27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0554 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  100 
 
 		 198 aa  403  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  70.71 
 
 		 184 aa  278  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  73.18 
 
 		 183 aa  259  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  66.3 
 
 		 191 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  62.98 
 
 		 178 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  63.89 
 
 		 188 aa  229  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3476  methylation site containing protein  59 
 
 		 191 aa  226  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000829017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  58.5 
 
 		 191 aa  225  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0475  methylation site containing protein  62.37 
 
 		 192 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0639844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  62.5 
 
 		 182 aa  223  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  62.22 
 
 		 184 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  61.45 
 
 		 184 aa  220  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  62.57 
 
 		 176 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  61.67 
 
 		 184 aa  216  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  60.22 
 
 		 192 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0463  MSHA pilin protein MshD  59.12 
 
 		 175 aa  190  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.959402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  39.47 
 
 		 189 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4567  MSHA pilin protein MshD  33.33 
 
 		 195 aa  112  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.490288  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2829  MSHA pilin protein MshD  32.65 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.720742  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  32.49 
 
 		 202 aa  96.7  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  30.77 
 
 		 191 aa  89.4  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0479  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHD)  28.06 
 
 		 197 aa  89  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002379  MSHA pilin protein MshD  29.17 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  30.6 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  27.81 
 
 		 168 aa  67  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  26.6 
 
 		 149 aa  48.5  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  24.86 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>