More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4300 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0394  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.62 
 
 		 1077 aa  840    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2152  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.85 
 
 		 1076 aa  679    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.233528  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4228  acriflavin resistance protein  43.27 
 
 		 1071 aa  838    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0330177  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2775  acriflavin resistance protein  42.46 
 
 		 1080 aa  742    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0117683  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3935  acriflavin resistance protein  43.04 
 
 		 1077 aa  838    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00742097 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3744  acriflavin resistance protein  43.1 
 
 		 1100 aa  735    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3103  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.58 
 
 		 1087 aa  751    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2182  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.64 
 
 		 1073 aa  741    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139177  normal  0.0189713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4086  acriflavin resistance protein  42.32 
 
 		 1117 aa  751    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0506  acriflavin resistance protein  43.07 
 
 		 1102 aa  720    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.97787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1454  acriflavin resistance protein  40.9 
 
 		 1131 aa  771    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3343  acriflavin resistance protein  42.31 
 
 		 1068 aa  774    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0450597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1103  acriflavin resistance protein  66.42 
 
 		 1072 aa  1377    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.779489 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0305  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 1076 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3719  AcrB/AcrD/AcrF family cation mulitdrug efflux protein  85.98 
 
 		 1074 aa  1819    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0582  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  43.22 
 
 		 1067 aa  776    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2397  acriflavin resistance protein  43.43 
 
 		 1065 aa  748    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3725  acriflavin resistance protein  65.2 
 
 		 1072 aa  1373    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2722  acriflavin resistance protein  39.96 
 
 		 1070 aa  768    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.180186  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2113  acriflavin resistance protein  65.22 
 
 		 1063 aa  1307    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.568687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0663  acriflavin resistance protein  41.72 
 
 		 1065 aa  758    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0460  AcrB/AcrD/AcrF family cation/multidrug efflux pump  65.22 
 
 		 1063 aa  1308    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1388  acriflavin resistance protein  39.03 
 
 		 1078 aa  729    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00288524  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1213  acriflavin resistance protein  91.11 
 
 		 1074 aa  1936    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845004  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2440  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 		 1084 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0608966  hitchhiker  0.0000826173 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1999  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.68 
 
 		 1069 aa  767    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0123  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.31 
 
 		 1074 aa  766    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.71937  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3127  acriflavin resistance protein  42.92 
 
 		 1071 aa  836    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0790763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0548  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.62 
 
 		 1099 aa  646    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0455  acriflavin resistance protein  35.37 
 
 		 1105 aa  648    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0280  acriflavin resistance protein  39.43 
 
 		 1070 aa  747    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.186381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0058  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.59 
 
 		 1067 aa  694    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1164  acriflavin resistance protein  36.14 
 
 		 1110 aa  635    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.149808  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0205  acriflavin resistance protein  37.29 
 
 		 1089 aa  670    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3873  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 		 1101 aa  729    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3943  acriflavin resistance protein  42.16 
 
 		 1118 aa  752    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3302  acriflavin resistance protein  42.74 
 
 		 1096 aa  741    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4300  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1076 aa  2130    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.371235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1583  acriflavin resistance protein  42.13 
 
 		 1082 aa  732    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0291903  hitchhiker  0.00000000741416 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3760  acriflavin resistance protein  41.95 
 
 		 1109 aa  716    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2047  acriflavin resistance protein  40.3 
 
 		 1112 aa  778    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1394  acriflavin resistance protein  66.79 
 
 		 1089 aa  1402    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.760431  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3221  acriflavin resistance protein  87.69 
 
 		 1068 aa  1859    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.889308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1742  acriflavin resistance protein  44.13 
 
 		 1261 aa  815    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.638591  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5560  acriflavin resistance protein  37.24 
 
 		 1093 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1412  acriflavin resistance protein  40.96 
 
 		 1086 aa  746    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00540284  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1614  acriflavin resistance protein  42.99 
 
 		 1099 aa  743    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0729352  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2795  acriflavin resistance protein  42.47 
 
 		 1080 aa  737    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000776318  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4199  acriflavin resistance protein  92.28 
 
 		 1075 aa  1937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2870  acriflavin resistance protein  42.46 
 
 		 1080 aa  742    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.222771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3851  acriflavin resistance protein  43.19 
 
