294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3204 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3204  HI0933-like protein  100 
 
 		 410 aa  789    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2251  HI0933-like protein  83.66 
 
 		 414 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.294962  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2481  HI0933 family protein  77.8 
 
 		 411 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0212712  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2553  HI0933-like protein  68.63 
 
 		 409 aa  555  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3087  HI0933-like protein  72.18 
 
 		 409 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.909822  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2154  hypothetical protein  67.32 
 
 		 408 aa  522  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3585  hypothetical protein  67.61 
 
 		 395 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3911  HI0933 family protein  61.5 
 
 		 428 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3248  hypothetical protein  58.99 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0839  HI0933 family protein  61.5 
 
 		 407 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.612434  normal  0.0181973 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0879  hypothetical protein  60.4 
 
 		 407 aa  431  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4431  hypothetical protein  59.31 
 
 		 409 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.803445  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4371  hypothetical protein  61.43 
 
 		 404 aa  434  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0087  hypothetical protein  57.64 
 
 		 413 aa  426  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4913  HI0933 family protein  63 
 
 		 419 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159614  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0453  hypothetical protein  55.64 
 
 		 406 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.881492 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3158  putative transmembrane protein  55.05 
 
 		 425 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3600  HI0933 family protein  54.48 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.777632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4677  HI0933 family protein  54.48 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1928  hypothetical protein  58.82 
 
 		 429 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744933  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3818  hypothetical protein  54.36 
 
 		 404 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4919  hypothetical protein  53.35 
 
 		 425 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000084695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3007  hypothetical protein  54 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2458  hypothetical protein  52.3 
 
 		 424 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1738  putative transmembrane protein  54.41 
 
 		 429 aa  396  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3538  HI0933 family protein  52.53 
 
 		 421 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.570912  normal  0.174633 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1005  hypothetical protein  51.13 
 
 		 402 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2737  hypothetical protein  50.85 
 
 		 422 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1520  hypothetical protein  54.23 
 
 		 411 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1040  hypothetical protein  50.88 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4296  hypothetical protein  54.11 
 
 		 424 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0420  putative transmembrane protein, NAD(FAD)-binding  52.26 
 
 		 430 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0593  HI0933 family protein  55.42 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568345  hitchhiker  0.000690115 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1785  hypothetical protein  54.96 
 
 		 419 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.928092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4663  hypothetical protein  53.47 
 
 		 412 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3798  HI0933 family protein  52.37 
 
 		 402 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5009  putative flavoprotein oxidoreductase  51.34 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438649  normal  0.35364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0805  HI0933 family protein  59.01 
 
 		 414 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.0281532 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2125  hypothetical protein  48.88 
 
 		 406 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0041  HI0933-like protein  51.6 
 
 		 399 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.32138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4904  hypothetical protein  48.75 
 
 		 458 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0655  hypothetical protein  52.58 
 
 		 424 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000115775  normal  0.464819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4778  hypothetical protein  52.99 
 
 		 413 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0053  HI0933 family protein  55.2 
 
 		 406 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000927745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4765  hypothetical protein  52.36 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0079112  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1505  HI0933 family protein  51.13 
 
 		 447 aa  371  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0455  HI0933 family protein  54.48 
 
 		 432 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2353  hypothetical protein  51.13 
 
 		 447 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.839309  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2266  HI0933-like protein  48.79 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2187  hypothetical protein  49.89 
 
 		 458 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4640  hypothetical protein  52.11 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000626559  hitchhiker  0.00685408 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2642  hypothetical protein  49.33 
 
 		 482 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.148126  normal  0.0148984 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2326  HI0933 family protein  53.28 
 
 		 412 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0407  HI0933-like protein  53.27 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3503  HI0933 family protein  53.38 
 
 		 416 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.849047 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12770  hypothetical protein  51.92 
 
 		 391 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3724  hypothetical protein  54.36 
 
 		 413 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0364  hypothetical protein  47.64 
 
 		 411 aa  362  7.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113097  normal  0.426406 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10020  HI0933-like protein  52.91 
 
 		 410 aa  362  9e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.148718  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2010  hypothetical protein  58.91 
 
 		 405 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.170272 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01510  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  47.91 
 
 		 420 aa  357  2.9999999999999997e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185858  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4321  hypothetical protein  50.64 
 
 		 390 aa  357  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1159  hypothetical protein  50.37 
 
 		 491 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0836  putative flavoprotein  52.76 
 
 		 392 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538979  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2494  hypothetical protein  52.51 
 
 		 392 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1434  HI0933 family protein  50.12 
 
 		 415 aa  352  5.9999999999999994e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.952569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2895  HI0933-like protein  45.33 
 
 		 452 aa  349  5e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3139  hypothetical protein  50.63 
 
 		 402 aa  339  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0000634596  decreased coverage  0.0000000576575 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2768  hypothetical protein  50.49 
 
 		 401 aa  333  5e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1089  hypothetical protein  46.85 
 
 		 458 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0628  flavoprotein  40.77 
 
 		 398 aa  289  8e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0929211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2209  hypothetical protein  29.86 
 
 		 430 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000224827  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0187  HI0933 family protein  33.18 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0708  FAD dependent oxidoreductase  30.92 
 
 		 409 aa  144  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0030  HI0933 family protein  31.05 
 
 		 412 aa  135  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0291  hypothetical protein  30.84 
 
 		 408 aa  134  3e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0908  HI0933 family protein  30.02 
 
 		 426 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2050  hypothetical protein  29.77 
 
 		 419 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000118961  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1378  hypothetical protein  28.71 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.275116 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1926  HI0933-like protein  28.1 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0672  HI0933 family protein  28.1 
 
 		 436 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2378  HI0933 family protein  29.43 
 
 		 412 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.270996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0927  HI0933 family protein  29.9 
 
 		 408 aa  121  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.1016 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1733  HI0933 family protein  28.19 
 
 		 408 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3399  HI0933 family protein  31.08 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000862547  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2387  hypothetical protein  30.38 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2761  HI0933 family protein  26.24 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0861  HI0933 family protein  25.48 
 
 		 412 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883164  normal  0.741633 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1339  hypothetical protein  27.07 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0646456  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1150  YhiN family flavoprotein  27.21 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.823305  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1601  hypothetical protein  26.67 
 
 		 406 aa  110  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2135  hypothetical protein  27.89 
 
 		 415 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00468248  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0262  flavoprotein  26.64 
 
 		 424 aa  108  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000227955  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1567  hypothetical protein  25.31 
 
 		 393 aa  107  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4820  conserved hypothetical protein TIGR00275  27.66 
 
 		 423 aa  106  6e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0848463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4843  conserved hypothetical protein TIGR00275  27.42 
 
 		 423 aa  106  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000266049  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0195  hypothetical protein  28.44 
 
 		 435 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0437859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0416  hypothetical protein TIGR00275  27.66 
 
 		 423 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0139426  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1752  hypothetical protein  25.85 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00572064  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3371  hypothetical protein  27 
 
 		 426 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000385799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>