More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4149 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
297 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2798  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.18 
 
 
285 aa  242  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0366  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.62 
 
 
294 aa  234  9e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.01 
 
 
297 aa  177  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.675821  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
316 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0729  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases-like protein  28.82 
 
 
301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1303  methyltransferase FkbM  30.48 
 
 
619 aa  106  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3092  NmrA-like protein  31.88 
 
 
292 aa  102  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
294 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
298 aa  84.7  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
294 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.17 
 
 
298 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.31 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
294 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
299 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  21.81 
 
 
299 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.31 
 
 
295 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1479  hypothetical protein  31.37 
 
 
288 aa  71.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.1879 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.28 
 
 
296 aa  71.2  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  24.85 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0660  NmrA family protein  35.09 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 
294 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
296 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14261  hypothetical protein  25.36 
 
 
297 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0547193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  23.19 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  28.17 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.5 
 
 
301 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1826  mRNA-binding protein  29.96 
 
 
313 aa  67  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  26.92 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  35.71 
 
 
294 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.4 
 
 
330 aa  65.9  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  21.52 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
308 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
296 aa  65.5  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000335133  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  23.08 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.21 
 
 
321 aa  63.9  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
320 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
320 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.6 
 
 
329 aa  63.2  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
302 aa  62.8  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
320 aa  62.4  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
305 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.38 
 
 
318 aa  62  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.52 
 
 
330 aa  60.8  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.77 
 
 
345 aa  60.8  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  35.4 
 
 
322 aa  60.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  23.97 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
309 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0023317 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13741  hypothetical protein  23.44 
 
 
296 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.482957  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5185  NADPH:quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase-like protein  32 
 
 
584 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0220056 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  23.21 
 
 
338 aa  59.7  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.21 
 
 
338 aa  59.7  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.45 
 
 
506 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.3 
 
 
321 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14021  hypothetical protein  24.75 
 
 
293 aa  59.7  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.066088  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
320 aa  59.3  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 
304 aa  59.3  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1679  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.1 
 
 
294 aa  58.9  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.165214  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17471  putative mRNA binding protein  23.67 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.52 
 
 
331 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
321 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  22.31 
 
 
302 aa  58.5  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
229 aa  58.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.66 
 
 
286 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.52 
 
 
330 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
324 aa  58.2  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  20.51 
 
 
323 aa  57.4  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  23.2 
 
 
327 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.32 
 
 
320 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
338 aa  57  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  24.53 
 
 
317 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  31.6 
 
 
321 aa  56.6  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.56 
 
 
337 aa  56.6  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
303 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
309 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0776  nucleotide sugar epimerase  24.56 
 
 
306 aa  56.2  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
304 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
348 aa  56.2  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174057  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
322 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  25.37 
 
 
375 aa  55.8  0.0000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  26.36 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1232  NmrA family protein  24.29 
 
 
297 aa  55.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000395859  normal  0.0148086 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0272  NmrA family protein  28.12 
 
 
274 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.94 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2691  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
310 aa  55.5  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.4 
 
 
349 aa  55.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  25.39 
 
 
334 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
314 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4150  NmrA family protein  27.43 
 
 
280 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0515383  normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
323 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.45 
 
 
310 aa  55.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.01826  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.57 
 
 
312 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>