28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0463 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0463  MSHA pilin protein MshD  100 
 
 		 175 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.959402  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  65.64 
 
 		 188 aa  231  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  65.45 
 
 		 184 aa  229  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  63.74 
 
 		 191 aa  228  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  64.85 
 
 		 184 aa  227  7e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  65.03 
 
 		 184 aa  226  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  65.27 
 
 		 182 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  63.86 
 
 		 176 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3476  methylation site containing protein  63.16 
 
 		 191 aa  223  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000829017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  60.67 
 
 		 192 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0475  methylation site containing protein  64.29 
 
 		 192 aa  221  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0639844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  61.54 
 
 		 178 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  61.36 
 
 		 184 aa  215  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  59.89 
 
 		 183 aa  210  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  59.12 
 
 		 198 aa  207  8e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  56 
 
 		 191 aa  192  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  39.2 
 
 		 189 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4567  MSHA pilin protein MshD  32.97 
 
 		 195 aa  98.6  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.490288  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  31.84 
 
 		 202 aa  91.7  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  28.27 
 
 		 191 aa  85.9  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  30.46 
 
 		 168 aa  80.5  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002379  MSHA pilin protein MshD  29.76 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2829  MSHA pilin protein MshD  30.89 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.720742  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0479  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHD)  28.57 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  33.33 
 
 		 156 aa  72  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  26.95 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  28.14 
 
 		 149 aa  47.8  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1302  type II secretion system protein  40 
 
 		 124 aa  41.2  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0879623  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>