More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4696 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0394  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.36 
 
 
1077 aa  780    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1747  acriflavin resistance protein  40.86 
 
 
1081 aa  729    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2152  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.2 
 
 
1076 aa  694    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.233528  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2722  acriflavin resistance protein  38.74 
 
 
1070 aa  718    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.180186  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0663  acriflavin resistance protein  41.18 
 
 
1065 aa  747    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2473  acriflavin resistance protein  60.96 
 
 
1066 aa  1221    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3103  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.07 
 
 
1087 aa  747    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2182  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.23 
 
 
1073 aa  771    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.139177  normal  0.0189713 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3249  acriflavin resistance protein  42.91 
 
 
1297 aa  792    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.139234  hitchhiker  0.00118635 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3744  acriflavin resistance protein  42.36 
 
 
1100 aa  709    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1614  acriflavin resistance protein  41.34 
 
 
1099 aa  744    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0729352  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4086  acriflavin resistance protein  43.73 
 
 
1117 aa  766    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3343  acriflavin resistance protein  42.4 
 
 
1068 aa  774    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0450597 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3057  acriflavin resistance protein  40.24 
 
 
1084 aa  672    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2397  acriflavin resistance protein  42.95 
 
 
1065 aa  744    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3302  acriflavin resistance protein  43.44 
 
 
1096 aa  748    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1817  acriflavin resistance protein  42.62 
 
 
1084 aa  779    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00322061  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2611  acriflavin resistance protein  41.17 
 
 
1094 aa  737    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0333004  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0460  AcrB/AcrD/AcrF family cation/multidrug efflux pump  74.86 
 
 
1063 aa  1513    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2775  acriflavin resistance protein  41.73 
 
 
1080 aa  743    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0117683  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1129  acriflavin resistance protein  41.12 
 
 
1085 aa  720    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.287542  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1999  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.63 
 
 
1069 aa  689    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0123  AcrB/AcrD/AcrF family protein  39.03 
 
 
1074 aa  726    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.71937  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1692  acriflavin resistance protein  43.72 
 
 
1118 aa  762    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0506  acriflavin resistance protein  41.71 
 
 
1102 aa  738    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.97787  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3127  acriflavin resistance protein  42.26 
 
 
1071 aa  776    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0790763  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0548  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.58 
 
 
1099 aa  656    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4696  acriflavin resistance protein  100 
 
 
1063 aa  2092    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46697  normal  0.0748582 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1394  acriflavin resistance protein  58.67 
 
 
1089 aa  1165    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.760431  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0455  acriflavin resistance protein  35.62 
 
 
1105 aa  641    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2348  acriflavin resistance protein  38.45 
 
 
1076 aa  716    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.176127  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2047  acriflavin resistance protein  41.34 
 
 
1112 aa  789    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1742  acriflavin resistance protein  44.68 
 
 
1261 aa  800    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.638591  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0058  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.64 
 
 
1067 aa  675    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3465  acriflavin resistance protein  41.46 
 
 
1074 aa  771    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.100065  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3873  acriflavin resistance protein  43.22 
 
 
1101 aa  731    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3943  acriflavin resistance protein  43.72 
 
 
1118 aa  770    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4300  acriflavin resistance protein  64.49 
 
 
1076 aa  1275    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.371235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1583  acriflavin resistance protein  41.64 
 
 
1082 aa  738    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0291903  hitchhiker  0.00000000741416 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2795  acriflavin resistance protein  41.64 
 
 
1080 aa  737    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000776318  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3760  acriflavin resistance protein  41.63 
 
 
1109 aa  720    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1388  acriflavin resistance protein  38.55 
 
 
1078 aa  699    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00288524  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3221  acriflavin resistance protein  63.58 
 
 
1068 aa  1269    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.889308  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1213  acriflavin resistance protein  64.63 
 
 
1074 aa  1293    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.845004  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1412  acriflavin resistance protein  40.91 
 
 
1086 aa  730    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00540284  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2870  acriflavin resistance protein  41.73 
 
 
1080 aa  743    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.222771  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3725  acriflavin resistance protein  60.71 
 
 
1072 aa  1211    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1103  acriflavin resistance protein  68.99 
 
 
1072 aa  1404    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.779489 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2474  acriflavin resistance protein  41.96 
 
