More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1601 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1601  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
246 aa  487  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000170962  hitchhiker  0.00445927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2090  uroporphyrin-III C-methyltransferase  89.02 
 
 
246 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0362421 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3650  uroporphyrin-III C-methyltransferase  89.43 
 
 
246 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000265889  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1608  uroporphyrin-III C-methyltransferase  87.4 
 
 
246 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000713921  decreased coverage  0.000000000148067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2098  uroporphyrin-III C-methyltransferase  80.17 
 
 
253 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00176224  decreased coverage  0.00158802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1778  uroporphyrin-III C-methyltransferase  80.17 
 
 
250 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0293205  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2093  uroporphyrin-III C-methyltransferase  79.31 
 
 
247 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0878943  normal  0.0902648 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2300  uroporphyrin-III C-methyltransferase  79.31 
 
 
253 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00412694  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  77.64 
 
 
245 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41563  uroporphyrin-III C-methyltransferase  74.68 
 
 
245 aa  352  4e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0110837  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3528  uroporphyrin-III C-methyltransferase  74.25 
 
 
245 aa  348  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0179276  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  57.26 
 
 
277 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2321  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  56.6 
 
 
259 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.842595  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3168  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  54.85 
 
 
285 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2368  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.65 
 
 
270 aa  231  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.52 
 
 
261 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.492452 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2292  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.08 
 
 
308 aa  215  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.318843  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3532  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.88 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1585  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.25 
 
 
339 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0657013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3281  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  51.69 
 
 
274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.429285  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2332  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.93 
 
 
269 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0126754  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2843  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  51.93 
 
 
269 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2847  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.27 
 
 
274 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1554  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.95 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1573  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.52 
 
 
249 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1654  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.65 
 
 
249 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2883  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.15 
 
 
288 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1174  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.65 
 
 
269 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3697  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.08 
 
 
254 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.748365 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1628  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.22 
 
 
294 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.743744  normal  0.0196415 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5019  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.5 
 
 
261 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.83 
 
 
262 aa  195  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1104  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.32 
 
 
275 aa  194  7e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217718  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3154  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.43 
 
 
247 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.345129  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1124  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.36 
 
 
491 aa  194  1e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.219261  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18851  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.06 
 
 
255 aa  193  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2215  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  52.36 
 
 
271 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704087  hitchhiker  0.00815746 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2013  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.64 
 
 
283 aa  192  3e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.757619  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1089  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
274 aa  191  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.352107  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0245  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
340 aa  191  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0334  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
340 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.839237  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1254  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
271 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.206282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1669  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
271 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1758  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
271 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0086  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
271 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.57137  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2103  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  54.68 
 
 
286 aa  190  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.161364  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.92 
 
 
273 aa  190  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3676  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.8 
 
 
272 aa  190  2e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.74 
 
 
503 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1341  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  50.64 
 
 
284 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.605284 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4802  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.78 
 
 
249 aa  188  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284814  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1649  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.87 
 
 
264 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.783334  normal  0.0340554 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.43 
 
 
262 aa  188  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162469  hitchhiker  0.0000174023 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.45 
 
 
503 aa  188  9e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40 
 
 
248 aa  187  1e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00230836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.49 
 
 
259 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1168  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.59 
 
 
291 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0427419  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  43.97 
 
 
458 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.69 
 
 
271 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.84 
 
 
256 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.163503 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.41 
 
 
281 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.26 
 
 
511 aa  187  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.41 
 
 
278 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.41 
 
 
281 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.03 
 
 
277 aa  186  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2253  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.22 
 
 
266 aa  186  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.270146  normal  0.0491456 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.55 
 
 
276 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.26 
 
 
273 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1105  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.33 
 
 
250 aa  186  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000034343  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02124  siroheme synthase  48.74 
 
 
401 aa  185  5e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.55 
 
 
276 aa  185  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.55 
 
 
276 aa  185  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3939  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.42 
 
 
283 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.158955  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2725  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.17 
 
 
273 aa  185  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000809754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.61 
 
 
276 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.98 
 
 
278 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.17 
 
 
273 aa  185  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1982  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.79 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.663973  normal  0.9283 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18271  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.8 
 
 
261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1025  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.38 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1148  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.06 
 
 
258 aa  182  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.660594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.12 
 
 
269 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.74 
 
 
507 aa  182  6e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.19 
 
 
272 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0051  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.74 
 
 
245 aa  180  1e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0142442  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.23 
 
 
478 aa  181  1e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05583  siroheme synthase  46.09 
 
 
301 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.03 
 
 
503 aa  180  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1888  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.49 
 
 
293 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.4 
 
 
273 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3717  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 
288 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1290  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
258 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1335  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.91 
 
 
258 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1308  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.91 
 
 
258 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.91 
 
 
258 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.58633e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1445  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.91 
 
 
258 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.51628  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  46.81 
 
 
476 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2449  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.26 
 
 
502 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.448467  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2282  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  41.42 
 
 
264 aa  178  5.999999999999999e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1787  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.2 
 
 
267 aa  178  8e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>