66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3296 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4940  hypothetical protein  74.83 
 
 		 473 aa  691    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56840  hypothetical protein  75.17 
 
 		 473 aa  686    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3296  hypothetical protein  100 
 
 		 470 aa  957    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0949  hypothetical protein  71.93 
 
 		 475 aa  677    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0978  hypothetical protein  72.81 
 
 		 475 aa  682    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4476  hypothetical protein  72.37 
 
 		 475 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236218 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4489  hypothetical protein  73.06 
 
 		 475 aa  694    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4063  hypothetical protein  72.84 
 
 		 475 aa  705    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4367  lipoprotein, putative  72.63 
 
 		 475 aa  702    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0910  hypothetical protein  71.49 
 
 		 475 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37850  hypothetical protein  69.78 
 
 		 471 aa  599  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0692567  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003124  predicted thiol oxidoreductase  63.16 
 
 		 460 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02714  hypothetical protein  62.93 
 
 		 443 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0884  hypothetical protein  63.18 
 
 		 461 aa  567  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.858351  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1785  hypothetical protein  59.04 
 
 		 462 aa  539  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1545  thiol oxidoreductase with 2 cytochrome c heme-binding sites  56.92 
 
 		 502 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3025  hypothetical protein  56.7 
 
 		 502 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0498706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0196  hypothetical protein  56.7 
 
 		 502 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.943997  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0564  protein of unknown function DUF1111  56.8 
 
 		 510 aa  493  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2834  hypothetical protein  53.91 
 
 		 469 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0642  hypothetical protein  56.36 
 
 		 503 aa  490  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.798381  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2202  hypothetical protein  53.63 
 
 		 501 aa  473  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.719415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1369  hypothetical protein  55.33 
 
 		 517 aa  464  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.646546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4314  protein of unknown function DUF1111  49.06 
 
 		 512 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1924  hypothetical protein  52.42 
 
 		 492 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00360714 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3528  hypothetical protein  50.98 
 
 		 517 aa  435  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.561681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2144  hypothetical protein  48.54 
 
 		 541 aa  432  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2562  hypothetical protein  49.67 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000435033 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1459  hypothetical protein  50.9 
 
 		 479 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0639282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1526  hypothetical protein  50.11 
 
 		 503 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4577  protein of unknown function DUF1111  50.1 
 
 		 512 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0615808 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0687  thiol oxidoreductase containing 2 cytochrome c heme-binding sites  45.86 
 
 		 491 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3869  protein of unknown function DUF1111  50.11 
 
 		 471 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.273576 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2085  hypothetical protein  45.78 
 
 		 560 aa  394  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.792023  normal  0.948616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0667  thiol oxidoreductase  48.56 
 
 		 480 aa  392  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.27219  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1803  hypothetical protein  45.36 
 
 		 562 aa  390  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0334  hypothetical protein  47.05 
 
 		 528 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52140  thiol oxidoreductase  47.58 
 
 		 452 aa  373  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.394978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1991  hypothetical protein  45.67 
 
 		 450 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2558  hypothetical protein  42.3 
 
 		 459 aa  351  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0187724  hitchhiker  0.000000017904 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1461  thiol oxidoreductase-like  43.08 
 
 		 418 aa  341  2e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0454641  normal  0.0102137 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2969  hypothetical protein  46.12 
 
 		 456 aa  340  4e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.594784 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2722  protein of unknown function DUF1111  45.01 
 
 		 427 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.103047  normal  0.741688 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0672  hypothetical protein  40.29 
 
 		 551 aa  301  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230866  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0938  hypothetical protein  39.63 
 
 		 541 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00230674  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0972  hypothetical protein  39.63 
 
 		 541 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.216526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0677  hypothetical protein  38.57 
 
 		 543 aa  292  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0593754 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0812  hypothetical protein  38.83 
 
 		 542 aa  285  9e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4786  protein of unknown function DUF1111  42.64 
 
 		 879 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0792  hypothetical protein  37.76 
 
 		 549 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0723  hypothetical protein  38 
 
 		 548 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0695  putative lipoprotein  38.41 
 
 		 538 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0478  GTP-binding protein TypA  42.6 
 
 		 1028 aa  278  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1574  protein of unknown function DUF1111  41.2 
 
 		 970 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3791  hypothetical protein  36.9 
 
 		 539 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  38.14 
 
 		 1707 aa  258  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3195  hypothetical protein  37.41 
 
 		 421 aa  237  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.889412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1997  protein of unknown function DUF1111  36.04 
 
 		 737 aa  200  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.107987  normal  0.248873 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1933  protein of unknown function DUF1111  31.03 
 
 		 472 aa  180  4.999999999999999e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.242314  normal  0.0976167 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2090  protein of unknown function DUF1111  30.26 
 
 		 794 aa  162  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0795  thiol oxidoreductase-like  26.86 
 
 		 511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.39359 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3543  thiol oxidoreductase-like  25.6 
 
 		 519 aa  60.1  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00122263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6445  thiol oxidoreductase-like protein  25.12 
 
 		 564 aa  58.9  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13401  hypothetical protein  56.1 
 
 		 41 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13411  hypothetical protein  36.26 
 
 		 106 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1291  putative surface layer protein, with cytochrome c domain  31.73 
 
 		 620 aa  45.1  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.304881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>