212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0729 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0729  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases-like protein  100 
 
 
301 aa  623  1e-177  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3092  NmrA-like protein  36.68 
 
 
292 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  32.76 
 
 
299 aa  162  7e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1303  methyltransferase FkbM  29.41 
 
 
619 aa  132  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14261  hypothetical protein  36.32 
 
 
297 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0547193  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
294 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.675821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
297 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0366  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
294 aa  88.6  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 
301 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.2 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.84 
 
 
296 aa  77  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
324 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  24.08 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.41 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2798  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
285 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0169  putative transmembrane oxidoreductase protein  21.57 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.410172  normal  0.889445 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.19 
 
 
320 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.26 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.61 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 
296 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.95 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.51 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  24.8 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.62 
 
 
295 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.68 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1479  hypothetical protein  25.34 
 
 
288 aa  68.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.1879 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1706  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.13 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  21.48 
 
 
302 aa  66.6  0.0000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3788  putative transmembrane oxidoreductase protein  24.28 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754913  normal  0.999241 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.78 
 
 
321 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  24.37 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
299 aa  62.8  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  23.19 
 
 
329 aa  62.4  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.8 
 
 
302 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.25 
 
 
347 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.25 
 
 
347 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  21.73 
 
 
338 aa  60.8  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.73 
 
 
338 aa  60.8  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  22.39 
 
 
294 aa  60.1  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  23.38 
 
 
316 aa  60.1  0.00000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
318 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  23.85 
 
 
320 aa  59.3  0.00000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.01 
 
 
294 aa  59.3  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  22.59 
 
 
342 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.35 
 
 
345 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
310 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.865539  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.22 
 
 
312 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.85 
 
 
309 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
355 aa  58.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.22 
 
 
319 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.22 
 
 
319 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.22 
 
 
319 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.22 
 
 
319 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.78 
 
 
319 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
309 aa  57  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  21.23 
 
 
349 aa  57  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.77 
 
 
347 aa  57.4  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  22.19 
 
 
329 aa  56.6  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  21.36 
 
 
365 aa  56.6  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.71 
 
 
346 aa  56.2  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.54 
 
 
346 aa  56.2  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.22 
 
 
320 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  28.21 
 
 
328 aa  55.8  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  21.95 
 
 
328 aa  55.8  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.32 
 
 
318 aa  55.8  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.22 
 
 
319 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  21.56 
 
 
329 aa  55.8  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.1 
 
 
305 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.71 
 
 
316 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  31.13 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  31.13 
 
 
329 aa  55.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  20.87 
 
 
380 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.29 
 
 
361 aa  55.5  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.34 
 
 
328 aa  55.5  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
335 aa  54.7  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  21.93 
 
 
340 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  20.35 
 
 
302 aa  54.3  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.36 
 
 
349 aa  53.9  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  20.47 
 
 
322 aa  53.5  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.52 
 
 
320 aa  53.5  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.79 
 
 
353 aa  53.5  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.99 
 
 
355 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  23.12 
 
 
318 aa  52.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.93 
 
 
353 aa  52.8  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.19 
 
 
322 aa  52.8  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.1 
 
 
320 aa  52.8  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
316 aa  52.4  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  21.8 
 
 
373 aa  52.4  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.19 
 
 
328 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  23.35 
 
 
680 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.31 
 
 
323 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  37.84 
 
 
328 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36 
 
 
327 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.78 
 
 
358 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.85 
 
 
331 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>