175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1960 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1960  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
175 aa  331  4e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0286678  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1508  cytochrome C biogenesis protein  36.94 
 
 
174 aa  77  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1249  cytochrome C biogenesis protein  42.71 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.882215  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0941  cytochrome C biogenesis protein  39.25 
 
 
152 aa  72.8  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.124788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  36.76 
 
 
153 aa  72  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  43.14 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  38.74 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  38.68 
 
 
164 aa  70.5  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  32.41 
 
 
159 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  36.59 
 
 
157 aa  69.3  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.57 
 
 
158 aa  68.9  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  33.59 
 
 
160 aa  67.8  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  38.32 
 
 
178 aa  68.2  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  41.46 
 
 
147 aa  67.4  0.00000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1514  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
143 aa  67  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.730771 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1194  cytochrome C biogenesis protein  46.48 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  34.35 
 
 
150 aa  66.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  32.89 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  37.76 
 
 
157 aa  65.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1440  cytochrome C biogenesis protein  46.48 
 
 
195 aa  65.5  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0339  cytochrome C biogenesis protein  38.28 
 
 
361 aa  65.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  43.48 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  31.75 
 
 
159 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2153  cytochrome C biogenesis protein  40.46 
 
 
158 aa  64.3  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181702  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0842  cytochrome C biogenesis protein  47.3 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  30.43 
 
 
159 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  31.52 
 
 
168 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2003  cytochrome c biogenesis protein  36.76 
 
 
151 aa  63.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.190501  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  28.91 
 
 
160 aa  63.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  32.62 
 
 
161 aa  63.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  34.26 
 
 
182 aa  63.2  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  34.04 
 
 
164 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  38.6 
 
 
161 aa  63.2  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4675  heme lyase subunit NrfE  33.03 
 
 
740 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.224311  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.65 
 
 
167 aa  62.8  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  38.24 
 
 
158 aa  63.2  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  41.12 
 
 
157 aa  63.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  34.85 
 
 
152 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  31.13 
 
 
160 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  29.53 
 
 
155 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.73 
 
 
153 aa  62.4  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  30.1 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  30.1 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  41.1 
 
 
162 aa  62.4  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  33.85 
 
 
166 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1837  cytochrome C biogenesis protein  38.04 
 
 
166 aa  62.8  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0302505  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  30.1 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  30.1 
 
 
159 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  46.38 
 
 
153 aa  62  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  39.8 
 
 
158 aa  62  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  33.85 
 
 
165 aa  61.6  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  35.23 
 
 
156 aa  61.6  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2856  cytochrome C biogenesis protein  47.76 
 
 
163 aa  61.6  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4534  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  34.95 
 
 
169 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  36.52 
 
 
151 aa  61.6  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4540  heme lyase subunit NrfE  32.11 
 
 
740 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.815854  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  47.83 
 
 
151 aa  61.6  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  45.83 
 
 
151 aa  61.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  45.07 
 
 
344 aa  61.2  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3074  cytochrome c-type biogenesis protein cycL precursor  47.69 
 
 
162 aa  61.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180458  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  35.54 
 
 
153 aa  60.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4626  heme lyase subunit NrfE  32.11 
 
 
740 aa  60.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.447699  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  30.08 
 
 
160 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  39.56 
 
 
170 aa  60.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3504  cytochrome C biogenesis protein  33.66 
 
 
171 aa  60.1  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813112  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  29.13 
 
 
160 aa  60.5  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  43.06 
 
 
151 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  34.15 
 
 
151 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  34.09 
 
 
156 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  47.06 
 
 
162 aa  60.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4625  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfF  34.95 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.773525  normal  0.804326 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
163 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1657  cytochrome C biogenesis protein  37.14 
 
 
159 aa  60.1  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.282242 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  44.44 
 
 
151 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  35.29 
 
 
155 aa  58.9  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0231  cytochrome C biogenesis protein  34.04 
 
 
159 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000238711  normal  0.102863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0236  cytochrome C biogenesis protein  34.04 
 
 
159 aa  58.9  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000158363  unclonable  0.00000000004354 
 
 
-
 
NC_002978  WD0844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH, putative  36 
 
 
125 aa  58.9  0.00000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0236  cytochrome C biogenesis protein  34.04 
 
 
159 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000279584  hitchhiker  0.00000000902528 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
201 aa  58.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003120  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfF nitrite reductase complex assembly  35.29 
 
 
136 aa  58.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  36.19 
 
 
149 aa  58.2  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  45.59 
 
 
156 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
154 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  32.62 
 
 
158 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  33.63 
 
 
158 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0268  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  34.25 
 
 
159 aa  57  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2133  cytochrome C biogenesis protein  41.18 
 
 
165 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663387  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  47.06 
 
 
157 aa  57  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  31.85 
 
 
155 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1400  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
153 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287486  normal  0.0562024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4430  cytochrome C biogenesis protein  45.59 
 
 
152 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.797701 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03947  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfF  37.5 
 
 
127 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.91 
 
 
133 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.91 
 
 
133 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1405  cytochrome C biogenesis protein  41.43 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.469945  normal  0.0182581 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  27.63 
 
 
149 aa  56.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  32.32 
 
 
156 aa  56.6  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  35.96 
 
 
162 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  32.35 
 
 
158 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>