More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6278 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 		 190 aa  387  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  64.13 
 
 		 188 aa  220  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  97.22 
 
 		 181 aa  220  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  58.85 
 
 		 184 aa  214  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  90.74 
 
 		 181 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  71.64 
 
 		 151 aa  204  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  77.97 
 
 		 151 aa  201  7e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 182 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 196 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  86.11 
 
 		 184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  85.19 
 
 		 184 aa  198  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  85.19 
 
 		 186 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  85.19 
 
 		 187 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  85.19 
 
 		 172 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  84.26 
 
 		 183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  84.26 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  84.26 
 
 		 184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  81.25 
 
 		 177 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  81.25 
 
 		 177 aa  195  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0611  single-stranded DNA-binding protein  82.41 
 
 		 179 aa  194  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0353597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4106  single-stranded DNA-binding protein  82.41 
 
 		 177 aa  194  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  70.9 
 
 		 130 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  70.9 
 
 		 130 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  83.33 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  83.33 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  76.32 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  79.28 
 
 		 178 aa  191  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  70.23 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  74.11 
 
 		 162 aa  180  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4323  single-strand binding protein  69.23 
 
 		 214 aa  178  4e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4713  single-strand binding protein  73.21 
 
 		 187 aa  176  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0379  single-strand binding protein  73.87 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  53.89 
 
 		 157 aa  176  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  54.44 
 
 		 167 aa  175  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  50.85 
 
 		 152 aa  174  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  52.54 
 
 		 167 aa  173  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 178 aa  171  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  67.23 
 
 		 171 aa  171  7.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  73.15 
 
 		 154 aa  171  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4066  single-strand binding protein  72.22 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  68.14 
 
 		 167 aa  169  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3411  single-strand binding protein  71.3 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0856708  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0817  single-strand binding protein  71.43 
 
 		 188 aa  169  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0296  single-strand binding protein  69.03 
 
 		 173 aa  168  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.170779 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  61.54 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  66.4 
 
 		 177 aa  167  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 		 165 aa  167  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 		 165 aa  167  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  66.13 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  66.39 
 
 		 236 aa  166  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  66.39 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  66.39 
 
 		 236 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  66.39 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  66.39 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  68.52 
 
 		 175 aa  165  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  70.48 
 
 		 185 aa  165  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  46.55 
 
 		 159 aa  164  5e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  64.96 
 
 		 165 aa  164  5e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  50.28 
 
 		 168 aa  164  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  67.62 
 
 		 155 aa  164  8e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.98 
 
 		 159 aa  164  9e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  68.14 
 
 		 182 aa  164  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  66.12 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  66.38 
 
 		 222 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  65.81 
 
 		 183 aa  162  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 		 176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 183 aa  161  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 		 176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 		 176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 		 176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  55.73 
 
 		 149 aa  161  5.0000000000000005e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  53.01 
 
 		 176 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  48.37 
 
 		 173 aa  161  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  64.76 
 
 		 158 aa  161  6e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  66.36 
 
 		 188 aa  161  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  64.76 
 
 		 158 aa  160  7e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  66.37 
 
 		 236 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  67.26 
 
 		 234 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  63.64 
 
 		 200 aa  160  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  65.49 
 
 		 160 aa  160  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 230 aa  160  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  48.63 
 
 		 175 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  66.37 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  66.37 
 
 		 236 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  66.37 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  66.37 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  52.75 
 
 		 176 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>