More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0139 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0139  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 464 aa  954    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.412915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0118  FAD dependent oxidoreductase  86.21 
 
 		 464 aa  837    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6224  FAD dependent oxidoreductase  68.89 
 
 		 473 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2019  FAD dependent oxidoreductase  65.14 
 
 		 473 aa  627  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0685  putative taurine dehydrogenase, large subunit  66.89 
 
 		 472 aa  622  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4363  FAD dependent oxidoreductase  65.56 
 
 		 471 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2003  FAD dependent oxidoreductase  66 
 
 		 471 aa  614  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4759  FAD dependent oxidoreductase  66.81 
 
 		 462 aa  609  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4526  FAD dependent oxidoreductase  65.56 
 
 		 469 aa  608  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.719592  normal  0.292372 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4863  FAD dependent oxidoreductase  63.32 
 
 		 466 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.321547 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1829  putative FAD-dependent oxidoreductase  64.18 
 
 		 464 aa  596  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.226522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3503  FAD dependent oxidoreductase  61.89 
 
 		 466 aa  591  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3750  FAD dependent oxidoreductase  60.52 
 
 		 479 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3850  FAD dependent oxidoreductase  59.52 
 
 		 482 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.885926  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4289  FAD dependent oxidoreductase  60.52 
 
 		 499 aa  570  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0106855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1643  FAD dependent oxidoreductase  60.75 
 
 		 463 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4012  FAD dependent oxidoreductase  59.42 
 
 		 462 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1461  putative oxidoreductase  42.29 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2005  FAD dependent oxidoreductase  39.78 
 
 		 443 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.343798  normal  0.360324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2458  FAD dependent oxidoreductase  38.79 
 
 		 442 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2389  FAD dependent oxidoreductase  38.03 
 
 		 446 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.986344 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3398  FAD dependent oxidoreductase  39.24 
 
 		 442 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2235  FAD dependent oxidoreductase  38.39 
 
 		 447 aa  296  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.622258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0489  FAD dependent oxidoreductase  38.98 
 
 		 446 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01621  putative oxidoreductase  36.08 
 
 		 452 aa  282  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.345026  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0954  FAD dependent oxidoreductase  35.65 
 
 		 445 aa  213  7.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.650756  normal  0.921941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3646  FAD dependent oxidoreductase  33.18 
 
 		 432 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317817  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4992  FAD dependent oxidoreductase  32.49 
 
 		 435 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5671  oxidoreductase  34.12 
 
 		 424 aa  186  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5599  FAD dependent oxidoreductase  33.72 
 
 		 424 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4967  FAD dependent oxidoreductase  33.81 
 
 		 425 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0475952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1546  FAD dependent oxidoreductase  32.71 
 
 		 424 aa  179  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.358116  normal  0.715864 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5527  FAD dependent oxidoreductase  33.18 
 
 		 434 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.745168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3392  FAD dependent oxidoreductase  33.87 
 
 		 464 aa  176  9e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5016  FAD dependent oxidoreductase  34.76 
 
 		 424 aa  176  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208645  normal  0.555113 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1511  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  30.57 
 
 		 426 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1821  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  30.52 
 
 		 426 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2324  FAD dependent oxidoreductase  30.57 
 
 		 426 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01278  gamma-Glu-putrescine oxidase, FAD/NAD(P)-binding  30.52 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.648235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2345  FAD dependent oxidoreductase  30.52 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000869786  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1416  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  30.52 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1943  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  30.52 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0775  putative FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 		 425 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.476626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01289  hypothetical protein  30.52 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.667562  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5908  FAD dependent oxidoreductase  30.18 
 
 		 425 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1537  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  30.68 
 
 		 426 aa  173  5.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.263675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0098  hypothetical protein  30.47 
 
 		 437 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48010  D-amino acid oxidoreductase family protein  31 
 
 		 438 aa  171  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6084  putative oxidoreductase  30 
 
 		 439 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0232  FAD dependent oxidoreductase  29.66 
 
 		 437 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1917  oxidoreductase  33.66 
 
 		 424 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5529  FAD dependent oxidoreductase  30.41 
 
 		 436 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2909  FAD dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2946  FAD dependent oxidoreductase  30.3 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3113  FAD dependent oxidoreductase  29.74 
 
 		 427 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.110825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2830  FAD dependent oxidoreductase  30.82 
 
 		 433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6580  FAD dependent oxidoreductase  29.57 
 
 		 442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.785564  normal  0.194981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0242  FAD dependent oxidoreductase  29.95 
 
 		 437 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0950  FAD dependent oxidoreductase  31.46 
 
 		 440 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6061  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 		 425 aa  163  7e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70100  putative oxidoreductase  29.33 
 
 		 439 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6675  FAD dependent oxidoreductase  29.12 
 
 		 444 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.411958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1494  FAD dependent oxidoreductase  31.88 
 
 		 424 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.250769  hitchhiker  0.00298171 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6440  FAD dependent oxidoreductase  29.12 
 
 		 444 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.458779  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3075  FAD dependent oxidoreductase  30.61 
 
 		 425 aa  162  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.769709  normal  0.0446875 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3021  FAD dependent oxidoreductase  31.5 
 
 		 433 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6358  FAD dependent oxidoreductase  30.62 
 
 		 444 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6273  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 425 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2124  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509963  normal  0.340468 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1194  FAD dependent oxidoreductase  29.2 
 
 		 435 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.202233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4421  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 		 425 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6351  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 		 433 aa  160  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1103  FAD dependent oxidoreductase  28.99 
 
 		 435 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.988451  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4842  FAD dependent oxidoreductase  28.94 
 
 		 433 aa  160  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3093  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 428 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0147187  normal  0.775348 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3002  FAD dependent oxidoreductase  31.25 
 
 		 433 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2980  FAD dependent oxidoreductase  31.17 
 
 		 435 aa  159  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.104228  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2914  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 428 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00154313  normal  0.633175 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6151  FAD dependent oxidoreductase  30.36 
 
 		 445 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2415  FAD dependent oxidoreductase  30.79 
 
 		 436 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0342096  normal  0.0777393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6091  FAD dependent oxidoreductase  31.16 
 
 		 424 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2996  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0244962  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0390  hypothetical protein  28.71 
 
 		 465 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0942  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 435 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6592  FAD dependent oxidoreductase  31.1 
 
 		 424 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2064  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 426 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0826  FAD dependent oxidoreductase  32.66 
 
 		 437 aa  157  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3196  FAD dependent oxidoreductase  28.95 
 
 		 435 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0472268 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3014  FAD dependent oxidoreductase  29.68 
 
 		 435 aa  156  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28180  hypothetical protein  29.55 
 
 		 427 aa  156  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0347636  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4676  oxidoreductase, FAD-dependent  30.11 
 
 		 427 aa  156  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1162  FAD dependent oxidoreductase  28.47 
 
 		 435 aa  156  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.965544  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1090  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 		 435 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.143362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3146  oxidoreductase, putative  31.08 
 
 		 431 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0638  putative FAD dependent oxidoreductase protein  30.32 
 
 		 430 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.561447  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3101  FAD dependent oxidoreductase  28.89 
 
 		 435 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2638  putative oxidoreductase  29.55 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000755871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3177  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000102861  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4658  FAD dependent oxidoreductase  30.71 
 
 		 449 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2709  FAD dependent oxidoreductase  30.86 
 
 		 431 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.362524 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>