182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3842 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3842  hypothetical protein  100 
 
 		 365 aa  758    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.500779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1929  hypothetical protein  96.44 
 
 		 365 aa  734    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3032  hypothetical protein  79.6 
 
 		 354 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4497  hypothetical protein  54.47 
 
 		 369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.209765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3829  hypothetical protein  39.6 
 
 		 362 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5015  Male sterility domain-containing protein  29.34 
 
 		 667 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.435156  normal  0.471467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4650  male sterility domain protein  28.86 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  0.580556 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2045  mxaA domain protein  26.14 
 
 		 618 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3227  hypothetical protein  25.53 
 
 		 618 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0125277  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3193  mxaA domain protein  26.44 
 
 		 618 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2925  hypothetical protein  25.84 
 
 		 618 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.142893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3235  mxaA domain protein  25.53 
 
 		 618 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00294865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2969  nucleotide sugar epimerase  25.45 
 
 		 618 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0855  nucleotide sugar epimerase  25 
 
 		 618 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.625581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3211  mxaA domain protein  25.45 
 
 		 617 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0896  MxaA domain-containing protein  25.53 
 
 		 627 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0954  MxaA domain-containing protein  25.53 
 
 		 627 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7117  putative NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.61 
 
 		 580 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0187299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.13 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4550  Male sterility domain protein  26.76 
 
 		 659 aa  69.3  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.838393 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2507  short chain dehydrogenase  26.21 
 
 		 661 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3494  short chain dehydrogenase  27.72 
 
 		 664 aa  67  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.447449 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2551  hypothetical protein  25.25 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0234245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  25.68 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  25.68 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4094  Male sterility domain protein  24.27 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.796216  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2676  hypothetical protein  26.61 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0511814 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1667  hypothetical protein  24.62 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0262372  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3148  Male sterility domain protein  25.7 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.18005  normal  0.119143 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.094979  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3013  hypothetical protein  25.84 
 
 		 366 aa  58.9  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0103839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.05 
 
 		 328 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  26.39 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  22.51 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.59 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 		 383 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  25.98 
 
 		 329 aa  57  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  25.98 
 
 		 329 aa  57  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  26.1 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7306  peptide synthetase  26.48 
 
 		 1506 aa  56.6  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.370247  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.67 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4658  amino acid adenylation domain-containing protein  28.65 
 
 		 1449 aa  56.6  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.702591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  26.67 
 
 		 363 aa  56.6  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2778  male sterility domain protein  28.85 
 
 		 383 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0456239  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  25.08 
 
 		 342 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2871  Male sterility domain protein  28.85 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4896  short chain dehydrogenase  28.71 
 
 		 671 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0501144 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4147  hypothetical protein  25.26 
 
 		 366 aa  54.7  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.497178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  26.89 
 
 		 340 aa  54.3  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  25.07 
 
 		 333 aa  54.7  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.76 
 
 		 339 aa  54.3  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4023  short chain dehydrogenase  25.68 
 
 		 671 aa  53.5  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.367232  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  24.65 
 
 		 326 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  27.55 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  24.83 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 		 361 aa  52.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  35.71 
 
 		 319 aa  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114305  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5549  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.35 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.482021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4723  hopanoid-associated sugar epimerase  25.35 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0377  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.76 
 
 		 341 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0387  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.76 
 
 		 341 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.831837  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5420  hopanoid-associated sugar epimerase  25.35 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2232  amino acid adenylation domain protein  27.94 
 
 		 1395 aa  50.8  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.214627 
 
 
-
 
NC_002950  PG1504  NAD dependent protein  23.02 
 
 		 328 aa  50.8  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132125 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  24.48 
 
 		 338 aa  50.4  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 		 358 aa  50.4  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  24.48 
 
 		 329 aa  50.4  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2161  hypothetical protein  30.08 
 
 		 4098 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0845  hypothetical protein  29.6 
 
 		 4101 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1451.1  hypothetical protein  30.08 
 
 		 4580 aa  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.65 
 
 		 318 aa  49.7  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 		 321 aa  49.7  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  34.62 
 
 		 1367 aa  48.9  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.64 
 
 		 330 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3526  short chain dehydrogenase  24.14 
 
 		 665 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.309759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11140  putative nonribosomal peptide synthetase  26.52 
 
 		 991 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2917  short chain dehydrogenase  27.08 
 
 		 665 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0126943  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3257  hopanoid-associated sugar epimerase  25.35 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273856  normal  0.115519 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.81 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.03 
 
 		 329 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  27.84 
 
 		 328 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23800  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.09 
 
 		 937 aa  48.9  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  24.31 
 
 		 336 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1327  Male sterility domain protein  27.56 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.38219  normal  0.51823 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2077  hypothetical protein  34.83 
 
 		 155 aa  47.8  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.398465  normal  0.255924 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.83 
 
 		 331 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  36.36 
 
 		 329 aa  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2093  polyketide synthase, putative  30.4 
 
 		 4048 aa  47.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  22.26 
 
 		 508 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68020  L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase, large subunit  22.74 
 
 		 1394 aa  47.8  0.0003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.224506  normal  0.0608631 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.48 
 
 		 335 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>