 		 1077 aa  838    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.35925  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1692  acriflavin resistance protein  41.41 
 
 		 1118 aa  736    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4696  acriflavin resistance protein  64.62 
 
 		 1063 aa  1260    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46697  normal  0.0748582 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2348  acriflavin resistance protein  40.83 
 
 		 1076 aa  794    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.176127  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2286  acriflavin resistance protein  68.26 
 
 		 1089 aa  1419    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.639212  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3465  acriflavin resistance protein  42.39 
 
 		 1074 aa  809    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100065  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1129  acriflavin resistance protein  42.66 
 
 		 1085 aa  736    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.287542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2611  acriflavin resistance protein  41.62 
 
 		 1094 aa  723    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0333004  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2828  acriflavin resistance protein  42.21 
 
 		 1079 aa  727    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0285116  hitchhiker  0.00268553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1393  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 		 1082 aa  737    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000988639  unclonable  0.0000000000715255 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2382  acriflavin resistance protein  65.7 
 
 		 1061 aa  1318    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.512595 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1458  acriflavin resistance protein  42.26 
 
 		 1082 aa  738    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00370682  unclonable  0.0000576194 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2474  acriflavin resistance protein  42.53 
 
 		 1075 aa  740    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000679191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2689  acriflavin resistance protein  40.88 
 
 		 1086 aa  751    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103254  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2473  acriflavin resistance protein  66.67 
 
 		 1066 aa  1425    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0243  acriflavin resistance protein  68.16 
 
 		 1090 aa  1421    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4053  acriflavin resistance protein  42.28 
 
 		 1118 aa  750    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.69753  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3057  acriflavin resistance protein  39.5 
 
 		 1084 aa  661    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4181  acriflavin resistance protein  37.13 
 
 		 1093 aa  653    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.644693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0981  acriflavin resistance protein  41.49 
 
 		 1090 aa  755    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546511 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1817  acriflavin resistance protein  42.67 
 
 		 1084 aa  790    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00322061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3249  acriflavin resistance protein  43.02 
 
 		 1297 aa  806    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.139234  hitchhiker  0.00118635 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1446  acriflavin resistance protein  42.78 
 
 		 1076 aa  736    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0138545  hitchhiker  0.0000000120634 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0181  acriflavin resistance protein  40.2 
 
 		 1068 aa  803    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1747  acriflavin resistance protein  41.27 
 
 		 1081 aa  763    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0244  acriflavin resistance protein  39.63 
 
 		 1069 aa  739    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.205434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3380  acriflavin resistance protein  36.68 
 
 		 1092 aa  629  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.412732 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1235  AcrB/AcrD/AcrF family protein  35.92 
 
 		 1146 aa  623  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2366  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family  35.94 
 
 		 1092 aa  620  1e-176  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1999  acriflavin resistance protein  35.94 
 
 		 1092 aa  620  1e-176  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.646318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000104  acriflavin resistance protein  34.03 
 
 		 1102 aa  609  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0322  acriflavin resistance protein  33.72 
 
 		 1102 aa  595  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5382  acriflavin resistance protein  34.36 
 
 		 1095 aa  590  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651805  normal  0.619486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2073  acriflavin resistance protein  33.69 
 
 		 1102 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0420991  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  28.3 
 
 		 1043 aa  349  2e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  24.84 
 
 		 1092 aa  308  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25.75 
 
 		 1034 aa  299  2e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  25.85 
 
 		 1032 aa  292  3e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  25.93 
 
 		 1070 aa  287  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0763  acriflavin resistance protein  25.16 
 
 		 1039 aa  284  7.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  25.98 
 
 		 1496 aa  283  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0965  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.55 
 
 		 1024 aa  280  1e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00708155  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6179  acriflavin resistance protein  25.11 
 
 		 1065 aa  278  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.160015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  26.61 
 
 		 1041 aa  277  7e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  25.37 
 
 		 1038 aa  277  7e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  25.82 
 
 		 1071 aa  274  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  27.74 
 
 		 1470 aa  274  8.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3981  acriflavin resistance protein  23.98 
 
 		 1014 aa  273  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0877  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.33 
 
 		 528 aa  271  4e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0448595  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  25.68 
 
 		 1041 aa  271  4e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>