More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3188 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
272 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  89.39 
 
 
273 aa  484  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  85.24 
 
 
276 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  84.39 
 
 
281 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  84.39 
 
 
278 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  85.77 
 
 
276 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  86.14 
 
 
276 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  84.01 
 
 
278 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  84.01 
 
 
281 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  83.15 
 
 
277 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  86.72 
 
 
276 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  80.68 
 
 
273 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  83.59 
 
 
269 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  81.64 
 
 
273 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  77.07 
 
 
271 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  80.47 
 
 
269 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  59.84 
 
 
480 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  59.02 
 
 
480 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  55.97 
 
 
464 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  56.69 
 
 
462 aa  275  7e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  55.97 
 
 
464 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  54.29 
 
 
465 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  52.02 
 
 
479 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  54.03 
 
 
464 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  60.32 
 
 
472 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  53.05 
 
 
275 aa  270  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.2 
 
 
472 aa  270  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  53.04 
 
 
465 aa  268  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.66 
 
 
479 aa  268  5.9999999999999995e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.07 
 
 
463 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  56.79 
 
 
457 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.07 
 
 
463 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  55.14 
 
 
457 aa  266  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  56.38 
 
 
459 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.85 
 
 
464 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.37 
 
 
283 aa  265  8e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  265  8.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.54 
 
 
472 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  57.54 
 
 
472 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  54.07 
 
 
462 aa  264  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  56.38 
 
 
457 aa  264  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  57.54 
 
 
472 aa  263  2e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.85 
 
 
463 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.85 
 
 
464 aa  261  8e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  53.09 
 
 
487 aa  261  8e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  54.58 
 
 
262 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.65 
 
 
502 aa  258  7e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  51.21 
 
 
489 aa  257  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3717  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.38 
 
 
288 aa  257  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  52.02 
 
 
481 aa  254  8e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  55.1 
 
 
467 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001708  uroporphyrinogen-III methyltransferase  56.2 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  48.63 
 
 
493 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  52.67 
 
 
473 aa  251  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  52.67 
 
 
473 aa  251  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  52.67 
 
 
470 aa  251  8.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.69 
 
 
476 aa  251  8.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3275  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  53.04 
 
 
254 aa  249  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413424  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.6 
 
 
528 aa  250  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00765  uroporphyrin-III C-methyltransferase  55.37 
 
 
296 aa  249  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  50.4 
 
 
554 aa  249  4e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  53.91 
 
 
459 aa  249  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  53.5 
 
 
459 aa  248  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  53.81 
 
 
279 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.23 
 
 
482 aa  248  8e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.62 
 
 
282 aa  248  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.24 
 
 
482 aa  247  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2138  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.35 
 
 
299 aa  247  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  48.57 
 
 
458 aa  245  4.9999999999999997e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0611  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  53.39 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0830  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.38 
 
 
473 aa  243  3e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1324  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.04 
 
 
309 aa  243  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.867605  normal  0.902463 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2528  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  49.59 
 
 
493 aa  242  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2922  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.82 
 
 
260 aa  242  6e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.215743  normal  0.0409844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  48.43 
 
 
468 aa  242  6e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.26 
 
 
462 aa  239  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.59 
 
 
314 aa  238  8e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000190604  normal  0.797917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1682  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.82 
 
 
264 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.577733 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1371  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.97 
 
 
502 aa  237  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.09 
 
 
484 aa  236  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1175  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.62 
 
 
252 aa  236  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0224859 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1025  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.76 
 
 
293 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.8 
 
 
519 aa  236  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.85 
 
 
277 aa  236  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4228  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.51 
 
 
292 aa  236  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276742  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1668  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.78 
 
 
271 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.228653  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.16 
 
 
511 aa  235  7e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  54.96 
 
 
247 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  hitchhiker  0.00000522176 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2904  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.34 
 
 
271 aa  234  9e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3559  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.43 
 
 
261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.895893  normal  0.323938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>