74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1382 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1382  citrate/H+ symporter, CitMHS family  100 
 
 		 437 aa  862    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_3361  citrate/H+ symporter, CitMHS family  61.28 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.351582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6266  putative citrate transporter  62.79 
 
 		 434 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.900336  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0284  Mg++/citrate complex transporter  62.03 
 
 		 443 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72170  putative citrate transporter  63.01 
 
 		 434 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.548701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0147  citrate transporter  62.41 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0165  CitMHS family citrate/H+ symporter  62.41 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0255  CitMHS family citrate/H+ symporter  62.03 
 
 		 443 aa  538  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0198  citrate transporter  61.1 
 
 		 435 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0163  CitMHS family citrate/H+ symporter  61.96 
 
 		 435 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0062  citrate transporter  60.36 
 
 		 435 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02410  Mg++/citrate complex transporter  61.5 
 
 		 442 aa  534  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0622  citrate transporter  58.89 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0472  citrate transporter  58.66 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0473  citrate transporter  58.66 
 
 		 434 aa  525  1e-148  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0690  citrate transporter, CitM family  59.12 
 
 		 434 aa  527  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0617  citrate transporter, CitM family  58.89 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4742  citrate transporter, CitM family  58.43 
 
 		 434 aa  523  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0561  citrate transporter  58.43 
 
 		 434 aa  521  1e-147  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0530  citrate transporter  58.43 
 
 		 434 aa  521  1e-147  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5080  CitMHS family citrate/H+ symporter  61.73 
 
 		 435 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0152734 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0597  citrate transporter, CitM family  58.2 
 
 		 434 aa  520  1e-146  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49590  Citrate transporter  59.55 
 
 		 443 aa  514  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0474  CitMHS family citrate/H+ symporter  58.43 
 
 		 434 aa  512  1e-144  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0031  citrate transporter  61.1 
 
 		 435 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.733662  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0485  CitMHS family citrate/H+ symporter  54.55 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3161  CitMHS family citrate/H+ symporter  48.85 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.665522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1305  CitMHS family citrate/H+ symporter  45.71 
 
 		 494 aa  419  1e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.243412  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1348  citrate/H+ symporter, CitMHS family  46.69 
 
 		 488 aa  419  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000029181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2057  citrate transporter  49.09 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0106453  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1271  citrate transporter  48.75 
 
 		 434 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0536  CitMHS family citrate/H+ symporter  51.4 
 
 		 443 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343855 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3683  CitMHS family citrate/H+ symporter  48.86 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1576  CitMHS family citrate/H+ symporter  48.97 
 
 		 434 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0156204  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1349  citrate/H+ symporter, CitMHS family  46.35 
 
 		 478 aa  399  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4146  citrate/H+ symporter, CitMHS family  45.08 
 
 		 431 aa  387  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4787  citrate/H+ symporter, CitMHS family  45.23 
 
 		 482 aa  382  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.130726  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1037  citrate/H+ symporter, CitMHS family  42.05 
 
 		 499 aa  355  1e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1226  CitMHS family citrate/H+ symporter  41.01 
 
 		 436 aa  348  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1165  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.98 
 
 		 440 aa  328  9e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0312297  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3166  citrate/H+ symporter, CitMHS family  40.81 
 
 		 440 aa  327  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00765485  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_2672  citrate transporter  40.23 
 
 		 430 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0472518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1475  citrate transporter  39.18 
 
 		 433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3293  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.58 
 
 		 435 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3734  citrate/H+ symporter, CitMHS family  39.18 
 
 		 432 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661287  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4811  citrate/H+ symporter, CitMHS family  39.18 
 
 		 432 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.044641  normal  1 
 
 
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NC_008390  Bamb_1566  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.9 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1585  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.67 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145337  normal  0.520067 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4815  citrate transporter  38.36 
 
 		 433 aa  292  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1244  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.05 
 
 		 432 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_1270  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.05 
 
 		 432 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.166692 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1345  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.27 
 
 		 432 aa  289  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0498159 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4090  citrate/H+ symporter, CitMHS family  37.05 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1929  CitMHS family citrate/H+ symporter  36.59 
 
 		 432 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0252426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4049  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.25 
 
 		 438 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.77603  normal  1 
 
 
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NC_010625  Bphy_6324  CitMHS family citrate/H+ symporter  36.43 
 
 		 434 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891321  normal  1 
 
 
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NC_008542  Bcen2424_1367  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.05 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0885  citrate transporter  37.05 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3690  citrate/H+ symporter, CitMHS family  36.65 
 
 		 438 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209247  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4510  citrate transporter  36.82 
 
 		 432 aa  285  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1640  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.9 
 
 		 433 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0896297  normal  0.0750285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5611  CitMHS family citrate/H+ symporter  36.12 
 
 		 453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1187  citrate transporter  38.13 
 
 		 433 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1667  CitMHS family citrate/H+ symporter  38.13 
 
 		 433 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.368247  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1574  CitMHS family citrate/H+ symporter  37.21 
 
 		 433 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0220323 
 
 
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NC_007925  RPC_0826  citrate transporter  35.07 
 
 		 442 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.573841 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3665  citrate/H+ symporter, CitMHS family  37.39 
 
 		 454 aa  271  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.393946  normal  1 
 
 
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NC_013159  Svir_18490  citrate transporter, CitMHS family  36.38 
 
 		 461 aa  269  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17120  Citrate transporter  37.21 
 
 		 435 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.238503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1525  CitMHS family citrate/H+ symporter  34.43 
 
 		 436 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0387485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2641  CitMHS family citrate/H+ symporter  30.56 
 
 		 456 aa  210  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009632  SaurJH1_2695  CitMHS family citrate/H+ symporter  30.56 
 
 		 456 aa  210  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_2489  citrate/H+ symporter, CitMHS family  50 
 
 		 478 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0235  citrate transporter, authentic frameshift  28.18 
 
 		 448 aa  180  4.999999999999999e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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