More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1906 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1906  vanillate O-demethylase oxidoreductase  100 
 
 		 330 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.335217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4141  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  76.06 
 
 		 330 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.482707  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2186  putative oxydoreductase  59.82 
 
 		 326 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1139  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  51.99 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000137744 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3385  oxidoreductase FAD-binding region  46.34 
 
 		 329 aa  294  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00882636 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1367  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  46.15 
 
 		 347 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7104  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  46.71 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2825  ferredoxin  46.25 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0703333  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26070  vanillate demethylase subunit B  39.74 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1342  ferredoxin  39.68 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.605474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3596  ferredoxin  40.34 
 
 		 782 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1371  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  35.58 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1492  ferredoxin  38.63 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  37.93 
 
 		 788 aa  159  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0441  ferredoxin  35.69 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.476743 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  39.37 
 
 		 784 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0628  ferredoxin  35.06 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2680  ferredoxin  38.01 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3234  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.47 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.432272 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3454  ferredoxin  36.36 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4932  ferredoxin, cytochrome P450  39.65 
 
 		 780 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5278  ferredoxin:cytochrome P450:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  36.88 
 
 		 783 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  39.13 
 
 		 784 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  39.13 
 
 		 784 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  39.13 
 
 		 784 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  39.13 
 
 		 784 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5646  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.98 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  39.13 
 
 		 784 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  38.8 
 
 		 784 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  36.48 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  38.8 
 
 		 784 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  38.98 
 
 		 783 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6582  ferredoxin  32.28 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.71028  normal  0.0286768 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  37.14 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22450  cytochrome P450  37.23 
 
 		 775 aa  145  8.000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3313  ferredoxin  30.63 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7074  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  33.99 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0880566  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  33.78 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  36.55 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  36.55 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2529  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  33.45 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00243461  normal  0.86299 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1830  ferredoxin  33.45 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.285762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0687  ferredoxin  36.04 
 
 		 794 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1840  ferredoxin  33.1 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0439482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01773  predicted oxidoreductase  33.1 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3939  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / oxidoreductase, NAD-dependent  31.6 
 
 		 558 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01761  hypothetical protein  33.1 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.25 
 
 		 317 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1891  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  33.1 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2063  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  33.1 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2029  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  33.1 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.435425  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0337  ferredoxin  33.01 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5830  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  33.33 
 
 		 317 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3096  ferredoxin  36.4 
 
 		 769 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.367454 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  34.32 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  33.66 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  32.74 
 
 		 588 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5925  ferredoxin  35.79 
 
 		 315 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0144605  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  33.99 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.59 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  34.41 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7253  ferredoxin  33.68 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5958  ferredoxin  35.19 
 
 		 788 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.962015  normal  0.081957 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  33 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  34.85 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1385  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  31.71 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  33.77 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  35.42 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  34.62 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1517  oxidoreductase  30.66 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3584  phthalate 4,5-dioxygenase  34.5 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  34.56 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  35.22 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1620  ferredoxin  29.43 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1752  oxidoreductase  30.66 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000180781 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  33 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  35.14 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  33.33 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  33.44 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  33.33 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10970  putative flavodoxin reductase  34 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  32.77 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  35.67 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  33.45 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  33.55 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4894  ferredoxin  33.75 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.373479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  34.2 
 
 		 326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3181  ferredoxin  32.78 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0458671 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2193  ferredoxin  32.01 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0744529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2459  ferredoxin  36.7 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0241293  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  33.44 
 
 		 326 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6337  ferredoxin  34.67 
 
 		 315 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424849 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  31.11 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4832  ferredoxin  34.53 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000030603  hitchhiker  0.00755842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  31.94 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  34.2 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  31.6 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5549  phenoxybenzoate dioxygenase subunit beta  32.24 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  34.71 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  34.71 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>