More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3103 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0394  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.39 
 
 
1077 aa  874    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2611  acriflavin resistance protein  75.8 
 
 
1094 aa  1647    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0333004  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4053  acriflavin resistance protein  40.46 
 
 
1118 aa  748    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.69753  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2366  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family  35.61 
 
 
1092 aa  675    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2152  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.65 
 
 
1076 aa  686    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.233528  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2795  acriflavin resistance protein  91.33 
 
 
1080 aa  1942    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000776318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1614  acriflavin resistance protein  79.7 
 
 
1099 aa  1716    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0729352  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1454  acriflavin resistance protein  42.15 
 
 
1131 aa  776    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2440  acriflavin resistance protein  77.37 
 
 
1084 aa  1631    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0608966  hitchhiker  0.0000826173 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2775  acriflavin resistance protein  91.51 
 
 
1080 aa  1951    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0117683  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3103  AcrB/AcrD/AcrF family protein  100 
 
 
1087 aa  2195    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3302  acriflavin resistance protein  55.95 
 
 
1096 aa  1112    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1394  acriflavin resistance protein  40.55 
 
 
1089 aa  723    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.760431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3744  acriflavin resistance protein  54.13 
 
 
1100 aa  1068    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2113  acriflavin resistance protein  42.06 
 
 
1063 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.568687  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1103  acriflavin resistance protein  42.67 
 
 
1072 aa  776    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.779489 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2047  acriflavin resistance protein  42.87 
 
 
1112 aa  898    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2182  AcrB/AcrD/AcrF family protein  75.33 
 
 
1073 aa  1600    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139177  normal  0.0189713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3343  acriflavin resistance protein  57.08 
 
 
1068 aa  1182    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0450597 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2397  acriflavin resistance protein  54.55 
 
 
1065 aa  1113    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1388  acriflavin resistance protein  41.25 
 
 
1078 aa  780    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00288524  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0460  AcrB/AcrD/AcrF family cation/multidrug efflux pump  42.33 
 
 
1063 aa  770    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3719  AcrB/AcrD/AcrF family cation mulitdrug efflux protein  42.75 
 
 
1074 aa  753    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1742  acriflavin resistance protein  40.39 
 
 
1261 aa  800    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.638591  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1999  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.2 
 
 
1069 aa  843    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0123  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.74 
 
 
1074 aa  832    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.71937  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0506  acriflavin resistance protein  56.28 
 
 
1102 aa  1116    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.97787  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3935  acriflavin resistance protein  43.23 
 
 
1077 aa  860    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00742097 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3127  acriflavin resistance protein  43.14 
 
 
1071 aa  880    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0790763  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0548  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.11 
 
 
1099 aa  684    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0582  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  65.98 
 
 
1067 aa  1385    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0455  acriflavin resistance protein  36.31 
 
 
1105 aa  687    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4696  acriflavin resistance protein  41.07 
 
 
1063 aa  739    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46697  normal  0.0748582 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0280  acriflavin resistance protein  42.06 
 
 
1070 aa  817    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.186381  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3851  acriflavin resistance protein  43.6 
 
 
1077 aa  860    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.35925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1129  acriflavin resistance protein  56.95 
 
 
1085 aa  1136    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.287542  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0058  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  54.32 
 
 
1067 aa  1068    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1747  acriflavin resistance protein  42.72 
 
 
1081 aa  828    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3873  acriflavin resistance protein  41.64 
 
 
1101 aa  780    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3943  acriflavin resistance protein  40.46 
 
 
1118 aa  751    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4300  acriflavin resistance protein  42.58 
 
 
1076 aa  761    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.371235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1213  acriflavin resistance protein  42.73 
 
 
1074 aa  766    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845004  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3057  acriflavin resistance protein  39.47 
 
 
1084 aa  708    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0305  acriflavin resistance protein  51.67 
 
 
1076 aa  1061    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3760  acriflavin resistance protein  53.57 
 
 
1109 aa  1067    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2348  acriflavin resistance protein  44.28 
 
 
1076 aa  857    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.176127  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3221  acriflavin resistance protein  44.2 
 
 
1068 aa  794    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.889308  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1692  acriflavin resistance protein  40.35 
 
 
1118 aa  770    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1412  acriflavin resistance protein  64.81 
 
