More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3092 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3092  NmrA-like protein  100 
 
 
292 aa  566  1e-160  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0729  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases-like protein  35.69 
 
 
301 aa  186  3e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  31.12 
 
 
299 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2159  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.72 
 
 
294 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1303  methyltransferase FkbM  38.6 
 
 
619 aa  161  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14261  hypothetical protein  25.68 
 
 
297 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0547193  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
294 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.9 
 
 
306 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
295 aa  113  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
296 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
309 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
297 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.675821  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
296 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  31.42 
 
 
297 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
309 aa  99.8  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  98.6  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  32.53 
 
 
294 aa  97.4  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  27.21 
 
 
302 aa  96.3  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
302 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.77 
 
 
301 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.16 
 
 
297 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0366  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
294 aa  92.8  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  31.79 
 
 
324 aa  90.9  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  26.52 
 
 
302 aa  90.9  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.87 
 
 
324 aa  89.4  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
306 aa  87.8  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
318 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1479  hypothetical protein  32.62 
 
 
288 aa  86.7  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.1879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
308 aa  85.5  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
299 aa  85.5  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
340 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  27.99 
 
 
317 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
512 aa  83.6  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  26.46 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0169  putative transmembrane oxidoreductase protein  23.55 
 
 
312 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.410172  normal  0.889445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
358 aa  82.4  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2016  NmrA family protein  29.39 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.675517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3788  putative transmembrane oxidoreductase protein  25.28 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754913  normal  0.999241 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
320 aa  79  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
313 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2101  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.15 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798646 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4905  NmrA family protein  28.98 
 
 
327 aa  77.4  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.554615 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  23.36 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  23.92 
 
 
320 aa  77  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
333 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.56 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2001  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
324 aa  75.9  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
349 aa  75.9  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
306 aa  75.1  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1826  mRNA-binding protein  28.38 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
309 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.81324 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
319 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
331 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
329 aa  72.8  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  27.59 
 
 
318 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  32.31 
 
 
334 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  21.86 
 
 
316 aa  72  0.00000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
333 aa  72  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
331 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  32.31 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  29.72 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2758  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
305 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  22.33 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1706  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.83 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0063  NmrA family protein  29.17 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000216715  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0065  NmrA family protein  29.17 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4630  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.01826  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
314 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.97 
 
 
286 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.75 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  29.72 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.11 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.38 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  29.28 
 
 
335 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>