More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1698 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  100 
 
 
458 aa  936    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  61.14 
 
 
464 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.79 
 
 
463 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.57 
 
 
464 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  60.92 
 
 
464 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  59.83 
 
 
464 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  60.04 
 
 
464 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.14 
 
 
463 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  60.13 
 
 
465 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  60.92 
 
 
463 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  59.91 
 
 
465 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  59.17 
 
 
462 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  53.26 
 
 
489 aa  501  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  55.22 
 
 
479 aa  497  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  54.35 
 
 
468 aa  497  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.96 
 
 
482 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  52.74 
 
 
493 aa  485  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.72 
 
 
487 aa  479  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.05 
 
 
502 aa  481  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.65 
 
 
479 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.99 
 
 
528 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  50.54 
 
 
481 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  46.83 
 
 
554 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.2 
 
 
482 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  50.22 
 
 
474 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.57 
 
 
473 aa  443  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.42 
 
 
462 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  51.2 
 
 
467 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  51.42 
 
 
473 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.62 
 
 
484 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  50.66 
 
 
457 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  51.42 
 
 
473 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  50.33 
 
 
457 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  50.44 
 
 
457 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  50.66 
 
 
457 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  49.24 
 
 
457 aa  436  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  50.76 
 
 
457 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  50.76 
 
 
459 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  50.76 
 
 
457 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  50.54 
 
 
457 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.39 
 
 
480 aa  433  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  50.76 
 
 
459 aa  430  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.58 
 
 
472 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  50.98 
 
 
459 aa  431  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  50.76 
 
 
470 aa  431  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  49.89 
 
 
472 aa  431  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0830  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.98 
 
 
473 aa  425  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.96 
 
 
480 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1933  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.48 
 
 
495 aa  420  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  47.39 
 
 
462 aa  419  1e-116  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  49.02 
 
 
472 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  49.02 
 
 
472 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.02 
 
 
472 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.04 
 
 
476 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.04 
 
 
470 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  44.86 
 
 
476 aa  357  2.9999999999999997e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.86 
 
 
478 aa  356  3.9999999999999996e-97  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.58 
 
 
478 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.01 
 
 
478 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.79 
 
 
476 aa  327  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6982  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.04 
 
 
476 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.26 
 
 
478 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3562  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.45 
 
 
478 aa  321  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0347  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.37 
 
 
464 aa  315  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.354994 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.91 
 
 
480 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.39 
 
 
480 aa  301  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  58.51 
 
 
283 aa  297  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2375  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.02 
 
 
507 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2314  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  59.51 
 
 
290 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0400127  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.81 
 
 
484 aa  283  5.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.73 
 
 
282 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.17 
 
 
475 aa  278  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1077  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.17 
 
 
490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0490237  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.26 
 
 
277 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.84 
 
 
276 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  36.85 
 
 
477 aa  273  6e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.71 
 
 
478 aa  273  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.26 
 
 
478 aa  272  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  53.17 
 
 
275 aa  272  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4228  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.33 
 
 
292 aa  271  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276742  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  36.85 
 
 
478 aa  271  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5891  siroheme synthase  35.03 
 
 
493 aa  271  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.61 
 
 
272 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.63 
 
 
490 aa  269  8e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.1 
 
 
485 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.98 
 
 
505 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.98 
 
 
277 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1262  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  53.6 
 
 
284 aa  264  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  33.41 
 
 
485 aa  264  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.76 
 
 
286 aa  264  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.530041  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1706  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  50 
 
 
297 aa  263  4.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  36.59 
 
 
473 aa  262  8.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.29 
 
 
521 aa  260  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.38 
 
 
247 aa  259  8e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  hitchhiker  0.00000522176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>