More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1303 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1303  methyltransferase FkbM  100 
 
 
619 aa  1218    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.97 
 
 
294 aa  339  9e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  34.39 
 
 
299 aa  196  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3092  NmrA-like protein  38.6 
 
 
292 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0729  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases-like protein  29.41 
 
 
301 aa  139  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
308 aa  124  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
295 aa  115  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
296 aa  115  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
295 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
294 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
294 aa  113  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
298 aa  110  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
309 aa  110  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
298 aa  108  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  33.33 
 
 
297 aa  108  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
294 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
296 aa  103  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
309 aa  100  6e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0366  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
294 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  31.78 
 
 
294 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 
301 aa  96.7  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.61 
 
 
318 aa  96.3  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
291 aa  95.9  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24.16 
 
 
302 aa  95.1  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
297 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
306 aa  95.1  3e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
306 aa  94.4  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.22 
 
 
316 aa  93.2  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
318 aa  91.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
310 aa  91.7  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.01826  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2798  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
285 aa  91.7  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
318 aa  90.9  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14261  hypothetical protein  22.95 
 
 
297 aa  90.5  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0547193  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
296 aa  90.5  8e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
297 aa  89.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.675821  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.83 
 
 
302 aa  89  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
314 aa  87.8  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
309 aa  87.8  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  24.06 
 
 
320 aa  87.8  6e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.33 
 
 
336 aa  87.4  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  24.89 
 
 
320 aa  87  8e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  29.22 
 
 
317 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2001  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
309 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
309 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.81324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1479  hypothetical protein  35.57 
 
 
288 aa  85.9  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.1879 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.15 
 
 
313 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
306 aa  86.3  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4905  NmrA family protein  32.24 
 
 
327 aa  86.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.554615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2101  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.61 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798646 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7062  NmrA family protein  32.37 
 
 
512 aa  84.3  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
301 aa  84.3  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  18.81 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0169  putative transmembrane oxidoreductase protein  22.44 
 
 
312 aa  84  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.410172  normal  0.889445 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.22 
 
 
317 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
308 aa  82.4  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  27.97 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
320 aa  82.4  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
321 aa  82  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1826  mRNA-binding protein  27.89 
 
 
313 aa  82  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3788  putative transmembrane oxidoreductase protein  22.11 
 
 
312 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754913  normal  0.999241 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
299 aa  81.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  18.09 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
381 aa  80.9  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.71 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09641  putative mRNA binding protein  25.75 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.513424  hitchhiker  0.0042312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  32.53 
 
 
321 aa  80.1  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.22 
 
 
328 aa  79.7  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.36 
 
 
252 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.22 
 
 
328 aa  79  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 
306 aa  79.3  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
326 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  23.16 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  28.69 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.26 
 
 
340 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2758  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
325 aa  79  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.862088  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.43 
 
 
329 aa  78.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
323 aa  79  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.14 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1213  NmrA family protein  33.33 
 
 
273 aa  78.2  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.423436  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
351 aa  77.8  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
530 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
302 aa  77.8  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1706  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  20.29 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
302 aa  77.4  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148283  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.12 
 
 
312 aa  77.4  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.37 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  28.28 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
328 aa  77  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
304 aa  77  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2691  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
310 aa  76.6  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
307 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  26.97 
 
 
340 aa  76.3  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
301 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>