36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0399 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  100 
 
 		 183 aa  377  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  79.53 
 
 		 184 aa  285  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  73.18 
 
 		 198 aa  259  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  64.52 
 
 		 191 aa  239  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3476  methylation site containing protein  66.67 
 
 		 191 aa  239  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000829017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0475  methylation site containing protein  67.8 
 
 		 192 aa  237  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0639844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  65.56 
 
 		 191 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  66.67 
 
 		 188 aa  230  7.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  65.5 
 
 		 184 aa  230  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  62.16 
 
 		 192 aa  228  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  64 
 
 		 182 aa  222  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  61.96 
 
 		 184 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  66.08 
 
 		 184 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  60.45 
 
 		 178 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  64.94 
 
 		 176 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0463  MSHA pilin protein MshD  59.89 
 
 		 175 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.959402  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4567  MSHA pilin protein MshD  32.11 
 
 		 195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.490288  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  35.87 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  32.32 
 
 		 202 aa  105  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0479  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHD)  28.19 
 
 		 197 aa  89.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  29.15 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2829  MSHA pilin protein MshD  30.48 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.720742  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002379  MSHA pilin protein MshD  28.34 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  31.69 
 
 		 156 aa  77.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  26.82 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  24.14 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0756  hypothetical protein  23.08 
 
 		 180 aa  43.5  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  25.7 
 
 		 149 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  30.77 
 
 		 172 aa  42.4  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  37.5 
 
 		 169 aa  42  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  34.34 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24020  general secretion pathway protein G  32.79 
 
 		 148 aa  41.2  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  33.67 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  33.67 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  33.67 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  33.67 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>