More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3168 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0691  sugar ABC transporter, permease protein, putative  89.76 
 
 
293 aa  527  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0646  putative sugar ABC transporter, permease protein  89.76 
 
 
293 aa  527  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.313073  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.08 
 
 
293 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0501667  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.79 
 
 
293 aa  430  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.464389  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  66.43 
 
 
312 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4073  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  64.87 
 
 
285 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22339  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
285 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303102  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.87 
 
 
285 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.71 
 
 
294 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0152693  normal  0.94623 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.52 
 
 
285 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2127  maltose ABC transporter, permease protein, putative  64.52 
 
 
281 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3083  ABC transporter, membrane permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1555  maltose ABC transporter, permease protein, putative  64.52 
 
 
285 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.555505  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.16 
 
 
285 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0785  carbohydrate ABC transporter permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.168161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2617  carbohydrate ABC transporter permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0842  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.93 
 
 
285 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2995  carbohydrate ABC transporter permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3049  carbohydrate ABC transporter permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.32241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1995  carbohydrate ABC transporter permease  64.52 
 
 
285 aa  374  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.8 
 
 
285 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0323033  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.21 
 
 
285 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.66 
 
 
292 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161941  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.46 
 
 
289 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.06 
 
 
314 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36462  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.77 
 
 
323 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.208798  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.06 
 
 
314 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.46 
 
 
323 aa  361  8e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.18 
 
 
292 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.44 
 
 
285 aa  350  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0910759  normal  0.12069 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3449  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  63.44 
 
 
285 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000612368  normal  0.971019 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
282 aa  343  2.9999999999999997e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.3 
 
 
294 aa  339  2.9999999999999998e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1958  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  62.37 
 
 
281 aa  332  3e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.126876  normal  0.322373 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.45 
 
 
289 aa  323  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.12 
 
 
305 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255354  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.12 
 
 
305 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.507807 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.12 
 
 
293 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1941  sugar ABC transporter permease  54.76 
 
 
281 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23000  putative permease of ABC sugar transporter  58.27 
 
 
281 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.26 
 
 
292 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.709264  normal  0.405077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.16 
 
 
284 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0486295  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1115  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.04 
 
 
281 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1294  glucose ABC transporter, permease protein, putative  55.4 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
281 aa  295  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
281 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
281 aa  292  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
281 aa  291  9e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.56 
 
 
281 aa  290  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250466  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.52 
 
 
314 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
314 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18656 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.7 
 
 
280 aa  275  5e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
302 aa  275  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319412  normal  0.130178 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.48 
 
 
313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0132188  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 
312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.911681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2402  ABC transporter membrane spanning protein  50.17 
 
 
317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
320 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.57 
 
 
297 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0531179  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 
294 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00536554  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 
290 aa  262  4.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.412321 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.9 
 
 
294 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.74 
 
 
297 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.956099  normal  0.495263 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
281 aa  254  8e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2081  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  47.69 
 
 
305 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9198  ABC transporter  44.8 
 
 
292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
269 aa  246  3e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7937  ABC transporter (permease)  45.04 
 
 
305 aa  245  6.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.497391 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.11 
 
 
290 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.780322  normal  0.346873 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.454551  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.42 
 
 
274 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
287 aa  238  8e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.723918 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.24 
 
 
273 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0450751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.38 
 
 
295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.588596  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
297 aa  231  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.382746  normal  0.550522 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
270 aa  226  3e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.744968  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.48 
 
 
273 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26630  carbohydrate ABC transporter membrane protein  46.46 
 
 
298 aa  225  8e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3659  sugar ABC transporter, permease protein  43.48 
 
 
274 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
302 aa  207  1e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0751871  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
291 aa  203  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.469576 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  34.18 
 
 
291 aa  162  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
283 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
283 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
283 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0133607 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
283 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.13099 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
283 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
283 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.674911  normal  0.328487 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
313 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.496953 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
283 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  hitchhiker  0.000196491 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
283 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.83 
 
 
314 aa  143  4e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
283 aa  142  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.165576  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.82 
 
 
283 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
283 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.823442  normal  0.0985455 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
310 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.252807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>