More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3168 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3168  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  100 
 
 
285 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5019  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  69.4 
 
 
261 aa  314  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2090  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.61 
 
 
246 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0362421 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3650  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.21 
 
 
246 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000265889  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.62 
 
 
245 aa  235  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1601  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.85 
 
 
246 aa  235  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000170962  hitchhiker  0.00445927 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2098  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.32 
 
 
253 aa  234  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00176224  decreased coverage  0.00158802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1608  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.78 
 
 
246 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000713921  decreased coverage  0.000000000148067 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2093  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.61 
 
 
247 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0878943  normal  0.0902648 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41563  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.23 
 
 
245 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0110837  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2300  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.05 
 
 
253 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00412694  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1778  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.04 
 
 
250 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0293205  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3528  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.41 
 
 
245 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0179276  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.4 
 
 
262 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162469  hitchhiker  0.0000174023 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  50.21 
 
 
277 aa  218  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1649  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.04 
 
 
264 aa  218  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.783334  normal  0.0340554 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2321  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  51.28 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.842595  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.52 
 
 
261 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.492452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3697  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.52 
 
 
254 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.748365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2368  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.52 
 
 
270 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3281  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.1 
 
 
274 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.429285  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2883  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.95 
 
 
288 aa  210  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1654  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.57 
 
 
249 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1585  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.09 
 
 
339 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0657013 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1174  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.57 
 
 
269 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2847  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.16 
 
 
274 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.38 
 
 
273 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1628  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.7 
 
 
294 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.743744  normal  0.0196415 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3154  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.95 
 
 
247 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.345129  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3532  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.89 
 
 
268 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2215  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  55.56 
 
 
271 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.704087  hitchhiker  0.00815746 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2332  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.84 
 
 
269 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0126754  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2843  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.84 
 
 
269 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1554  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.7 
 
 
294 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1573  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.26 
 
 
249 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18851  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.34 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0245  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.66 
 
 
340 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0334  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.66 
 
 
340 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.839237  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1089  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.66 
 
 
274 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.352107  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2292  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.01 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.318843  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.23 
 
 
273 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1341  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  55.98 
 
 
284 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.605284 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.06 
 
 
281 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.06 
 
 
278 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.21 
 
 
277 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.22 
 
 
259 aa  192  5e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.09 
 
 
503 aa  192  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.07 
 
 
503 aa  192  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02124  siroheme synthase  46.18 
 
 
401 aa  192  6e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1254  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.74 
 
 
271 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.206282  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0086  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.74 
 
 
271 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.57137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.04 
 
 
281 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.4 
 
 
269 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1758  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.74 
 
 
271 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1669  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.74 
 
 
271 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.41 
 
 
271 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5795  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.39 
 
 
253 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.685084 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
276 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.13 
 
 
273 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
278 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
276 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.98 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.163503 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2189  uroporphyrin-III C-methyltransferase, putative  45.11 
 
 
259 aa  189  4e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1787  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  39.75 
 
 
267 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1168  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.66 
 
 
291 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0427419  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.35 
 
 
276 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3859  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.39 
 
 
253 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.954911  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4509  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.39 
 
 
253 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000349091  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3939  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.56 
 
 
283 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.158955  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1105  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
250 aa  188  7e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000034343  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.35 
 
 
276 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18851  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.35 
 
 
267 aa  188  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.26 
 
 
503 aa  188  9e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19041  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.16 
 
 
267 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.166851  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1148  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.45 
 
 
258 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.660594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.43 
 
 
314 aa  187  2e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000190604  normal  0.797917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1982  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.7 
 
 
271 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.663973  normal  0.9283 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4802  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.96 
 
 
249 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284814  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3179  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.33 
 
 
264 aa  186  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.97 
 
 
478 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4145  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.7 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0746757 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1290  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.64 
 
 
258 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.95 
 
 
262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.67 
 
 
246 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18271  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.8 
 
 
261 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1682  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.5 
 
 
264 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.577733 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1055  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.04 
 
 
301 aa  181  9.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.43178  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.84 
 
 
464 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1371  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.08 
 
 
502 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1077  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.58 
 
 
490 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0490237  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  43.64 
 
 
476 aa  180  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.22 
 
 
478 aa  179  4e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.31 
 
 
478 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3562  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.4 
 
 
478 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2162  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.75 
 
 
512 aa  178  9e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000123773  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.81 
 
 
476 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1324  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.71 
 
 
309 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.867605  normal  0.902463 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1549  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.32 
 
 
258 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2103  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.89 
 
 
286 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.161364  normal  0.623336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>