181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4039 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4039  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  100 
 
 
343 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  45.6 
 
 
326 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  45.6 
 
 
326 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  46.25 
 
 
326 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  42.25 
 
 
330 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.68 
 
 
330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  40.37 
 
 
326 aa  249  6e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  39.38 
 
 
329 aa  241  9e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.89 
 
 
332 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  42.07 
 
 
329 aa  236  3e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  43.05 
 
 
334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  38.27 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.57 
 
 
329 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  43.23 
 
 
334 aa  232  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  38.53 
 
 
336 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2699  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.45 
 
 
335 aa  225  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.428468  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.45 
 
 
328 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  36.48 
 
 
323 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  37.17 
 
 
323 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  33.87 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  31.23 
 
 
385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  30.14 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  28.06 
 
 
359 aa  115  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  28.82 
 
 
361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  28.47 
 
 
344 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1583  NMT1/THI5 like domain protein  31.9 
 
 
338 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  27.5 
 
 
324 aa  92.8  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  28.16 
 
 
357 aa  90.5  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1642  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  27.33 
 
 
335 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.456194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.86 
 
 
375 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1033  hypothetical protein  28.05 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.152767  normal  0.375545 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.45 
 
 
1075 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0856  hypothetical protein  28.64 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.028683  normal  0.870914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
915 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.54 
 
 
1238 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  28.19 
 
 
778 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  33.85 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2375  ABC transporter substrate-binding protein  26.92 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1934  NLPA lipoprotein  35.48 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3655  NLPA lipoprotein  37.07 
 
 
311 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.59768  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2297  NMT1/THI5 like domain protein  40.45 
 
 
312 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  25.3 
 
 
674 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0492  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  22.31 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06841  nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components  25.09 
 
 
337 aa  66.6  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0646  ABC transporter, substrate-binding protein  28.75 
 
 
311 aa  66.6  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.714673  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2299  ABC transporter, substrate-binding protein  28.75 
 
 
311 aa  66.2  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0813032 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.44 
 
 
322 aa  66.2  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  30.15 
 
 
686 aa  65.1  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0451  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.15 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0436  NMT1/THI5 like protein  31.15 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  28.85 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0909  NMT1/THI5 like domain protein  33.58 
 
 
311 aa  64.7  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0643839  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0494  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0368  ABC transporter substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0358  ABC transporter, substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0355  ABC transporter, substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000866  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter substrate-binding component  31.21 
 
 
316 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0382  ABC transporter substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0036  NlpA lipoprotein  33.33 
 
 
323 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0425  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.92 
 
 
332 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  28.33 
 
 
721 aa  63.9  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0815  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  28.38 
 
 
326 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4877  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.54 
 
 
332 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0447  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.54 
 
 
332 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0204  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.76 
 
 
322 aa  63.9  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0586  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.54 
 
 
309 aa  62.8  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.891954  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0213  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.15 
 
 
322 aa  62  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  24.43 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0363  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.15 
 
 
332 aa  61.6  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  24.05 
 
 
335 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  24.26 
 
 
336 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  24.18 
 
 
360 aa  61.2  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  23.65 
 
 
1065 aa  60.1  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0489  hypothetical protein  30.5 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2402  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  28.08 
 
 
347 aa  59.7  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.150141  normal  0.561383 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  28.28 
 
 
335 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0371  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.9 
 
 
332 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  26.16 
 
 
348 aa  57.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.6 
 
 
322 aa  57.4  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  22.19 
 
 
794 aa  57.8  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  25.3 
 
 
357 aa  57.4  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  21.57 
 
 
336 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  23.35 
 
 
337 aa  57.4  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  32.11 
 
 
328 aa  57  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  21.4 
 
 
333 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  23.4 
 
 
775 aa  57  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  21.4 
 
 
333 aa  57  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.26 
 
 
333 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  35.51 
 
 
340 aa  56.2  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  25.21 
 
 
354 aa  56.2  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.19 
 
 
337 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  21.33 
 
 
333 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4670  NMT1/THI5 like domain protein  24.69 
 
 
318 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.33 
 
 
333 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  22.48 
 
 
333 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  22.87 
 
 
333 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3125  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.69 
 
 
311 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  21.33 
 
 
333 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  25 
 
 
593 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  21.4 
 
 
333 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>