More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2016 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2016  inner-membrane translocator  100 
 
 		 294 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.143  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  32.63 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.9 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 294 aa  135  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0697  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0492682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.46 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.5 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.5 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 338 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1604  inner-membrane translocator  29.88 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1579  inner-membrane translocator  29.88 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.11 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  29.83 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4898  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  28.8 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.25 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.8 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  27.09 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.8 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  28.8 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.8 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.8 
 
 		 316 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  27.42 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  29.29 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2115  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.592251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.8 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  28.42 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  29.29 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.83 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.33 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  27.09 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  27.09 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  27.09 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  27.09 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  29.28 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  28.14 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  29.59 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.96 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.96 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.96 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.75 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.62 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.8 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.21 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  27 
 
 		 382 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.42 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  27.42 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  26.76 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.42 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4481  inner-membrane translocator  27.8 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  28.97 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  28.8 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1470  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  25 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.62 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 603 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 603 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  27.52 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  29.03 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  29.03 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>