75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0147 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0147  citrate transporter  100 
 
 
435 aa  857    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72170  putative citrate transporter  81.57 
 
 
434 aa  701    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.548701  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49590  Citrate transporter  81.86 
 
 
443 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0031  citrate transporter  90.34 
 
 
435 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.733662  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5080  CitMHS family citrate/H+ symporter  97.93 
 
 
435 aa  816    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0152734 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0198  citrate transporter  88.28 
 
 
435 aa  778    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0163  CitMHS family citrate/H+ symporter  99.54 
 
 
435 aa  853    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0165  CitMHS family citrate/H+ symporter  100 
 
 
435 aa  857    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6266  putative citrate transporter  81.57 
 
 
434 aa  700    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.900336  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0062  citrate transporter  88.97 
 
 
435 aa  781    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3361  citrate/H+ symporter, CitMHS family  66.14 
 
 
443 aa  593  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.351582  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0284  Mg++/citrate complex transporter  65.31 
 
 
443 aa  578  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0255  CitMHS family citrate/H+ symporter  65.53 
 
 
443 aa  580  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02410  Mg++/citrate complex transporter  66.36 
 
 
442 aa  574  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0622  citrate transporter  62.76 
 
 
434 aa  556  1e-157  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0617  citrate transporter, CitM family  62.24 
 
 
434 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0690  citrate transporter, CitM family  62.24 
 
 
434 aa  556  1e-157  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0597  citrate transporter, CitM family  61.84 
 
 
434 aa  552  1e-156  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4742  citrate transporter, CitM family  61.84 
 
 
434 aa  551  1e-156  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0473  citrate transporter  61.56 
 
 
434 aa  552  1e-156  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0472  citrate transporter  61.78 
 
 
434 aa  554  1e-156  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0561  citrate transporter  61.78 
 
 
434 aa  551  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0530  citrate transporter  61.78 
 
 
434 aa  551  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0474  CitMHS family citrate/H+ symporter  62.01 
 
 
434 aa  544  1e-153  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1382  citrate/H+ symporter, CitMHS family  62.41 
 
 
437 aa  529  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0485  CitMHS family citrate/H+ symporter  56.35 
 
 
438 aa  452  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224436  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3161  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.04 
 
 
434 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.665522  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1271  citrate transporter  51.73 
 
 
434 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2057  citrate transporter  52.1 
 
 
434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0106453  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3683  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.87 
 
 
434 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0536  CitMHS family citrate/H+ symporter  53.83 
 
 
443 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0343855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1576  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.04 
 
 
434 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0156204  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1348  citrate/H+ symporter, CitMHS family  46.23 
 
 
488 aa  411  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000029181 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1349  citrate/H+ symporter, CitMHS family  46.33 
 
 
478 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4146  citrate/H+ symporter, CitMHS family  45.03 
 
 
431 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4787  citrate/H+ symporter, CitMHS family  45.74 
 
 
482 aa  394  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.130726  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1226  CitMHS family citrate/H+ symporter  44.83 
 
 
436 aa  386  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1037  citrate/H+ symporter, CitMHS family  44.33 
 
 
499 aa  378  1e-103  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3166  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.72 
 
 
440 aa  344  1e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00765485  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1165  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.49 
 
 
440 aa  342  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0312297  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1475  citrate transporter  39.68 
 
 
433 aa  335  7e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2672  citrate transporter  40.6 
 
 
430 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0472518  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3293  CitMHS family citrate/H+ symporter  40.55 
 
 
435 aa  324  2e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3734  citrate/H+ symporter, CitMHS family  39.41 
 
 
432 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661287  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4811  citrate/H+ symporter, CitMHS family  39.41 
 
 
432 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.044641  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1585  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.09 
 
 
433 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145337  normal  0.520067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1566  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.86 
 
 
433 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1929  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.53 
 
 
432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0252426 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6324  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.36 
 
 
434 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4815  citrate transporter  38.9 
 
 
433 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0826  citrate transporter  37.1 
 
 
442 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.573841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1640  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.09 
 
 
433 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0896297  normal  0.0750285 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1270  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.13 
 
 
432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.166692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4510  citrate transporter  37.1 
 
 
432 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4090  citrate/H+ symporter, CitMHS family  36.94 
 
 
434 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1244  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.13 
 
 
432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1667  CitMHS family citrate/H+ symporter  39.04 
 
 
433 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1345  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.36 
 
 
432 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0498159 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1187  citrate transporter  39.04 
 
 
433 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0885  citrate transporter  37.13 
 
 
432 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1367  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.13 
 
 
432 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4049  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.78 
 
 
438 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.77603  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1574  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.9 
 
 
433 aa  298  9e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0220323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3690  citrate/H+ symporter, CitMHS family  37.1 
 
 
438 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209247  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5611  CitMHS family citrate/H+ symporter  36.11 
 
 
453 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3665  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.49 
 
 
454 aa  289  6e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.393946  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18490  citrate transporter, CitMHS family  38.56 
 
 
461 aa  289  8e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17120  Citrate transporter  35.88 
 
 
435 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1525  CitMHS family citrate/H+ symporter  33.94 
 
 
436 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0387485  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1305  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.4 
 
 
494 aa  228  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.243412  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2641  CitMHS family citrate/H+ symporter  30.72 
 
 
456 aa  218  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2695  CitMHS family citrate/H+ symporter  30.72 
 
 
456 aa  218  2e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2489  citrate/H+ symporter, CitMHS family  49.51 
 
 
478 aa  196  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0235  citrate transporter, authentic frameshift  29.41 
 
 
448 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2511  Citrate transporter  25.74 
 
 
447 aa  43.1  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0263048 
 
 
-
 
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