177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0842 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0842  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
157 aa  308  1e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0941  cytochrome C biogenesis protein  70.99 
 
 
152 aa  189  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.124788 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
156 aa  94.4  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  39.67 
 
 
162 aa  92.8  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  41.76 
 
 
156 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  40.71 
 
 
201 aa  90.5  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  40.21 
 
 
149 aa  89.4  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  41.38 
 
 
151 aa  87.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  35.88 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  34.4 
 
 
156 aa  86.3  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  32.84 
 
 
157 aa  86.3  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  39.06 
 
 
150 aa  85.1  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  34.19 
 
 
136 aa  85.5  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  40 
 
 
350 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  39.17 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  40.87 
 
 
162 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  37.07 
 
 
164 aa  83.6  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  35.04 
 
 
168 aa  83.6  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  39.81 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  40.52 
 
 
157 aa  83.6  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  39.81 
 
 
347 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.36 
 
 
347 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.38 
 
 
133 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.38 
 
 
133 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.36 
 
 
347 aa  82  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  40.91 
 
 
153 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.36 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  44.16 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  44.16 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.48 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  46.05 
 
 
154 aa  81.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  35.38 
 
 
160 aa  81.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1508  cytochrome C biogenesis protein  31.85 
 
 
174 aa  81.6  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.13 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  44.16 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.36 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  44.16 
 
 
347 aa  81.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  35.34 
 
 
158 aa  80.9  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.32 
 
 
155 aa  80.5  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  39.17 
 
 
156 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  38.79 
 
 
160 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  36.42 
 
 
155 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  36.89 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  38.21 
 
 
210 aa  79.7  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.11 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
163 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  41.11 
 
 
344 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.33 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  47.95 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  37.93 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  34.18 
 
 
166 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  37.82 
 
 
161 aa  78.2  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  38.66 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  43.24 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  31.4 
 
 
180 aa  77.4  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  28.95 
 
 
159 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  43.24 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1371  cytochrome C biogenesis protein  41.44 
 
 
175 aa  77  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  38.98 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  33.58 
 
 
157 aa  77.4  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  37.21 
 
 
147 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  32.37 
 
 
160 aa  77  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  39.22 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  34.68 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  34.92 
 
 
151 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  34.68 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  38.46 
 
 
151 aa  76.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  41.03 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  37.7 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  44.59 
 
 
147 aa  76.6  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  37.7 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  42.35 
 
 
161 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  45.35 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  33 
 
 
161 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0486  cytochrome C biogenesis protein  44.23 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3504  cytochrome C biogenesis protein  38.52 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813112  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  36.22 
 
 
151 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1249  cytochrome C biogenesis protein  39.33 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.882215  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1291  cytochrome C biogenesis protein  34.13 
 
 
151 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.364845  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  36.36 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  43.04 
 
 
149 aa  74.3  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  35.09 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  35.4 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  43.84 
 
 
156 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  29.93 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  29.93 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  29.93 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  29.93 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  37.25 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  32.05 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 
155 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  34.62 
 
 
158 aa  72  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>