More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2860 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2860  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
279 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.107141  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3770  extracellular solute-binding protein  82.37 
 
 
295 aa  484  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169569  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1626  extracellular solute-binding protein  76.77 
 
 
327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.536801  normal  0.13632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3226  extracellular solute-binding protein  74.81 
 
 
307 aa  384  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0831998  normal  0.589747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3421  extracellular solute-binding protein family 3  76.86 
 
 
306 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3550  extracellular solute-binding protein family 3  75.1 
 
 
307 aa  384  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.73273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0788  putative ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.04 
 
 
302 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334731 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0150  extracellular solute-binding protein  48.18 
 
 
306 aa  278  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0729  extracellular solute-binding protein  50.79 
 
 
318 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.446742  normal  0.30254 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5167  extracellular solute-binding protein family 3  50.38 
 
 
318 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0999  extracellular solute-binding protein  49.6 
 
 
304 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0202  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 
306 aa  267  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.725948  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0887  extracellular solute-binding protein  47.89 
 
 
290 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0266  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 
292 aa  235  8e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2383  extracellular solute-binding protein  44.35 
 
 
317 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3023  extracellular solute-binding protein family 3  43.95 
 
 
294 aa  217  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  39.93 
 
 
291 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  40.84 
 
 
291 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 
283 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.82 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.82 
 
 
280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0578  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  39.93 
 
 
306 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  36.16 
 
 
279 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0425  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.495581  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  27.08 
 
 
268 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  32.74 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1701  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.89 
 
 
243 aa  118  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  25.88 
 
 
268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.74 
 
 
259 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.63 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.22 
 
 
243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28 
 
 
243 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2118  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
264 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.95 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  28.89 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  28.89 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.89 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  26.61 
 
 
294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0708  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
264 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.956063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 
260 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1187  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
264 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.708736  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1163  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
264 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.516909  normal  0.0605845 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3780  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.38 
 
 
260 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.219824  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  29.87 
 
 
259 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  29.44 
 
 
259 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
258 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.75 
 
 
243 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
268 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0962  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
245 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0927  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
245 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0994  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
243 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1025  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
243 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1379  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.31 
 
 
243 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1044  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
243 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.180668  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 
253 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  28.19 
 
 
243 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.19 
 
 
243 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6710  extracellular solute-binding protein family 3  30.53 
 
 
256 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000229164  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
261 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.6 
 
 
282 aa  105  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2189  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  28.38 
 
 
260 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.300771 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0228  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.69 
 
 
260 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.892568  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
263 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4297  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.47 
 
 
264 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.173151 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.75 
 
 
243 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
265 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001573  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtI  27.56 
 
 
247 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.74719  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  28.38 
 
 
258 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1496  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.19 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.515934  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1806  lysine-arginine-ornithine transport system, binding exported protein  28.19 
 
 
262 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2131  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.19 
 
 
262 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0792  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.19 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244149  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0376  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  28.19 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2109  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.19 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0474  putative lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  28.19 
 
 
260 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 
247 aa  102  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  25.99 
 
 
243 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 
261 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.15 
 
 
268 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5953  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.95 
 
 
260 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203121  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1698  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.99 
 
 
243 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.176126  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
264 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  28 
 
 
268 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.53 
 
 
257 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1964  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.99 
 
 
243 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.822983  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1067  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
264 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1729  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.133589  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1783  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.61 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2491  extracellular solute-binding protein family 3  27.83 
 
 
258 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.38007  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2417  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.131702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  29.18 
 
 
264 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>