 
1086 aa  1353    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00540284  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5382  acriflavin resistance protein  35.44 
 
 
1095 aa  636    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651805  normal  0.619486 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4199  acriflavin resistance protein  41.97 
 
 
1075 aa  745    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2828  acriflavin resistance protein  56.1 
 
 
1079 aa  1117    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0285116  hitchhiker  0.00268553 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1164  acriflavin resistance protein  35.15 
 
 
1110 aa  649    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.149808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2870  acriflavin resistance protein  91.42 
 
 
1080 aa  1951    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.222771  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2286  acriflavin resistance protein  42.98 
 
 
1089 aa  783    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.639212  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4228  acriflavin resistance protein  42.12 
 
 
1071 aa  855    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0330177  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4086  acriflavin resistance protein  40.46 
 
 
1117 aa  746    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000104  acriflavin resistance protein  36 
 
 
1102 aa  666    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2722  acriflavin resistance protein  44.13 
 
 
1070 aa  874    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.180186  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3465  acriflavin resistance protein  42.5 
 
 
1074 aa  844    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100065  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1393  acriflavin resistance protein  94.57 
 
 
1082 aa  2022    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000988639  unclonable  0.0000000000715255 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2473  acriflavin resistance protein  40.74 
 
 
1066 aa  766    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2382  acriflavin resistance protein  42.7 
 
 
1061 aa  790    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.512595 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1458  acriflavin resistance protein  94.66 
 
 
1082 aa  2026    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00370682  unclonable  0.0000576194 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2474  acriflavin resistance protein  89.41 
 
 
1075 aa  1919    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000679191  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0205  acriflavin resistance protein  37.84 
 
 
1089 aa  709    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2689  acriflavin resistance protein  74.17 
 
 
1086 aa  1598    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103254  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0243  acriflavin resistance protein  43 
 
 
1090 aa  783    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0663  acriflavin resistance protein  68.76 
 
 
1065 aa  1467    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0181  acriflavin resistance protein  43.81 
 
 
1068 aa  881    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1583  acriflavin resistance protein  91.42 
 
 
1082 aa  1943    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0291903  hitchhiker  0.00000000741416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3380  acriflavin resistance protein  37.66 
 
 
1092 aa  685    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.412732 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0981  acriflavin resistance protein  55.65 
 
 
1090 aa  1173    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.546511 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1817  acriflavin resistance protein  55.97 
 
 
1084 aa  1170    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00322061  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0244  acriflavin resistance protein  41.32 
 
 
1069 aa  800    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.205434  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3249  acriflavin resistance protein  41.65 
 
 
1297 aa  816    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.139234  hitchhiker  0.00118635 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1446  acriflavin resistance protein  94.63 
 
 
1076 aa  2015    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0138545  hitchhiker  0.0000000120634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3725  acriflavin resistance protein  41.13 
 
 
1072 aa  749    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1999  acriflavin resistance protein  35.61 
 
 
1092 aa  675    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.646318  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0322  acriflavin resistance protein  33.75 
 
 
1102 aa  620  1e-176  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1235  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.11 
 
 
1146 aa  615  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4181  acriflavin resistance protein  34.99 
 
 
1093 aa  610  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.644693  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2073  acriflavin resistance protein  33.66 
 
 
1102 aa  609  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0420991  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5560  acriflavin resistance protein  34.79 
 
 
1093 aa  598  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  25.77 
 
 
1044 aa  308  3e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  24.43 
 
 
1050 aa  299  2e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  26.15 
 
 
1063 aa  297  9e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25 
 
 
1034 aa  295  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  25.05 
 
 
1043 aa  293  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  24.17 
 
 
1058 aa  293  2e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0619  acriflavin resistance AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.9 
 
 
529 aa  290  9e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  24.69 
 
 
1053 aa  288  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  25.31 
 
 
1092 aa  285  3.0000000000000004e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  26.05 
 
 
1470 aa  284  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  24.14 
 
 
1041 aa  283  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  25.3 
 
 
1496 aa  281  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  24.65 
 
 
1011 aa  281  5e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  25.55 
 
 
1055 aa  280  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  24.72 
 
 
1032 aa  280  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  25.91 
 
 
1044 aa  278  3e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>