 
1075 aa  742    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000679191  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4199  acriflavin resistance protein  64.21 
 
 
1075 aa  1282    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0305  acriflavin resistance protein  39.79 
 
 
1076 aa  679    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1454  acriflavin resistance protein  42.53 
 
 
1131 aa  745    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2440  acriflavin resistance protein  41.42 
 
 
1084 aa  738    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0608966  hitchhiker  0.0000826173 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4228  acriflavin resistance protein  42.07 
 
 
1071 aa  786    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0330177  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2286  acriflavin resistance protein  68.87 
 
 
1089 aa  1406    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.639212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1446  acriflavin resistance protein  41.09 
 
 
1076 aa  739    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0138545  hitchhiker  0.0000000120634 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0244  acriflavin resistance protein  39.16 
 
 
1069 aa  691    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.205434  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3935  acriflavin resistance protein  41.64 
 
 
1077 aa  779    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00742097 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0280  acriflavin resistance protein  39.38 
 
 
1070 aa  696    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.186381  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0205  acriflavin resistance protein  36.63 
 
 
1089 aa  643    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1393  acriflavin resistance protein  41 
 
 
1082 aa  738    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000988639  unclonable  0.0000000000715255 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2382  acriflavin resistance protein  75.12 
 
 
1061 aa  1519    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.512595 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1458  acriflavin resistance protein  41.15 
 
 
1082 aa  736    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00370682  unclonable  0.0000576194 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4053  acriflavin resistance protein  43.37 
 
 
1118 aa  766    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.69753  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3719  AcrB/AcrD/AcrF family cation mulitdrug efflux protein  63.52 
 
 
1074 aa  1280    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2689  acriflavin resistance protein  42.15 
 
 
1086 aa  781    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103254  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0582  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  44.35 
 
 
1067 aa  790    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0243  acriflavin resistance protein  64.29 
 
 
1090 aa  1283    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2113  acriflavin resistance protein  74.86 
 
 
1063 aa  1513    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.568687  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2828  acriflavin resistance protein  42.63 
 
 
1079 aa  714    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0285116  hitchhiker  0.00268553 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0181  acriflavin resistance protein  38.71 
 
 
1068 aa  734    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3851  acriflavin resistance protein  41.74 
 
 
1077 aa  762    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.35925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0981  acriflavin resistance protein  41.22 
 
 
1090 aa  761    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.546511 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1164  acriflavin resistance protein  35.93 
 
 
1110 aa  629  1e-179  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.149808  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3380  acriflavin resistance protein  36.99 
 
 
1092 aa  628  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.412732 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2366  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family  35.47 
 
 
1092 aa  617  1e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1999  acriflavin resistance protein  35.47 
 
 
1092 aa  617  1e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.646318  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4181  acriflavin resistance protein  36.79 
 
 
1093 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.644693  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5560  acriflavin resistance protein  37.32 
 
 
1093 aa  601  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000104  acriflavin resistance protein  34.62 
 
 
1102 aa  597  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1235  AcrB/AcrD/AcrF family protein  35.13 
 
 
1146 aa  579  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0322  acriflavin resistance protein  35.71 
 
 
1102 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2073  acriflavin resistance protein  36.07 
 
 
1102 aa  566  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0420991  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5382  acriflavin resistance protein  35.4 
 
 
1095 aa  563  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651805  normal  0.619486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  29.86 
 
 
1043 aa  345  2e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  26.67 
 
 
1034 aa  313  1e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0752  acriflavin resistance protein  26.95 
 
 
1071 aa  300  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1925  acriflavin resistance protein  26.84 
 
 
1020 aa  299  2e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.553474  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  26.52 
 
 
1092 aa  298  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0877  AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.22 
 
 
528 aa  294  7e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0448595  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  27.1 
 
 
1038 aa  293  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.08 
 
 
1024 aa  286  1.0000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0619  acriflavin resistance AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.98 
 
 
529 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  27.19 
 
 
1028 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  28.44 
 
 
1028 aa  283  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0559  acriflavin resistance protein  27.2 
 
 
1062 aa  282  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2392  acriflavin resistance protein  28.82 
 
 
1028 aa  283  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430925  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  26.17 
 
 
1026 aa  282  3e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25 
 
 
1043 aa  281  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  27.18 
 
 
1031 aa  280  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>