More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3406 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
289 aa  575  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  71.94 
 
 
312 aa  424  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.51 
 
 
292 aa  410  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161941  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.48 
 
 
292 aa  402  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.69 
 
 
294 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1555  maltose ABC transporter, permease protein, putative  65.36 
 
 
285 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.555505  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.71 
 
 
285 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0323033  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.36 
 
 
285 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
285 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2127  maltose ABC transporter, permease protein, putative  65.36 
 
 
281 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3083  ABC transporter, membrane permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4073  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  64.64 
 
 
285 aa  394  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22339  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
285 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303102  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
285 aa  394  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0785  carbohydrate ABC transporter permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.168161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2617  carbohydrate ABC transporter permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2995  carbohydrate ABC transporter permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3049  carbohydrate ABC transporter permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.32241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1995  carbohydrate ABC transporter permease  65.36 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0842  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.7 
 
 
285 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.98 
 
 
285 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0691  sugar ABC transporter, permease protein, putative  64.46 
 
 
293 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0646  putative sugar ABC transporter, permease protein  64.46 
 
 
293 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.313073  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.46 
 
 
293 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1958  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  67.52 
 
 
281 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.126876  normal  0.322373 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.25 
 
 
289 aa  371  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.28 
 
 
282 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262345 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3449  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  65.38 
 
 
285 aa  367  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000612368  normal  0.971019 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.81 
 
 
293 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0501667  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.77 
 
 
285 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0910759  normal  0.12069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23000  putative permease of ABC sugar transporter  66.16 
 
 
281 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1941  sugar ABC transporter permease  66.16 
 
 
281 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.42 
 
 
323 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
323 aa  351  7e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208798  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.28 
 
 
314 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36462  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.28 
 
 
314 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 
292 aa  348  5e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.709264  normal  0.405077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1294  glucose ABC transporter, permease protein, putative  63.5 
 
 
281 aa  345  6e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1115  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.14 
 
 
281 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.5 
 
 
294 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0152693  normal  0.94623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 
284 aa  342  5e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0486295  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.15 
 
 
293 aa  340  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.464389  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.14 
 
 
281 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250466  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
281 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
281 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 
305 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255354  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 
305 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.507807 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.15 
 
 
293 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
320 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
314 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18656 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2402  ABC transporter membrane spanning protein  53.28 
 
 
317 aa  311  5.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.99 
 
 
302 aa  310  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319412  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
313 aa  310  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0132188  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.35 
 
 
294 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00536554  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9198  ABC transporter  52.71 
 
 
292 aa  309  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0531179  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.26 
 
 
294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
312 aa  296  3e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.911681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.06 
 
 
297 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.956099  normal  0.495263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.47 
 
 
306 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2081  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  49.82 
 
 
305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.36 
 
 
280 aa  271  8.000000000000001e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
290 aa  268  8e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.412321 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.45 
 
 
281 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
273 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7937  ABC transporter (permease)  47.18 
 
 
305 aa  259  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.497391 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.46 
 
 
274 aa  257  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
277 aa  257  2e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.454551  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.780322  normal  0.346873 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
287 aa  250  2e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.723918 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
269 aa  246  3e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26630  carbohydrate ABC transporter membrane protein  48.62 
 
 
298 aa  241  1e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3659  sugar ABC transporter, permease protein  44.32 
 
 
274 aa  232  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
295 aa  229  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.588596  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
273 aa  226  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
299 aa  226  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0450751 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.59 
 
 
297 aa  224  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.382746  normal  0.550522 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.49 
 
 
291 aa  222  6e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.469576 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.35 
 
 
270 aa  221  8e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.744968  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
302 aa  212  7e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0751871  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  34.3 
 
 
291 aa  179  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
283 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.165576  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
283 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.823442  normal  0.0985455 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
283 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
303 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
283 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
283 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
283 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  hitchhiker  0.000196491 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
283 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0133607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
283 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
283 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
283 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.674911  normal  0.328487 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
283 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.13099 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2009  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  33.33 
 
 
283 aa  149  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.815195  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
313 aa  145  6e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.496953 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>