76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1642 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1642  hypothetical protein  100 
 
 		 189 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191917  normal  0.867581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25830  hypothetical protein  82.98 
 
 		 189 aa  322  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.778013  normal  0.134912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2207  hypothetical protein  82.45 
 
 		 189 aa  321  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1502  hypothetical protein  83.42 
 
 		 186 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1971  hypothetical protein  82.89 
 
 		 192 aa  314  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0121726  hitchhiker  0.00322201 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3789  hypothetical protein  83.78 
 
 		 185 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.259527  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4145  hypothetical protein  80.85 
 
 		 186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0698392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1537  hypothetical protein  82.16 
 
 		 186 aa  309  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.567291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3820  hypothetical protein  78.72 
 
 		 186 aa  307  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.566069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1659  hypothetical protein  80.85 
 
 		 186 aa  307  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15040  hypothetical protein  77.54 
 
 		 188 aa  301  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2235  hypothetical protein  61.17 
 
 		 216 aa  238  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1503  hypothetical protein  56.82 
 
 		 221 aa  207  8e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.4906  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1555  hypothetical protein  56.82 
 
 		 221 aa  207  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0682  hypothetical protein  61.14 
 
 		 186 aa  206  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.531715 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0202  hypothetical protein  61.96 
 
 		 187 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.483999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1610  hypothetical protein  57.89 
 
 		 221 aa  197  6e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.325617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0693  hypothetical protein  57.38 
 
 		 197 aa  197  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.764238  normal  0.50924 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2907  conserved hypothetical protein DUF1285  55.09 
 
 		 201 aa  196  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0794493  normal  0.601821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1025  hypothetical protein  54.89 
 
 		 188 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2686  hypothetical protein  54.35 
 
 		 188 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.532977  normal  0.562769 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2766  hypothetical protein  57.74 
 
 		 197 aa  195  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1377  protein of unknown function DUF1285  54.07 
 
 		 203 aa  194  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418757  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2178  hypothetical protein  53.48 
 
 		 203 aa  192  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1296  hypothetical protein  54.44 
 
 		 203 aa  188  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3055  protein of unknown function DUF1285  54.49 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.01972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2274  hypothetical protein  51.03 
 
 		 207 aa  184  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.610744 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2791  protein of unknown function DUF1285  50.77 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.237223 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1193  hypothetical protein  53.57 
 
 		 203 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.626862  normal  0.422003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0917  hypothetical protein  53.29 
 
 		 200 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.874284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2272  hypothetical protein  54.6 
 
 		 169 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.162209  normal  0.368987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2625  hypothetical protein  53.01 
 
 		 201 aa  177  8e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.951563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1458  protein of unknown function DUF1285  51.4 
 
 		 197 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0265226  normal  0.378117 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0598  hypothetical protein  52.54 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3228  hypothetical protein  51.74 
 
 		 190 aa  173  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3250  hypothetical protein  52.41 
 
 		 201 aa  173  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4478  hypothetical protein  50.27 
 
 		 204 aa  170  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27076  hitchhiker  0.00151219 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1738  protein of unknown function DUF1285  49.7 
 
 		 193 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0550433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5173  protein of unknown function DUF1285  50.29 
 
 		 194 aa  168  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564276  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1461  hypothetical protein  49.11 
 
 		 193 aa  167  8e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0455439  normal  0.0296493 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0726  hypothetical protein  47.19 
 
 		 179 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0111  hypothetical protein  53.94 
 
 		 191 aa  166  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0479714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3900  hypothetical protein  55.09 
 
 		 181 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.114981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4276  hypothetical protein  48.12 
 
 		 174 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2845  hypothetical protein  47.59 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.510951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2949  hypothetical protein  45.7 
 
 		 216 aa  161  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.631549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0787  protein of unknown function DUF1285  47.85 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.138804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0368  hypothetical protein  50.94 
 
 		 199 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04040  hypothetical protein  42.61 
 
 		 194 aa  149  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2008  hypothetical protein  47.02 
 
 		 222 aa  144  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1474  hypothetical protein  46.47 
 
 		 188 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.07159  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3014  protein of unknown function DUF1285  45.51 
 
 		 221 aa  133  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15005  normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4643  hypothetical protein  38.73 
 
 		 180 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.104755  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2112  hypothetical protein  42.69 
 
 		 194 aa  128  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1697  hypothetical protein  36.63 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0647203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0283  hypothetical protein  33.52 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1023  hypothetical protein  38.95 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1610  hypothetical protein  38.89 
 
 		 184 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.130166  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2250  hypothetical protein  31.08 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1955  hypothetical protein  31.82 
 
 		 253 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.911193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2547  hypothetical protein  32.81 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2241  hypothetical protein  34.48 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2479  hypothetical protein  33.33 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2642  hypothetical protein  30.53 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2599  hypothetical protein  32.48 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.552472  hitchhiker  0.00806857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1865  protein of unknown function DUF1285  32.48 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.071234  hitchhiker  0.000000684165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2486  hypothetical protein  34.75 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2295  hypothetical protein  35.23 
 
 		 156 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1594  hypothetical protein  40 
 
 		 163 aa  51.6  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.1666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1738  hypothetical protein  27.91 
 
 		 162 aa  51.6  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1669  hypothetical protein  40 
 
 		 163 aa  51.2  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1873  hypothetical protein  26.88 
 
 		 146 aa  50.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000126368 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2713  hypothetical protein  41.54 
 
 		 147 aa  49.3  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0268749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2007  hypothetical protein  25.76 
 
 		 182 aa  45.4  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.95415  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2070  hypothetical protein  29.71 
 
 		 161 aa  45.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0755698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1551  hypothetical protein  26.02 
 
 		 149 aa  41.6  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>