More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3818 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3818  hypothetical protein  100 
 
 
404 aa  798    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3798  HI0933 family protein  74.81 
 
 
402 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3503  HI0933 family protein  74 
 
 
416 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.849047 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4321  hypothetical protein  68.75 
 
 
390 aa  522  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1005  hypothetical protein  65.17 
 
 
402 aa  522  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1040  hypothetical protein  64.68 
 
 
402 aa  519  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2125  hypothetical protein  62.19 
 
 
406 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3007  hypothetical protein  58.08 
 
 
402 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1520  hypothetical protein  57.47 
 
 
411 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3158  putative transmembrane protein  53.9 
 
 
425 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2458  hypothetical protein  55.56 
 
 
424 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2553  HI0933-like protein  52.99 
 
 
409 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2481  HI0933 family protein  54.61 
 
 
411 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0212712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4919  hypothetical protein  54.48 
 
 
425 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000084695  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5009  putative flavoprotein oxidoreductase  54.34 
 
 
421 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438649  normal  0.35364 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3600  HI0933 family protein  53.58 
 
 
422 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.777632  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4677  HI0933 family protein  53.58 
 
 
422 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4904  hypothetical protein  51.51 
 
 
458 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2737  hypothetical protein  51.72 
 
 
422 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2154  hypothetical protein  54.5 
 
 
408 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.515787 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1785  hypothetical protein  56.48 
 
 
419 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.928092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2326  HI0933 family protein  56.52 
 
 
412 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0839  HI0933 family protein  54.77 
 
 
407 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.612434  normal  0.0181973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4296  hypothetical protein  53.12 
 
 
424 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1738  putative transmembrane protein  54.21 
 
 
429 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2187  hypothetical protein  50.68 
 
 
458 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3538  HI0933 family protein  52.51 
 
 
421 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.570912  normal  0.174633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0879  hypothetical protein  54.77 
 
 
407 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0364773 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0455  HI0933 family protein  54.8 
 
 
432 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1159  hypothetical protein  54.68 
 
 
491 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11907  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10020  HI0933-like protein  56.11 
 
 
410 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.148718  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4663  hypothetical protein  51.98 
 
 
412 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0087  hypothetical protein  52.26 
 
 
413 aa  388  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3204  HI0933-like protein  54.36 
 
 
410 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4765  hypothetical protein  52.38 
 
 
412 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0079112  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0420  putative transmembrane protein, NAD(FAD)-binding  51.63 
 
 
430 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2251  HI0933-like protein  52.87 
 
 
414 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.294962  normal  0.0473731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12770  hypothetical protein  53.71 
 
 
391 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117851  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4640  hypothetical protein  52.38 
 
 
412 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000626559  hitchhiker  0.00685408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3585  hypothetical protein  53.61 
 
 
395 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138366 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1434  HI0933 family protein  54.21 
 
 
415 aa  382  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.952569  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2266  HI0933-like protein  48.65 
 
 
468 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01510  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  52.59 
 
 
420 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0655  hypothetical protein  52.27 
 
 
424 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000115775  normal  0.464819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4778  hypothetical protein  52.39 
 
 
413 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103411  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0453  hypothetical protein  52.01 
 
 
406 aa  378  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.881492 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2353  hypothetical protein  50.68 
 
 
447 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.839309  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2642  hypothetical protein  49.22 
 
 
482 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.148126  normal  0.0148984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3087  HI0933-like protein  51.81 
 
 
409 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.909822  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4371  hypothetical protein  53.96 
 
 
404 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.24156  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1505  HI0933 family protein  50.46 
 
 
447 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4913  HI0933 family protein  54.52 
 
 
419 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0364  hypothetical protein  46.75 
 
 
411 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0113097  normal  0.426406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2895  HI0933-like protein  47.01 
 
 
452 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3724  hypothetical protein  54.39 
 
 
413 aa  364  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4431  hypothetical protein  51.36 
 
 
409 aa  359  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.803445  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0593  HI0933 family protein  53.33 
 
 
416 aa  348  1e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568345  hitchhiker  0.000690115 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0805  HI0933 family protein  54.36 
 
 
414 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.0281532 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1928  hypothetical protein  52.08 
 
 
429 aa  344  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.744933  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3248  hypothetical protein  48.99 
 
 
402 aa  344  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3911  HI0933 family protein  47.29 
 
 
428 aa  342  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2010  hypothetical protein  56.23 
 
 
405 aa  341  2e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.170272 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2768  hypothetical protein  49.88 
 
 
401 aa  335  5.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1089  hypothetical protein  50.7 
 
 
458 aa  335  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0407  HI0933-like protein  49.35 
 
 
397 aa  331  1e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.424008  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2494  hypothetical protein  50.39 
 
 
392 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0836  putative flavoprotein  50.39 
 
 
392 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538979  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0041  HI0933-like protein  48.13 
 
 
399 aa  328  9e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.32138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0053  HI0933 family protein  49.62 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000927745 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3139  hypothetical protein  49.61 
 
 
402 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0000634596  decreased coverage  0.0000000576575 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0628  flavoprotein  38.13 
 
 
398 aa  291  9e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0929211  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0708  FAD dependent oxidoreductase  30.53 
 
 
409 aa  152  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0187  HI0933 family protein  32.39 
 
 
433 aa  146  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0030  HI0933 family protein  31.4 
 
 
412 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2050  hypothetical protein  33.25 
 
 
419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000118961  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1733  HI0933 family protein  28.85 
 
 
408 aa  129  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1601  hypothetical protein  27.98 
 
 
406 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2387  hypothetical protein  30.15 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2135  hypothetical protein  31.39 
 
 
415 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00468248  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2209  hypothetical protein  26.67 
 
 
430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000224827  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1237  HI0933-like protein  26.22 
 
 
412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1197  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  23.24 
 
 
403 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00144707  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1025  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  23 
 
 
403 aa  113  5e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0617168  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0861  HI0933 family protein  24.58 
 
 
412 aa  110  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000883164  normal  0.741633 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0927  HI0933 family protein  28.91 
 
 
408 aa  111  3e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.1016 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0158  hypothetical protein  28.51 
 
 
435 aa  110  5e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1567  hypothetical protein  24.31 
 
 
393 aa  110  6e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1926  HI0933-like protein  24.42 
 
 
414 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1378  hypothetical protein  27.83 
 
 
415 aa  107  4e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.275116 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3399  HI0933 family protein  27.25 
 
 
419 aa  106  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000862547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1339  hypothetical protein  26.94 
 
 
406 aa  106  8e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0646456  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0908  HI0933 family protein  28.5 
 
 
426 aa  106  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2378  HI0933 family protein  24.94 
 
 
412 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.270996  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1150  YhiN family flavoprotein  26.34 
 
 
406 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.823305  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0195  hypothetical protein  28.51 
 
 
435 aa  103  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0437859  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0291  hypothetical protein  26.89 
 
 
408 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1752  hypothetical protein  24.26 
 
 
390 aa  101  3e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00572064  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1022  HI0933 family protein  22.46 
 
 
403 aa  100  4e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_183  hypothetical protein  28.05 
 
 
435 aa  100  5e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.277985  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4843  conserved hypothetical protein TIGR00275  25.42 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000266049  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>