More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4966 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_4966  single-strand binding protein  100 
 
 
137 aa  283  7e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.875066 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4669  single-strand binding protein  62.77 
 
 
159 aa  184  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309237  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3178  single-strand binding protein  65.69 
 
 
133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198152  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3361  single-strand binding protein  54.41 
 
 
136 aa  157  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437989  normal  0.222471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0123  single-strand binding protein  52.21 
 
 
136 aa  156  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46256  normal  0.222471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3167  single-strand binding protein  52.94 
 
 
135 aa  151  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.860724  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2190  single-strand binding protein  53.73 
 
 
129 aa  140  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0422  single-strand binding protein  53.73 
 
 
140 aa  140  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.185373  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3832  single-strand binding protein  49.64 
 
 
132 aa  131  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381197  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3966  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  50.44 
 
 
111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3047  single-stranded DNA-binding protein  46.67 
 
 
159 aa  94.4  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564051  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1033  single-stranded DNA-binding protein  41.44 
 
 
191 aa  90.9  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.391899  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  39.64 
 
 
170 aa  90.5  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1566  single-stranded DNA-binding protein  38.93 
 
 
163 aa  90.1  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365454  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  43.81 
 
 
166 aa  90.1  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2079  single-stranded DNA-binding protein  42.86 
 
 
163 aa  89.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180692  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0759  single-strand binding protein  31.65 
 
 
151 aa  89  2e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2755  single-stranded DNA-binding protein  41.9 
 
 
169 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0658877  normal  0.922249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1927  single-stranded DNA-binding protein  44.76 
 
 
169 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332681  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3154  single-stranded DNA-binding protein  34.71 
 
 
167 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  35.62 
 
 
161 aa  88.6  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1742  single-stranded DNA-binding protein  44.76 
 
 
168 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563844  normal  0.366869 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  44.76 
 
 
170 aa  87.8  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  37.88 
 
 
167 aa  87.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  37.84 
 
 
159 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  38.74 
 
 
173 aa  87  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  37.84 
 
 
159 aa  86.7  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  32.68 
 
 
149 aa  86.7  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2713  single-stranded DNA-binding protein  34.12 
 
 
167 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55224  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  39.64 
 
 
160 aa  86.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2755  single-stranded DNA-binding protein  41.9 
 
 
169 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  33.75 
 
 
158 aa  85.9  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  37.84 
 
 
160 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0658  single-stranded DNA-binding protein  41.44 
 
 
164 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1081  single-stranded DNA-binding protein  39.64 
 
 
148 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000301398  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  34.23 
 
 
164 aa  85.1  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  34.21 
 
 
148 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0743  single-stranded DNA-binding protein  41.44 
 
 
164 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.323458  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2780  single-strand binding protein  33.99 
 
 
155 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  34.67 
 
 
146 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  35 
 
 
158 aa  84.7  4e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  35 
 
 
158 aa  84.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1694  single-stranded DNA-binding protein  39.64 
 
 
148 aa  84.3  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2382  single-stranded DNA-binding protein  42.86 
 
 
176 aa  84.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.226437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  39.82 
 
 
167 aa  84  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  35.07 
 
 
163 aa  84  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  37.21 
 
 
160 aa  83.6  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  36.94 
 
 
152 aa  83.6  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  37.4 
 
 
190 aa  83.6  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  34.42 
 
 
151 aa  83.2  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  38.21 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2038  single-strand binding protein  34.94 
 
 
161 aa  82  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.663692  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  36.94 
 
 
183 aa  82  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2879  single-strand binding protein  39.66 
 
 
165 aa  82  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.561804  normal  0.0379705 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  38.21 
 
 
219 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  33.33 
 
 
154 aa  82.8  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6613  single-stranded DNA-binding protein  42.45 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0633  single-stranded DNA-binding protein  39.64 
 
 
172 aa  82.8  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000194148  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  36.51 
 
 
151 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  36.04 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  37.84 
 
 
156 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  39.64 
 
 
167 aa  82  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  36.94 
 
 
185 aa  81.6  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  36.61 
 
 
175 aa  82  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  37.84 
 
 
156 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  31.93 
 
 
222 aa  81.6  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  32.62 
 
 
135 aa  81.3  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  34.23 
 
 
164 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  35.14 
 
 
196 aa  81.3  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  38.74 
 
 
230 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  37.84 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  35 
 
 
159 aa  81.3  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1884  single-strand binding protein  38.79 
 
 
164 aa  81.3  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  normal  0.541017 
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  32.62 
 
 
135 aa  80.9  0.000000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  34.62 
 
 
157 aa  80.9  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  38.1 
 
 
195 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  32.1 
 
 
157 aa  80.5  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  34.07 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0774  single-strand binding protein  36.02 
 
 
160 aa  80.5  0.000000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0928  single-strand binding protein  32.62 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199282  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0130  single-strand binding protein  35.4 
 
 
142 aa  80.1  0.000000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  35.14 
 
 
155 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1745  single-strand binding protein  37.1 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0536308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  36.94 
 
 
175 aa  79.7  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  34.73 
 
 
164 aa  79.7  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  39.05 
 
 
174 aa  79.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  33.33 
 
 
200 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  33.33 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  34.85 
 
 
188 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1537  single-strand binding protein  39.05 
 
 
151 aa  79.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.145675  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0539  single-strand binding protein  40.19 
 
 
184 aa  79  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0171971  normal  0.702054 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0266  single-strand binding protein  34.81 
 
 
157 aa  79.3  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3685  single-stranded DNA binding protein  34.13 
 
 
152 aa  79  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.283411  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3926  single-strand binding protein  36.84 
 
 
156 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  32.89 
 
 
164 aa  79.3  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  36.94 
 
 
156 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  36.54 
 
 
180 aa  79  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0815  single-strand binding protein  38.1 
 
 
157 aa  78.2  0.00000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  31.29 
 
 
160 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  35.2 
 
 
165 aa  77.8  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>