More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2169 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  100 
 
 		 316 aa  648    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  96.2 
 
 		 316 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  96.2 
 
 		 316 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  89.87 
 
 		 316 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  75.32 
 
 		 316 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  75 
 
 		 316 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  60.13 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  58.86 
 
 		 321 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  55.77 
 
 		 322 aa  388  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  58.79 
 
 		 323 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  59.75 
 
 		 322 aa  381  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  56.15 
 
 		 317 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  57.69 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  57.05 
 
 		 321 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  57.1 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  57.69 
 
 		 323 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  56.41 
 
 		 321 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  56.41 
 
 		 321 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  56.73 
 
 		 321 aa  360  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  56.47 
 
 		 317 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  56.01 
 
 		 315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  53.04 
 
 		 320 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  54.09 
 
 		 317 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  56.09 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  54.49 
 
 		 321 aa  339  5e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  53.33 
 
 		 319 aa  332  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  52.04 
 
 		 318 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  52.55 
 
 		 319 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  52.24 
 
 		 317 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  50.64 
 
 		 315 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4880  ferredoxin  53.55 
 
 		 332 aa  325  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.797791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  48.74 
 
 		 318 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  53.29 
 
 		 319 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  50.63 
 
 		 326 aa  306  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  51.4 
 
 		 317 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3213  ferredoxin  49.55 
 
 		 344 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.289084  normal  0.0335883 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  48.73 
 
 		 331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  47.32 
 
 		 334 aa  297  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  48.57 
 
 		 324 aa  289  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  46.69 
 
 		 320 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  45.43 
 
 		 323 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  44.44 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  44.44 
 
 		 316 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  44.44 
 
 		 316 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0554  putative iron-sulfur oxidoreductase subunit  44.9 
 
 		 337 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.162175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2173  vanillate O-demethylase oxidoreductase  43.99 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23964  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  44.12 
 
 		 784 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5899  ferredoxin  43.93 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.985129  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  44.48 
 
 		 320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4067  ferredoxin  42.31 
 
 		 319 aa  251  9.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  44.76 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5676  ferredoxin  43.3 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0301762  normal  0.0416479 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5777  phthalate 4,5-dioxygenase  43.96 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  43.45 
 
 		 324 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  43.79 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  42.99 
 
 		 325 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  40.76 
 
 		 330 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  43.12 
 
 		 330 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  44.41 
 
 		 326 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  41.96 
 
 		 588 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0965  ferredoxin  43.26 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  41.96 
 
 		 325 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4624  ferredoxin  42.53 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3566  ferredoxin  43.61 
 
 		 322 aa  243  3e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  43.17 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4243  ferredoxin  43.91 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  41.77 
 
 		 320 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3680  ferredoxin  41.64 
 
 		 319 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  41.75 
 
 		 321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  43.48 
 
 		 326 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3159  ferredoxin  44.2 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  44.3 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  40.72 
 
 		 788 aa  235  9e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3393  ferredoxin  43.08 
 
 		 754 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205639 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  40.2 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2925  ferredoxin  41.42 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  41.31 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  39.49 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  39.49 
 
 		 320 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7074  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  42.67 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0880566  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  40.25 
 
 		 321 aa  225  8e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  40.57 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  40.57 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  41.8 
 
 		 784 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  41.8 
 
 		 784 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  38.34 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  42.14 
 
 		 327 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4341  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  39.37 
 
 		 313 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1830  ferredoxin  39.74 
 
 		 321 aa  222  7e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.285762 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  40.19 
 
 		 316 aa  222  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4932  ferredoxin, cytochrome P450  38.59 
 
 		 780 aa  222  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1840  ferredoxin  39.4 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0439482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01773  predicted oxidoreductase  39.4 
 
 		 321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01761  hypothetical protein  39.4 
 
 		 321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2029  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.74 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.435425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>