  192  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.08 
 
 
280 aa  192  8e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  35.94 
 
 
283 aa  185  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 
282 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 
261 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0425  extracellular solute-binding protein  37.3 
 
 
319 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.495581  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  35.29 
 
 
260 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  34.07 
 
 
268 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.07 
 
 
282 aa  155  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.77 
 
 
268 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  36.2 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  36.44 
 
 
262 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  36.84 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 
268 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.09 
 
 
253 aa  151  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.09 
 
 
253 aa  151  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
268 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  34.21 
 
 
253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.96 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  36.68 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.68 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  36.68 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.51 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  35.53 
 
 
259 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 
243 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
265 aa  145  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  35.24 
 
 
259 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.51 
 
 
243 aa  145  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  32.02 
 
 
268 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.96 
 
 
243 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.09 
 
 
261 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.53 
 
 
243 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.07 
 
 
243 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.96 
 
 
243 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.11 
 
 
247 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.96 
 
 
243 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1098  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 
254 aa  142  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.041078  normal  0.0345837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  33.85 
 
 
257 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6710  extracellular solute-binding protein family 3  36 
 
 
256 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000229164  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  35.56 
 
 
247 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.53 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.09 
 
 
243 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.09 
 
 
245 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.09 
 
 
243 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.09 
 
 
245 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  35.09 
 
 
243 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.89 
 
 
257 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.89 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  32.75 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.48 
 
 
257 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  33.33 
 
 
243 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  32.9 
 
 
256 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  31.11 
 
 
263 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.77 
 
 
261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.77 
 
 
261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.77 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.62 
 
 
250 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.03 
 
 
260 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 
250 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  31.47 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  32.03 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
250 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0324  arginine ABC-transporter, arginine binding protein  30.26 
 
 
242 aa  133  3.9999999999999996e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.592181  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2397  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 
257 aa  133  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  32.03 
 
 
258 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  33.03 
 
 
257 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  33.93 
 
 
261 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  33.46 
 
 
258 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  31.68 
 
 
258 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  32.13 
 
 
257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  32.76 
 
 
253 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>