33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0393 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  100 
 
 		 149 aa  301  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  49.68 
 
 		 163 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3266  MshA pilin protein MshD  45.39 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0756  hypothetical protein  39.77 
 
 		 180 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  33.33 
 
 		 168 aa  84.3  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3103  hypothetical protein  38.73 
 
 		 157 aa  78.6  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4567  MSHA pilin protein MshD  27.32 
 
 		 195 aa  71.2  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.490288  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  33.74 
 
 		 156 aa  70.1  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  27.23 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0885  hypothetical protein  35.56 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.956443  normal  0.112508 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  28.18 
 
 		 189 aa  57.8  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  26.79 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  30.46 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  27.98 
 
 		 184 aa  51.2  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002379  MSHA pilin protein MshD  24.59 
 
 		 187 aa  50.4  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  26.6 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  26.55 
 
 		 191 aa  47.8  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  26.09 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  26.79 
 
 		 184 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  26.35 
 
 		 184 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0972  hypothetical protein  29.2 
 
 		 147 aa  45.4  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  26.54 
 
 		 176 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0989  hypothetical protein  35 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.670007  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1538  hypothetical protein  31.48 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  27.81 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  28.22 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  25.7 
 
 		 183 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0479  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHD)  22.84 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  35.19 
 
 		 225 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  23.86 
 
 		 192 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  29.73 
 
 		 206 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  30.91 
 
 		 185 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  24.71 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>