More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4769 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4769  ABC transporter related  100 
 
 		 494 aa  968    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2683  ABC transporter related  64.71 
 
 		 499 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1247  ABC sugar transporter, ATPase subunit  65.11 
 
 		 499 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.886783  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2907  ABC transporter related  64.71 
 
 		 499 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.78181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3406  ABC transporter related  55.71 
 
 		 507 aa  510  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.551553  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0544  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  55.06 
 
 		 521 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0542  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  54.66 
 
 		 511 aa  497  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146804  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3675  ABC sugar transporter, ATPase subunit  51.33 
 
 		 495 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.973573  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3274  ABC transporter related  53.69 
 
 		 496 aa  471  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2244  ABC transporter related  51.43 
 
 		 495 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.141236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0962  ABC transporter related  51.84 
 
 		 495 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4866  ABC transporter related  52.04 
 
 		 513 aa  467  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3707  ABC transporter related  50.7 
 
 		 508 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.934804 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5263  ABC transporter related  52.16 
 
 		 530 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4263  ABC transporter related  51.81 
 
 		 508 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3409  ABC transporter related  50.2 
 
 		 508 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1859  ABC transporter related  44.99 
 
 		 499 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  46.03 
 
 		 506 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.724261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  44.13 
 
 		 499 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  44.13 
 
 		 499 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3604  ABC transporter related  47.11 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.88039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  46.14 
 
 		 506 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0372  ABC transporter related  45.91 
 
 		 509 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  45.73 
 
 		 507 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1644  ABC transporter related  43.58 
 
 		 494 aa  410  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000081797  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  44.92 
 
 		 506 aa  411  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  43.57 
 
 		 501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5155  ABC transporter related  45.49 
 
 		 512 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  46.64 
 
 		 512 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  46.23 
 
 		 512 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  41.87 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  45.53 
 
 		 507 aa  408  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.21 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  41.21 
 
 		 501 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6711  ABC transporter related  45.31 
 
 		 511 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.87316 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  44.62 
 
 		 508 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  45.53 
 
 		 507 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5810  ABC transporter related  44.29 
 
 		 511 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.644683  normal  0.0896237 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  46.03 
 
 		 514 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  46.34 
 
 		 512 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  44.31 
 
 		 501 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  46.34 
 
 		 512 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  46.96 
 
 		 516 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  44.72 
 
 		 497 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2433  ribose import ATP-binding protein  43.06 
 
 		 510 aa  400  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  46.54 
 
 		 513 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  44.22 
 
 		 501 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  46.54 
 
 		 513 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1683  ABC transporter related  44.4 
 
 		 503 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305806  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  43.78 
 
 		 503 aa  401  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0341  D-ribose transporter ATP binding protein  42.48 
 
 		 501 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  42.57 
 
 		 501 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3073  ABC transporter related  45.71 
 
 		 508 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  41.55 
 
 		 496 aa  396  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  43.93 
 
 		 504 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1188  ABC transporter related  42.66 
 
 		 511 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.909394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0813  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  42.42 
 
 		 499 aa  396  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  45.03 
 
 		 501 aa  397  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0813  ABC transporter related  42.42 
 
 		 499 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  43.99 
 
 		 500 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1620  ABC transporter related  40.37 
 
 		 493 aa  394  1e-108  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0157  sugar ABC transporter ATP-binding protein  42.21 
 
 		 499 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000963677 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  45.89 
 
 		 514 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0226  ABC transporter related  43.78 
 
 		 503 aa  395  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973654  normal  0.104566 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3569  ABC transporter related  42.39 
 
 		 516 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585388  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  42.13 
 
 		 492 aa  393  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  43.93 
 
 		 503 aa  392  1e-108  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  43.15 
 
 		 510 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1088  ABC transporter related  45.01 
 
 		 507 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.117363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0843  ABC transporter related  47.87 
 
 		 496 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  0.0750454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6710  ABC transporter, ATP binding subunit (putative high-affinity D-ribose transport)  46.31 
 
 		 507 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11533  normal  0.0914748 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2122  ABC transporter related  42.08 
 
 		 511 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3540  ABC transporter related protein  39.31 
 
 		 504 aa  394  1e-108  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.285144  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0157  ABC transporter related  40.72 
 
 		 507 aa  389  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3264  ABC transporter  43.47 
 
 		 525 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000839316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  42.04 
 
 		 497 aa  390  1e-107  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2021  xylose transporter ATP-binding subunit  41.37 
 
 		 504 aa  391  1e-107  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3129  ABC transporter related  44.62 
 
 		 504 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149382  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  44.85 
 
 		 504 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  44.79 
 
 		 498 aa  390  1e-107  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  45.86 
 
 		 497 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  42.97 
 
 		 501 aa  391  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  44.05 
 
 		 524 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1792  ABC transporter related  42.31 
 
 		 494 aa  389  1e-107  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0113555  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3977  D-ribose transporter ATP binding protein  43.84 
 
 		 501 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443134  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2266  ABC transporter related  40.9 
 
 		 499 aa  386  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000122283  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  41.15 
 
 		 492 aa  386  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1049  ABC transporter related protein  42.24 
 
 		 496 aa  387  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  42.68 
 
 		 501 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1711  ABC transporter related  44.97 
 
 		 517 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0318504 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2863  ABC transporter related  44 
 
 		 518 aa  386  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.18747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1655  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  45.47 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0211  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  45.28 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1684  ABC transporter related  44.29 
 
 		 519 aa  387  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.200207  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  46.12 
 
 		 495 aa  388  1e-106  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  40.73 
 
 		 500 aa  386  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4267  ABC transporter related  43.47 
 
 		 513 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0286  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  45.47 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  45.47 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  44.81 
 
 		 513 aa  388  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>