More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0104 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0104  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)+)  100 
 
 
491 aa  996    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108131  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4451  succinate semialdehyde dehydrogenase  65.9 
 
 
493 aa  676    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0243  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  65.97 
 
 
492 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314586  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4999  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  64.83 
 
 
495 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416466  normal  0.785793 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5259  aldehyde dehydrogenase  61.15 
 
 
487 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4473  succinate semialdehyde dehydrogenase  64.85 
 
 
486 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.623002  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30180  succinate semialdehyde dehydrogenase  56.33 
 
 
487 aa  555  1e-157  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.559382  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1915  Aldehyde Dehydrogenase  56.43 
 
 
485 aa  552  1e-156  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1755  succinate semialdehyde dehydrogenase  53.68 
 
 
497 aa  532  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2949  succinate semialdehyde dehydrogenase  54.55 
 
 
489 aa  522  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4757  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  57.59 
 
 
487 aa  520  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.613804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0735  Aldehyde Dehydrogenase  54.58 
 
 
490 aa  513  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0429832  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1786  succinate semialdehyde dehydrogenase  54.22 
 
 
493 aa  514  1e-144  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4403  Aldehyde Dehydrogenase  52.36 
 
 
496 aa  509  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4961  Aldehyde Dehydrogenase  53.8 
 
 
487 aa  508  9.999999999999999e-143  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1116  succinate semialdehyde dehydrogenase  55.14 
 
 
482 aa  504  1e-141  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0692  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.17 
 
 
477 aa  504  1e-141  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2783  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  51.28 
 
 
481 aa  500  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.959595 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1202  Aldehyde Dehydrogenase  52.2 
 
 
487 aa  496  1e-139  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0940218  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2927  Aldehyde Dehydrogenase  52.45 
 
 
491 aa  496  1e-139  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00501178  normal  0.281874 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4598  succinate semialdehyde dehydrogenase  55.77 
 
 
485 aa  496  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.893745  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36980  succinate semialdehyde dehydrogenase  53.68 
 
 
484 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.037708 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27380  succinate semialdehyde dehydrogenase  52.22 
 
 
489 aa  489  1e-137  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.723278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0078  Aldehyde Dehydrogenase  54.22 
 
 
502 aa  486  1e-136  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23320  succinate semialdehyde dehydrogenase  51.47 
 
 
490 aa  483  1e-135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0258087 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3722  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.18 
 
 
500 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3399  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.18 
 
 
500 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.547981  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1228  Aldehyde Dehydrogenase  50.31 
 
 
489 aa  472  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1277  Aldehyde Dehydrogenase  55.49 
 
 
499 aa  473  1e-132  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000107333 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4076  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  52.32 
 
 
500 aa  474  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0646  succinate semialdehyde dehydrogenase  52.86 
 
 
459 aa  472  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2112  Aldehyde Dehydrogenase  51.89 
 
 
486 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00293848  normal  0.162574 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1425  aldehyde dehydrogenase  53.8 
 
 
488 aa  470  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0257267  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6301  succinic semialdehyde dehydrogenase  45.9 
 
 
492 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3337  Aldehyde Dehydrogenase  51.87 
 
 
487 aa  466  9.999999999999999e-131  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0028  succinate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  50 
 
 
497 aa  464  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0187  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  49.05 
 
 
480 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4419  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  52.09 
 
 
482 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.219338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4942  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  49.46 
 
 
482 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.498743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4713  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  52.09 
 
 
482 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4333  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)+)  52.21 
 
 
476 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.393848  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4355  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.75 
 
 
493 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805728 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1207  succinate semialdehyde dehydrogenase  55.27 
 
 
514 aa  462  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358001  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0213  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.21 
 
 
480 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0237  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.21 
 
 
480 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4999  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.93 
 
 
480 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6021  succinic semialdehyde dehydrogenase  50.64 
 
 
486 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0228  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.21 
 
 
480 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0343  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  48.5 
 
 
483 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8160  NAD-dependent succinate aldehyde dehydrogenase  46.52 
 
 
494 aa  454  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.407408  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03430  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  47.85 
 
 
483 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59013  hitchhiker  1.44142e-17 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11280  succinate semialdehyde dehydrogenase  50.31 
 
 
500 aa  453  1.0000000000000001e-126  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0554894  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4421  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.54 
 
 
479 aa  451  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0231  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  47.16 
 
 
483 aa  448  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1022  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.32 
 
 
482 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0300  succinate-semialdehyde dehydrogenase  46.95 
 
 
480 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2781  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.11 
 
 
482 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.610238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0213  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.41 
 
 
492 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.786998  normal  0.906241 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2941  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.11 
 
 
482 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3263  succinate semialdehyde dehydrogenase  49.28 
 
 
489 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.132134 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1045  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.57 
 
 
482 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3363  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.37 
 
 
489 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.159343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0173  succinic semialdehyde dehydrogenase  48.12 
 
 
479 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03829  succinate-semialdehyde dehydrogenase (Eurofung)  47.28 
 
 
531 aa  442  1e-123  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02517  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  46.57 
 
 
482 aa  445  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4617  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.11 
 
 
488 aa  445  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224958  normal  0.233649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0091  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.32 
 
 
480 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2988  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.95 
 
 
482 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.853074  normal  0.0957266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2904  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.74 
 
 
482 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1309  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  51.28 
 
 
483 aa  444  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.858755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02481  hypothetical protein  46.57 
 
 
482 aa  445  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3903  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.11 
 
 
482 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.85959 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1526  Succinate-semialdehyde dehydrogenase  47.69 
 
 
489 aa  444  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.515209  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4850  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.32 
 
 
486 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2796  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.57 
 
 
482 aa  445  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2493  succinate semialdehyde dehydrogenase  46 
 
 
490 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.295666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2971  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.74 
 
 
482 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0217153 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3092  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.74 
 
 
482 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1691  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.23 
 
 
484 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.943711  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0289  succinic semialdehyde dehydrogenase  44.51 
 
 
490 aa  439  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05360  succinate semialdehyde dehydrogenase  48.73 
 
 
495 aa  439  9.999999999999999e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0233509  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49080  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  46.74 
 
 
483 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.133526  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1976  succinate semialdehyde dehydrogenase  46.93 
 
 
496 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275824  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1858  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  50.95 
 
 
485 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234368  normal  0.423121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6931  succinic semialdehyde dehydrogenase  49.47 
 
 
479 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.80699  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4712  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.53 
 
 
489 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0492  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  47.21 
 
 
489 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1640  succinate-semialdehyde dehydrogenase  48.64 
 
 
483 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.37932  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1093  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.06 
 
 
486 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4208  succinate semialdehyde dehydrogenase  47.26 
 
 
500 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2774  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.11 
 
 
486 aa  437  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2120  succinate-semialdehyde dehydrogenase  47.21 
 
 
489 aa  438  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.71661  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5242  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.32 
 
 
489 aa  438  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426538  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2125  succinate-semialdehyde dehydrogenase  47.21 
 
 
489 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.481281  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0700  succinic semialdehyde dehydrogenase  44.81 
 
 
503 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.618227  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4876  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)(+))  50.95 
 
 
482 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.892375  normal  0.621517 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0517  succinic semialdehyde dehydrogenase  45.01 
 
 
486 aa  435  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000530591  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  47.16 
 
 
482 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5362  succinic semialdehyde dehydrogenase  46.32 
 
 
489 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0808  succinate-semialdehyde dehydrogenase  47.21 
 
 
489 aa  436  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>