116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1075 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1075  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 328 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.817137 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1126  amine oxidase, flavin-containing protein  76.76 
 
 		 328 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4732  FAD dependent oxidoreductase  77.98 
 
 		 328 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104678  normal  0.528339 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5306  hypothetical protein  73.39 
 
 		 327 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4447  hypothetical protein  75.54 
 
 		 328 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0965  amine oxidase, flavin-containing  76.15 
 
 		 328 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61600  hypothetical protein  72.78 
 
 		 327 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0728796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0783  FAD dependent oxidoreductase  74.62 
 
 		 328 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0742  hypothetical protein  74.31 
 
 		 328 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.64643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0770  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  74.31 
 
 		 328 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.780127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41390  FAD dependent oxidoreductase  71.04 
 
 		 329 aa  457  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.196664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1481  FAD dependent oxidoreductase  40.57 
 
 		 341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01726  lipoprotein, putative  41.82 
 
 		 344 aa  212  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3950  FAD dependent oxidoreductase  41.95 
 
 		 330 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  36.63 
 
 		 843 aa  186  5e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4301  FAD dependent oxidoreductase  37.39 
 
 		 339 aa  186  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0886  putative transmembrane protein  36.96 
 
 		 329 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2285  FAD dependent oxidoreductase  37.3 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5843  FAD dependent oxidoreductase  38.53 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1229  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.94 
 
 		 324 aa  176  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0596771  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1655  FAD dependent oxidoreductase  36.25 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0049  FAD dependent oxidoreductase  37.54 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0533  putative transmembrane protein  36.36 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515103  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0410  putative transmembrane protein  35.03 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0126834 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1906  FAD dependent oxidoreductase  35.65 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.118317  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0425  putative transmembrane protein  34.04 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.133341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2903  FAD dependent oxidoreductase  35.16 
 
 		 358 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0779713  normal  0.848921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2933  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 		 383 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4048  FAD dependent oxidoreductase  34.49 
 
 		 407 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468618 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0999  hypothetical protein  36.56 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.277798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1983  FAD dependent oxidoreductase  33.82 
 
 		 367 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1783  FAD dependent oxidoreductase  32.94 
 
 		 367 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4982  FAD dependent oxidoreductase  33.24 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3599  FAD dependent oxidoreductase  33.14 
 
 		 346 aa  135  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.469063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3125  FAD dependent oxidoreductase  31.86 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0961162  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3031  FAD dependent oxidoreductase  33.43 
 
 		 369 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33562 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1925  hypothetical protein  29.3 
 
 		 347 aa  113  5e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.315657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1151  FAD dependent oxidoreductase  30.15 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.493674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1154  hypothetical protein  31.79 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0825  hypothetical protein  31.82 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0625  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  26.56 
 
 		 413 aa  106  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484917 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0204  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  26.67 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.508635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0160  hypothetical protein  32.04 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443199  normal  0.129694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4691  FAD dependent oxidoreductase  31.58 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0114981 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1276  putative NAD/FAD-dependent oxidoreductase  27.78 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.965881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4574  HI0933-like protein  27.32 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1735  hypothetical protein  28.35 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2015  hypothetical protein  29.25 
 
 		 347 aa  96.3  6e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.509344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1750  hypothetical protein  29.52 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2190  FAD dependent oxidoreductase  27.99 
 
 		 344 aa  92.8  6e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4064  FAD dependent oxidoreductase  28.53 
 
 		 361 aa  89.7  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.521902 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4414  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  28.99 
 
 		 381 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0288059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1426  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  25.15 
 
 		 362 aa  87.4  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4204  FAD dependent oxidoreductase  25.89 
 
 		 346 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.429398 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0435  FAD dependent oxidoreductase  25.74 
 
 		 347 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.164811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0132  hypothetical protein  28.12 
 
 		 349 aa  82.8  0.000000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.751971  normal  0.181819 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4120  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  28.7 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0254972  normal  0.970052 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2785  FAD dependent oxidoreductase  27.48 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.81235  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0507  FAD dependent oxidoreductase  27.7 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.770202  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0540  FAD dependent oxidoreductase  26.87 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0536  FAD dependent oxidoreductase  27 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.84854  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0027  FAD dependent oxidoreductase  23.77 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1666  protoporphyrinogen oxidase  33.33 
 
 		 469 aa  57  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32874  predicted protein  24.75 
 
 		 484 aa  57  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48060  predicted protein  23.66 
 
 		 523 aa  57.4  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.387117  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_39046  FAD dependent oxidoreductase precursor  25.95 
 
 		 439 aa  53.9  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  42 
 
 		 502 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  42 
 
 		 502 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1428  hypothetical protein  28.93 
 
 		 381 aa  50.4  0.00004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.521801  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0753  amine oxidase  45.45 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2020  amine oxidase, flavin-containing  47.17 
 
 		 487 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3289  amine oxidase, flavin-containing  47.17 
 
 		 487 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2893  amine oxidase  34.72 
 
 		 456 aa  47  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.400001  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1876  amine oxidase flavin-containing  45.28 
 
 		 482 aa  46.2  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1846  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 485 aa  46.2  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.921085  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1830  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 482 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1484  zeta-carotene desaturase  36.76 
 
 		 486 aa  46.2  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.22429  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2018  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 482 aa  46.2  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2131  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 490 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.764398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2053  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 487 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23230  Flavin containing amine oxidoreductase  38.03 
 
 		 415 aa  46.2  0.0008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.807494  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2098  amine oxidase, flavin-containing  45.28 
 
 		 490 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  37.04 
 
 		 488 aa  45.4  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1418  polyamine oxidase  51.02 
 
 		 436 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.103525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1880  amine oxidase  45.28 
 
 		 490 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1418  amine oxidase  45.45 
 
 		 396 aa  45.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0926  amine oxidase  33.85 
 
 		 435 aa  45.4  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00368983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  43.64 
 
 		 493 aa  45.8  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0862  UDP-galactopyranose mutase  36.76 
 
 		 424 aa  44.7  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.804118  normal  0.0706079 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1885  protoporphyrinogen oxidase  34.72 
 
 		 466 aa  44.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000633111  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1919  protoporphyrinogen oxidase  34.72 
 
 		 466 aa  44.7  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00206772  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1381  UDP-galactopyranose mutase  33.63 
 
 		 463 aa  44.3  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.399176  normal  0.525187 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01891  zeta-carotene desaturase  43.64 
 
 		 486 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.905208  normal  0.646889 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1245  tryptophan 2-monooxygenase  47.54 
 
 		 575 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.861844 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1893  protoporphyrinogen oxidase  40.35 
 
 		 421 aa  43.9  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  41.07 
 
 		 492 aa  43.9  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0949  Carotene 7,8-desaturase  45.1 
 
 		 453 aa  43.9  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0654  amine oxidase  38.6 
 
 		 438 aa  43.5  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.239854 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1529  hypothetical protein  33.9 
 
 		 468 aa  43.5  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0855  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  36.36 
 
 		 495 aa  43.5  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.554857  normal  0.298305 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>