74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2057 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2057  citrate transporter  100 
 
 		 434 aa  853    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0106453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3683  CitMHS family citrate/H+ symporter  99.31 
 
 		 434 aa  848    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1271  citrate transporter  89.63 
 
 		 434 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1576  CitMHS family citrate/H+ symporter  95.85 
 
 		 434 aa  828    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0156204  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3161  CitMHS family citrate/H+ symporter  94.24 
 
 		 434 aa  814    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.665522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0690  citrate transporter, CitM family  54.46 
 
 		 434 aa  479  1e-134  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0473  citrate transporter  54.21 
 
 		 434 aa  479  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0617  citrate transporter, CitM family  54.21 
 
 		 434 aa  479  1e-134  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0472  citrate transporter  54 
 
 		 434 aa  478  1e-133  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0561  citrate transporter  53.99 
 
 		 434 aa  475  1e-133  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0530  citrate transporter  53.99 
 
 		 434 aa  475  1e-133  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0622  citrate transporter  54.23 
 
 		 434 aa  476  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4742  citrate transporter, CitM family  54 
 
 		 434 aa  473  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0597  citrate transporter, CitM family  53.78 
 
 		 434 aa  474  1e-132  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0474  CitMHS family citrate/H+ symporter  54.69 
 
 		 434 aa  464  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3361  citrate/H+ symporter, CitMHS family  51.25 
 
 		 443 aa  456  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.351582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0163  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.87 
 
 		 435 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0147  citrate transporter  52.1 
 
 		 435 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0165  CitMHS family citrate/H+ symporter  52.1 
 
 		 435 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0062  citrate transporter  52.3 
 
 		 435 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0198  citrate transporter  52.3 
 
 		 435 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0284  Mg++/citrate complex transporter  53.3 
 
 		 443 aa  442  1e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49590  Citrate transporter  52.45 
 
 		 443 aa  438  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0255  CitMHS family citrate/H+ symporter  53.3 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72170  putative citrate transporter  51.81 
 
 		 434 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.548701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02410  Mg++/citrate complex transporter  51.95 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6266  putative citrate transporter  51.81 
 
 		 434 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.900336  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5080  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.64 
 
 		 435 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0152734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0031  citrate transporter  51.86 
 
 		 435 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.733662  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1382  citrate/H+ symporter, CitMHS family  49.09 
 
 		 437 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4146  citrate/H+ symporter, CitMHS family  46.58 
 
 		 431 aa  385  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0536  CitMHS family citrate/H+ symporter  47.91 
 
 		 443 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343855 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0485  CitMHS family citrate/H+ symporter  45.67 
 
 		 438 aa  353  2.9999999999999997e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1226  CitMHS family citrate/H+ symporter  43.74 
 
 		 436 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1348  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.12 
 
 		 488 aa  341  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000029181 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4787  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.37 
 
 		 482 aa  331  2e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.130726  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4811  citrate/H+ symporter, CitMHS family  41.65 
 
 		 432 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.044641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3734  citrate/H+ symporter, CitMHS family  41.65 
 
 		 432 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2672  citrate transporter  41.65 
 
 		 430 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0472518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1165  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.6 
 
 		 440 aa  327  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0312297  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3166  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.84 
 
 		 440 aa  326  5e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00765485  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1349  citrate/H+ symporter, CitMHS family  38.41 
 
 		 478 aa  312  6.999999999999999e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A1475  citrate transporter  38.36 
 
 		 433 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_0826  citrate transporter  39.14 
 
 		 442 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.573841 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1566  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.9 
 
 		 433 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4049  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.86 
 
 		 438 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.77603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1585  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.95 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145337  normal  0.520067 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4090  citrate/H+ symporter, CitMHS family  39.68 
 
 		 434 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1244  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.27 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1270  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.27 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.166692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4510  citrate transporter  39.27 
 
 		 432 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1187  citrate transporter  38.71 
 
 		 433 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4815  citrate transporter  39.13 
 
 		 433 aa  290  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1667  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.71 
 
 		 433 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6324  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.92 
 
 		 434 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1345  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.27 
 
 		 432 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0498159 
 
 
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NC_011894  Mnod_3690  citrate/H+ symporter, CitMHS family  38.89 
 
 		 438 aa  289  8e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209247  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_1367  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.04 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0885  citrate transporter  39.04 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1640  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.44 
 
 		 433 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0896297  normal  0.0750285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3293  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.99 
 
 		 435 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010084  Bmul_1574  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.17 
 
 		 433 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0220323 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1929  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.53 
 
 		 432 aa  281  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0252426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5611  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.74 
 
 		 453 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18490  citrate transporter, CitMHS family  34.49 
 
 		 461 aa  250  3e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3665  citrate/H+ symporter, CitMHS family  35.09 
 
 		 454 aa  230  3e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.393946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17120  Citrate transporter  34.77 
 
 		 435 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1525  CitMHS family citrate/H+ symporter  35.57 
 
 		 436 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0387485  normal  1 
 
 
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NC_009664  Krad_2489  citrate/H+ symporter, CitMHS family  50.98 
 
 		 478 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1305  CitMHS family citrate/H+ symporter  49.05 
 
 		 494 aa  200  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.243412  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1037  citrate/H+ symporter, CitMHS family  48.18 
 
 		 499 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009632  SaurJH1_2695  CitMHS family citrate/H+ symporter  31.78 
 
 		 456 aa  190  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2641  CitMHS family citrate/H+ symporter  31.78 
 
 		 456 aa  190  5e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0235  citrate transporter, authentic frameshift  29.09 
 
 		 448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
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