More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0123 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0123  single-strand binding protein  100 
 
 		 136 aa  279  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46256  normal  0.222471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3361  single-strand binding protein  92.65 
 
 		 136 aa  262  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437989  normal  0.222471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3167  single-strand binding protein  93.38 
 
 		 135 aa  256  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.860724  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3178  single-strand binding protein  74.79 
 
 		 133 aa  194  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198152  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4669  single-strand binding protein  62.96 
 
 		 159 aa  188  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309237  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4966  single-strand binding protein  52.21 
 
 		 137 aa  156  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.875066 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2190  single-strand binding protein  47.73 
 
 		 129 aa  138  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0422  single-strand binding protein  49.57 
 
 		 140 aa  134  5e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.185373  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3832  single-strand binding protein  50.45 
 
 		 132 aa  114  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381197  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3966  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  49.11 
 
 		 111 aa  111  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  45.05 
 
 		 160 aa  86.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  40.68 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  39.66 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  41.82 
 
 		 151 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  40.91 
 
 		 175 aa  82  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  41.82 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  39.09 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  39.09 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  37.84 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  39.09 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  40 
 
 		 230 aa  80.5  0.000000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  40 
 
 		 181 aa  80.1  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  35.82 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  35.82 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  38.1 
 
 		 190 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1927  single-stranded DNA-binding protein  39.25 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  42.31 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  37.84 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1742  single-stranded DNA-binding protein  39.25 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563844  normal  0.366869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  40 
 
 		 183 aa  77.4  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  42.31 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  40.19 
 
 		 170 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  38.18 
 
 		 185 aa  77  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  38.18 
 
 		 154 aa  77  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5169  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  39.82 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0108263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  36.8 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  36.13 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  34.09 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  39.62 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  34.55 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  38.74 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2780  single-strand binding protein  35.45 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  38.74 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1745  single-strand binding protein  39.05 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0536308  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  39.09 
 
 		 183 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  38.94 
 
 		 167 aa  75.5  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  39.09 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  39.09 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  38.83 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  33.64 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 185 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 179 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1545  single-strand binding protein  36.61 
 
 		 166 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00898888  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  35.45 
 
 		 167 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1062  single-stranded DNA-binding protein family  40.19 
 
 		 168 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.407571  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1102  single-stranded DNA-binding protein family  40.19 
 
 		 168 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.853815  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 184 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  37.27 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  32.54 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  38.1 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  36.19 
 
 		 222 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  41.35 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2382  single-stranded DNA-binding protein  39.25 
 
 		 176 aa  74.3  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.226437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  35.29 
 
 		 177 aa  73.9  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  36.04 
 
 		 225 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  37.61 
 
 		 176 aa  73.9  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  40.38 
 
 		 165 aa  73.9  0.0000000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 236 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 236 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 235 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1606  single stranded DNA-binding protein  39.42 
 
 		 168 aa  73.6  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.597102  normal  0.594419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  37.74 
 
 		 166 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 234 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  36.13 
 
 		 178 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 234 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4106  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 177 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0611  single-stranded DNA-binding protein  38.18 
 
 		 179 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0353597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3047  single-stranded DNA-binding protein  39.25 
 
 		 159 aa  73.6  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 234 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  37.86 
 
 		 234 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  40.2 
 
 		 161 aa  73.6  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  36.89 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1566  single-stranded DNA-binding protein  37.27 
 
 		 163 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  39.62 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  36 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  34.55 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  40 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1816  single-strand binding protein  40.38 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0697852  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>