243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3293 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3293  LrgB-like protein  100 
 
 		 237 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03101  LrgB-like protein  46.12 
 
 		 236 aa  198  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0895138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1204  LrgB-like protein  36.24 
 
 		 239 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0574065  normal  0.106071 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1938  LrgB-like protein  38.26 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0713  LrgB family protein  37.33 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00614149  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2931  LrgB-like protein  39.04 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2977  LrgB family protein  37.95 
 
 		 241 aa  141  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2405  LrgB family protein  37.95 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0156  LrgB family protein  38.57 
 
 		 238 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2795  LrgB-like protein  36.61 
 
 		 241 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4980  LrgB-like protein  39.15 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0853  hypothetical protein  35.45 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08310  membrane protein, LrgB family  38.33 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.298678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3064  LrgB family protein  36.49 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.881696  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3735  LrgB family protein  38.07 
 
 		 239 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11930  hypothetical protein  35.78 
 
 		 236 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000775125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1853  LrgB family protein  40.35 
 
 		 238 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.591971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7636  LrgB-like protein  38.1 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393691 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6075  LrgB family protein  38.1 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0606  LrgB family protein  36.24 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1096  hypothetical protein  35.78 
 
 		 236 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00551431  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5839  LrgB family protein  37.66 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6059  LrgB family protein  36.24 
 
 		 244 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.742566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4868  LrgB family protein  35.32 
 
 		 238 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2209  LrgB family protein  36.41 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591035  normal  0.130625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4815  LrgB family protein  35.32 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4690  LrgB family protein  35.32 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.827168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2740  LrgB family protein  37.07 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0412  LrgB family protein  38.59 
 
 		 241 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.579768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3106  LrgB-like protein  37.73 
 
 		 239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5345  LrgB family protein  38.22 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.426431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3644  LrgB family protein  36.87 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3274  hypothetical protein  35.65 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.640575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3937  LrgB family protein  36.87 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3199  hypothetical protein  34.26 
 
 		 238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.180228  normal  0.0164124 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02071  predicted inner membrane protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1516  LrgB family protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0829  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2289  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00561985 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02030  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2437  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1506  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3749  LrgB family protein  37.55 
 
 		 240 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0623  LrgB-like protein  34.84 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6615  LrgB family protein  38.1 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918495  normal  0.128036 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6133  LrgB family protein  38.1 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7753  normal  0.649123 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3928  LrgB family protein  35.75 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.337837 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1569  hypothetical protein  37.22 
 
 		 231 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2745  hypothetical protein  35.19 
 
 		 231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003698  lrgA-associated membrane protein LrgB  33.33 
 
 		 225 aa  124  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2670  hypothetical protein  35.05 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.275457 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3808  LrgB family protein  38.99 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1268  LrgB family protein  34.93 
 
 		 244 aa  123  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2328  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2372  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2421  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.890606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2417  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2529  hypothetical protein  34.5 
 
 		 231 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0637  LrgB-like protein  35.35 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0793077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02117  murein hydrolase export regulator  33.33 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1954  LrgB family protein  34.86 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2448  hypothetical protein  30.9 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1415  LrgB family protein  35.75 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.429931  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3024  hypothetical protein  33.33 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.318383  normal  0.0470923 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2461  hypothetical protein  33.33 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3003  LrgB family protein  36.16 
 
 		 237 aa  119  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0074  LrgB family protein  32.28 
 
 		 230 aa  119  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0291  LrgB family protein  34.53 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0736  hypothetical protein  34.43 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.592539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0666  LrgB family protein  36.61 
 
 		 238 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3768  LrgB family protein  35.34 
 
 		 240 aa  119  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.402238  normal  0.0658159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3388  LrgB family protein  33.48 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0600848 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0707  LrgB family protein  33.69 
 
 		 230 aa  118  7e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000904549  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2560  hypothetical protein  30.8 
 
 		 231 aa  118  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.143384  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19690  hypothetical protein  33.18 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0448  LrgB family protein  32.3 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2968  hypothetical protein  34.87 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.45272  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1577  LrgB family protein  35.16 
 
 		 230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.4351e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2427  LrgB-like protein  32.89 
 
 		 241 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1497  hypothetical protein  32.3 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7210  putative murein hydrolase export regulator, LrgB family protein  36.52 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2909  LrgB family protein  33.96 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00860  putative effector of murein hydrolase  32.38 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1794  LrgB-like protein  35.19 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2906  LrgB family protein  34.38 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2500  LrgB family protein  34.38 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.541582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1695  hypothetical protein  33.18 
 
 		 228 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1236  hypothetical protein  35 
 
 		 231 aa  114  8.999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3283  LrgB family protein  37.26 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.381562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22940  conserved hypothetical protein TIGR00659  33.49 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0267  hypothetical protein  32.26 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1100  putative inner membrane protein yohK  36.04 
 
 		 240 aa  112  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.182816 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2907  LrgB family protein  34.12 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0272  hypothetical protein  31.8 
 
 		 235 aa  111  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1359  LrgB family protein  30.85 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957145  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0604  LrgB-like protein  36.65 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3993  LrgB family protein  31.67 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.479207  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1949  LrgB family protein  31.1 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000146324  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4427  LrgB family protein  32.99 
 
 		 229 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.113499  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0128  LrgB family protein  33.65 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>