More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3532 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3532  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
268 aa  529  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2843  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  72.24 
 
 
269 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2332  uroporphyrin-III C-methyltransferase  72.24 
 
 
269 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0126754  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2368  uroporphyrin-III C-methyltransferase  72.87 
 
 
270 aa  362  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2883  uroporphyrin-III C-methyltransferase  74.22 
 
 
288 aa  362  4e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  76.54 
 
 
261 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.492452 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2292  uroporphyrin-III C-methyltransferase  71.32 
 
 
308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.318843  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2847  uroporphyrin-III C-methyltransferase  75 
 
 
274 aa  351  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3281  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  76.33 
 
 
274 aa  351  7e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.429285  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2103  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  74.89 
 
 
286 aa  319  3e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.161364  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2321  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  65.2 
 
 
259 aa  296  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.842595  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  56.91 
 
 
277 aa  267  1e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1585  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.81 
 
 
339 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0657013 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1628  uroporphyrin-III C-methyltransferase  58.23 
 
 
294 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.743744  normal  0.0196415 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1654  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.81 
 
 
249 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1778  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.01 
 
 
250 aa  235  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0293205  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2093  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.42 
 
 
247 aa  235  7e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0878943  normal  0.0902648 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1174  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.81 
 
 
269 aa  234  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3528  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.61 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0179276  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41563  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.21 
 
 
245 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0110837  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2300  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.32 
 
 
253 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00412694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2098  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.94 
 
 
253 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00176224  decreased coverage  0.00158802 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3697  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.36 
 
 
254 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.748365 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1573  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.12 
 
 
249 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1554  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.12 
 
 
294 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.05 
 
 
245 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1649  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.54 
 
 
264 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.783334  normal  0.0340554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2090  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.88 
 
 
246 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.505615  normal  0.0362421 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3650  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.46 
 
 
246 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000265889  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.7 
 
 
262 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162469  hitchhiker  0.0000174023 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3154  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.4 
 
 
247 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.345129  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1608  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.64 
 
 
246 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000713921  decreased coverage  0.000000000148067 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4802  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.12 
 
 
249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.284814  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1601  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.88 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000170962  hitchhiker  0.00445927 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.6 
 
 
272 aa  211  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3275  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.81 
 
 
254 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413424  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.13 
 
 
276 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46 
 
 
283 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3168  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  47.89 
 
 
285 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1718  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.24 
 
 
314 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.37 
 
 
273 aa  201  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1913  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.24 
 
 
282 aa  201  8e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.530784  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.76 
 
 
269 aa  201  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  45.27 
 
 
493 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0334  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.44 
 
 
340 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.839237  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.05 
 
 
479 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0245  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.44 
 
 
340 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.67 
 
 
277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.62 
 
 
259 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
464 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.33 
 
 
269 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  46.15 
 
 
467 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2725  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.15 
 
 
273 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000809754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.15 
 
 
273 aa  199  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2253  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.97 
 
 
266 aa  199  5e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.270146  normal  0.0491456 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  47.11 
 
 
473 aa  198  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  47.11 
 
 
473 aa  198  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  47.11 
 
 
470 aa  198  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1089  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.69 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.352107  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18851  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.27 
 
 
267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.11 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.11 
 
 
281 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.67 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.8 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.848441  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
273 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.18 
 
 
472 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.11 
 
 
278 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.8 
 
 
489 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18851  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.63 
 
 
255 aa  196  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1669  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.94 
 
 
271 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1254  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.94 
 
 
271 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.206282  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.69 
 
 
278 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1758  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.94 
 
 
271 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.98 
 
 
479 aa  195  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0086  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.94 
 
 
271 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.57137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.42 
 
 
462 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
463 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
464 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  46.53 
 
 
464 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.87 
 
 
502 aa  193  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  48.35 
 
 
457 aa  193  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
463 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  45.71 
 
 
464 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1787  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.03 
 
 
267 aa  192  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19041  putative uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.03 
 
 
267 aa  192  5e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.166851  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.87 
 
 
277 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.62 
 
 
481 aa  192  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  47.52 
 
 
474 aa  191  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.27 
 
 
463 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.51 
 
 
503 aa  190  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  47.52 
 
 
457 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>